PDB-4and: CRYSTAL FORM II OF THE D93N MUTANT OF NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINA...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4and

タイトル

CRYSTAL FORM II OF THE D93N MUTANT OF NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE FROM MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS

要素

NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE

キーワード

TRANSFERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont-mediated perturbation of host Rab small GTPase signal transduction / purine nucleotide metabolic process / pyrimidine nucleotide metabolic process / symbiont-mediated killing of host cell / nuclease activity / nucleoside-diphosphate kinase / UTP biosynthetic process / CTP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / GTP biosynthetic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.808 Å

データ登録者

Georgescauld, F. / Moynie, L. / Habersetzer, J. / Lascu, I. / Dautant, A.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Intersubunit Ionic Interactions Stabilize the Nucleoside Diphosphate Kinase of Mycobacterium Tuberculosis.
著者: Georgescauld, F. / Moynie, L. / Habersetzer, J. / Cervoni, L. / Mocan, I. / Borza, T. / Harris, P. / Dautant, A. / Lascu, I.

履歴

登録	2012年3月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年3月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年4月3日	Group: Database references
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4and.cif.gz	113.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4and.ent.gz	89.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4and.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4and_validation.pdf.gz	417.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4and_full_validation.pdf.gz	419.4 KB	表示
XML形式データ	4and_validation.xml.gz	11.6 KB	表示
CIF形式データ	4and_validation.cif.gz	14.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/an/4and ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/an/4and	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ancC 1k44S 4ane S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4anc-1 3etm-1 4ane-d 4kpc-1 3emt-1 5cab-1 3elh-1 3fbe-1 6qa2-d 3gp9-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

登録構造単位

A: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE

B: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE

29 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE

B: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE

A: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE

B: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE

A: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE

B: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
87.1 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	108.419, 108.419, 108.419
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	198
Space group name H-M	P2₁3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-2006- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	(CHAIN A AND (RESI 2:43 OR RESI 65:136) AND (NAME C OR NAME O OR NAME CA OR NAME CB OR NAME N ))
2	1	1	(CHAIN B AND (RESI 2:43 OR RESI 65:136) AND (NAME C OR NAME O OR NAME CA OR NAME CB OR NAME N ))

#1: タンパク質	NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE / NDK / NDKA / NDP KINASE / NUCLEOSIDE-2-P KINASE 分子量: 14521.485 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): RIL 参照: UniProt: P84284, UniProt: P9WJH7*PLUS, nucleoside-diphosphate kinase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASP 93 TO ASN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ASP 93 TO ASN

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.4 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.5 詳細: 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 2% (V/V) PEG400, 0.1 M HEPES, PH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.81→26.3 Å / Num. obs: 10722 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 11 % / B_iso Wilson estimate: 69.93 Å² / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 23.6
反射シェル	解像度: 2.81→2.95 Å / 冗長度: 11.1 % / R_merge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 5.9 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1K44

1k44

解像度: 2.808→26.295 Å / SU ML: 0.37 / σ(F): 0.11 / 位相誤差: 26.99 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2516	502	4.8 %
R_work	0.2199	-	-
obs	0.2215	10557	99.29 %

溶媒の処理

減衰半径: 1.17 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 50.715 Å² / k_sol: 0.312 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 74.83 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.808→26.295 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1958	0	0	26	1984

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	1985
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.765	2696
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.104	710
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	324
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	354

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	559	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	559	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.02

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8078-3.09	0.4116	111	0.3451	2437	X-RAY DIFFRACTION	97
3.09-3.5362	0.3102	123	0.249	2503	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5362-4.4517	0.2336	148	0.2056	2494	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4517-26.2966	0.2147	120	0.1935	2621	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.74	1.7905	0.4618	4.1027	-0.7679	0.6633	-0.1209	-0.3495	0.0222	-0.2926	0.1381	-0.1896	0.1111	-0.1158	0.0034	0.245	-0.0764	0.1221	0.2982	-0.1064	0.3458	26.5813	2.8836	-10.6243
2	2.3084	1.8714	-1.4012	8.3844	1.5249	1.9972	0.5218	-0.6219	-0.1842	-0.7127	-1.2628	0.8258	-0.2328	0.8234	0.3902	0.3401	-0.1437	-0.1236	0.618	-0.2144	0.4635	13.7257	-2.4435	-24.427
3	0.7991	1.7102	-0.6047	2.4235	-0.2843	2.3619	-0.012	0.2238	0.2797	-0.1788	0.0121	0.5008	0.1458	-0.6928	0.0388	0.2257	-0.1132	0.0564	0.4371	-0.1039	0.3459	22.6855	6.7325	-16.71
4	2.9449	0.1615	-1.7419	0.062	-0.453	2.8436	-0.0714	-0.1327	-0.0745	-0.214	0.1702	-0.0393	0.4349	0.0711	0.0223	0.3972	-0.0895	0.1402	0.2663	-0.0511	0.3499	33.8303	-3.386	-1.1889
5	0.4166	-0.1437	0.987	2.0148	-0.6887	3.6647	0.4305	0.2033	-0.1076	-0.1328	-0.3484	0.5209	1.2011	0.4461	0.2568	1.4254	0.0666	0.5663	0.7598	0.2958	0.7787	29.7291	-8.072	16.414
6	3.0236	1.5404	-1.2586	2.4366	-2.0995	1.6005	-0.1039	-0.3536	-0.4122	0.7285	-0.0166	-0.1556	0.3934	0.1458	0.199	0.5365	-0.0972	0.1342	0.2985	0.0567	0.3299	38.4209	-6.6885	4.7131

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESI 2:43)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESI 44:64)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESI 65:136)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN B AND RESI 2:43)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN B AND RESI 44:64)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN B AND RESI 65:136)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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