PDB-4amx: CRYSTAL STRUCTURE OF THE GRACILARIOPSIS LEMANEIFORMIS ALPHA-1,4- ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4amx

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF THE GRACILARIOPSIS LEMANEIFORMIS ALPHA-1,4- GLUCAN LYASE Covalent Intermediate Complex with 5-fluoro-glucosyl- fluoride

要素

ALPHA-1,4-GLUCAN LYASE ISOZYME 1

キーワード

LYASE / ANHYDROFRUCTOSE PATHWAY / GLYCOSIDE HYDROLASE FAMILY 31 / SECONDARY CARBOHYDRATE BINDING SITE

機能・相同性

機能・相同性情報

exo-(1->4)-alpha-D-glucan lyase / exo-(1,4)-alpha-D-glucan lyase activity / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

GRACILARIOPSIS LEMANEIFORMIS (真核生物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Rozeboom, H.J. / Yu, S. / Madrid, S. / Kalk, K.H. / Dijkstra, B.W.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Crystal Structure of Alpha-1,4-Glucan Lyase, a Unique Glycoside Hydrolase Family Member with a Novel Catalytic Mechanism.
著者: Rozeboom, H.J. / Yu, S. / Madrid, S. / Kalk, K.H. / Zhang, R. / Dijkstra, B.W.

履歴

登録	2012年3月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年3月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年8月14日	Group: Database references
改定 1.2	2013年9月25日	Group: Database references
改定 1.3	2019年1月30日	Group: Data collection / Experimental preparation / Other カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.4	2019年2月6日	Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.5	2020年7月29日	Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.6	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.7	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4amx.cif.gz	1.6 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4amx.ent.gz	1.3 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4amx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/am/4amx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/am/4amx	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2x2hSC 2x2iC 2x2jC 4amwC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2x2i-4 4amw-2 2x2h-3 2x2h-4 2x2j-4 2x2j-3 4amw-4 4amw-3 1e1y-d 2x2i-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1) #203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ALPHA-1,4-GLUCAN LYASE ISOZYME 1

B: ALPHA-1,4-GLUCAN LYASE ISOZYME 1

C: ALPHA-1,4-GLUCAN LYASE ISOZYME 1

D: ALPHA-1,4-GLUCAN LYASE ISOZYME 1

ヘテロ分子

465 kDa, 4 ポリマー
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1

A: ALPHA-1,4-GLUCAN LYASE ISOZYME 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
116 kDa, 1 ポリマー
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2

B: ALPHA-1,4-GLUCAN LYASE ISOZYME 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
116 kDa, 1 ポリマー
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3

C: ALPHA-1,4-GLUCAN LYASE ISOZYME 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
116 kDa, 1 ポリマー
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4

D: ALPHA-1,4-GLUCAN LYASE ISOZYME 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
116 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	91.643, 97.008, 135.708
Angle α, β, γ (deg.)	80.38, 83.11, 85.22
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: THR / End label comp-ID: THR / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 14 - 1038 / Label seq-ID: 3 - 1027

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B
3	C	C
4	D	D

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.2758, 0.6682, -0.691), (-0.6568, 0.6559, 0.3721), (0.7018, 0.3512, 0.6197)	52.17, -36.45, -43.27
2	given	(0.2765, -0.6605, 0.698), (-0.6579, -0.6596, -0.3635), (0.7005, -0.3587, -0.6169)	29.1, -1.906, -55.66
3	given	(1, 0.00135, 0.000651), (0.001352, -1, -0.001804), (0.000649, 0.001805, -1)	-53.97, 2.637, 21.07

#1: タンパク質	ALPHA-1,4-GLUCAN LYASE ISOZYME 1 分子量: 116062.156 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 62-1088 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) GRACILARIOPSIS LEMANEIFORMIS (真核生物) 発現宿主: OGATAEA POLYMORPHA RB11 (菌類) / 参照: UniProt: Q9STC1, exo-(1->4)-alpha-D-glucan lyase
#2: 糖	ChemComp-5GF / 5-fluoro-beta-D-glucopyranose / 5-fluoro-beta-D-glucose / 5-fluoro-D-glucose / 5-fluoro-glucose タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 198.146 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₁FO₆
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 糖	ChemComp-AFR / alpha-D-threo-hexo-2,5-diulo-5,1-pyranosyl fluoride / 2-OXO-1,2,DIDEOXY-5F-D-GLUCOPYRANOSE / alpha-D-threo-hexo-2,5-diulo-5,1-syl fluoride / D-threo-hexo-2,5-diulo-5,1-syl fluoride / threo-hexo-2,5-diulo-5,1-syl fluoride タイプ: D-saccharide / 分子量: 180.131 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₉FO₅
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 923 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
非ポリマーの詳細	5-FLUORO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSE (5GF): THE GLUCOSE FORM OF B9D 2-OXO-1,2,DIDEOXY-5F-D-GLUCOPYRANOSE ...5-FLUORO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSE (5GF): THE GLUCOSE FORM OF B9D 2-OXO-1,2,DIDEOXY-5F-D-GLUCOPYRANOSE (AFR): NHF WITH F ATOM AT C5

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 51 % / 解説: NONE
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 18-21% PEG 8000, 0.1 M SODIUM ACETATE, PH 5.0-5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.9748
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9748 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→47.7 Å / Num. obs: 255868 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.9 % / B_iso Wilson estimate: 24.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 5.1
反射シェル	解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 1.7 % / R_merge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 92.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 2X2H

2x2h

解像度: 2.1→46.74 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.934 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.902 / SU B: 17.242 / SU ML: 0.196 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.266 / ESU R Free: 0.216 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26742	12914	5 %	RANDOM
R_work	0.22022	-	-	-
obs	0.22263	242819	95.95 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.721 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.73 Å²	0.03 Å²	-0.03 Å²
2-	-	-0.48 Å²	2.47 Å²
3-	-	-	2.38 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→46.74 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	32648	0	78	923	33649

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	33620
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.294	1.929	45735
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.798	5.019	4108
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.348	24.626	1805
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.701	15	5139
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.765	15	188
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	4696
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	26840
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.459	1.5	20313
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.805	2	32761
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.36	3	13307
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.993	4.5	12972
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 8128 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	loose positional	0.4	5
2	B	loose positional	0.32	5
3	C	loose positional	0.33	5
4	D	loose positional	0.34	5
1	A	loose thermal	4.78	10
2	B	loose thermal	3.66	10
3	C	loose thermal	3.87	10
4	D	loose thermal	3.55	10

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.352	924	-
R_work	0.307	17120	-
obs	-	-	91.52 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6973	-0.0175	1.0461	0.6432	-0.6196	1.0053	0.0061	-0.1347	-0.279	-0.1315	-0.0496	-0.1327	0.0718	-0.0165	0.0434	0.2581	-0.0028	0.0208	0.1408	-0.097	0.174	-9.4875	-53.7755	-1.667
2	1.2425	0.3346	0.6043	1.1919	-0.3454	0.6361	0.0592	-0.1237	-0.1418	0.0163	-0.1242	-0.1111	-0.0177	-0.0296	0.065	0.1767	-0.0035	-0.0158	0.1104	-0.0556	0.1605	3.179	-52.57	7.5448
3	0.9334	0.2634	-0.2893	0.8477	-0.6077	0.4618	0.0162	0.0433	0.0596	0.0039	-0.0075	0.0382	0.0059	-0.0278	-0.0087	0.2418	0.0074	-0.0015	0.1479	-0.1218	0.1103	-1.4582	-29.882	-7.1847
4	1.9649	1.184	0.218	1.5102	0.1744	0.5835	-0.0595	0.1815	0.0365	-0.1767	0.0972	-0.0403	0.0254	-0.0043	-0.0377	0.186	0.0269	0.0213	0.1698	-0.0324	0.029	4.482	-32.3185	-30.1328
5	0.6846	0.2745	-0.184	0.1648	-0.1373	0.1379	0.0182	0.0479	0.0566	0.0107	0.0408	0.0225	-0.0126	0.0055	-0.059	0.2963	0.0142	0.0032	0.1525	-0.1257	0.1257	2.1838	-22.6307	-8.8338
6	0.782	-0.1598	0.2434	0.9148	-0.1481	0.3548	-0.0037	-0.009	0.0535	0.0553	-0.0746	-0.1988	-0.0725	0.0823	0.0783	0.1712	-0.0191	-0.0092	0.104	-0.066	0.1675	27.3384	-13.2137	6.2507
7	1.9904	-0.3138	0.3478	1.1108	-0.3896	0.5027	0.1548	-0.0109	-0.4253	-0.293	-0.1337	-0.2061	0.2695	0.1934	-0.0211	0.2447	0.1105	-0.0203	0.3047	0.1372	0.2744	25.0127	-33.531	58.0628
8	1.4496	-0.313	0.1671	0.9611	-0.3288	0.6239	0.0972	-0.2323	-0.2002	-0.005	-0.104	-0.0755	0.0858	0.1522	0.0068	0.1909	0.0131	-0.0322	0.2733	0.0918	0.1209	18.2112	-26.1287	70.8273
9	0.7008	-0.1654	0.337	0.6261	-0.3739	0.6263	0.0873	-0.0345	-0.0824	-0.1462	-0.076	0.0314	0.1386	0.0439	-0.0114	0.2194	0.0038	-0.0273	0.1619	0.0022	0.0871	-3.9147	-11.8006	48.055
10	1.1168	-0.4574	0.1687	7.371	-2.3596	2.5939	0.1846	0.0439	-0.2612	-0.491	0.0551	0.073	0.4933	0.0126	-0.2397	0.2062	0.0217	-0.143	0.178	0.0418	0.1893	-4.6376	-28.444	43.4249
11	0.5673	-0.1014	0.3768	0.7498	-0.476	0.7555	0.0708	-0.178	-0.1683	-0.1208	0.0027	0.0847	0.0591	0.0377	-0.0735	0.2164	-0.0126	-0.0319	0.2256	0.0287	0.115	-0.3437	-14.7135	58.7143
12	1.3855	-0.0667	0.0157	0.8666	-0.238	0.6448	-0.0131	-0.0536	0.2889	0.0426	-0.071	-0.0969	-0.0809	0.1296	0.0842	0.1842	-0.0566	-0.0386	0.2049	0.0246	0.1451	12.2964	13.0648	59.782
13	2.7155	0.0412	-0.3151	1.3233	-0.1155	0.2917	0.0747	0.0816	0.5585	0.1599	-0.0296	-0.1417	-0.1681	0.1513	-0.0451	0.203	-0.0771	0.0426	0.1873	0.1122	0.2688	61.5087	39.6334	-39.9657
14	0.9698	0.4722	-0.3812	0.6741	-0.3679	0.5208	0.0016	0.1259	0.0822	0.0078	-0.0216	-0.0318	-0.0584	0.0626	0.02	0.1346	0.0098	0.0304	0.1942	0.0668	0.1745	47.6302	21.5736	-39.4353
15	3.9987	0.0262	-1.1209	4.2456	-1.7657	4.8491	0.1561	-0.2129	0.2047	0.3962	0.094	0.4341	-0.4281	-0.3654	-0.2501	0.1991	0.0403	0.1473	0.0701	0.0415	0.2231	28.8919	37.0254	-22.4588
16	0.6945	1.0228	-0.795	3.9864	-0.8521	1.8972	0.2048	-0.054	0.1949	0.3223	0.0469	0.1386	-0.2145	0.0389	-0.2517	0.1312	-0.0037	0.0577	0.1477	0.0393	0.2481	36.6128	23.2222	-21.0387
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19	0.6614	0.1687	-0.5024	0.5569	-0.5021	0.6592	0.0158	-0.009	0.1624	0.0845	0.0647	0.0174	-0.0758	-0.0662	-0.0805	0.203	0.025	-0.0007	0.124	-0.1142	0.1576	50.27	55.8572	22.745
20	1.4898	-0.5996	0.0859	0.9998	-0.6068	0.4717	0.0575	0.105	-0.0075	-0.0574	0.0025	0.15	0.0617	-0.0916	-0.06	0.2135	0.0048	-0.0268	0.1506	-0.1083	0.126	45.0619	41.8583	16.4746
21	0.2673	-0.2068	0.1688	0.5801	-0.1384	0.2994	0.0151	-0.1275	-0.0453	0.0558	0.0083	0.0682	-0.0015	-0.0307	-0.0234	0.1809	-0.0077	-0.0048	0.1648	-0.0595	0.0982	60.8539	28.6622	38.1675
22	4.7363	-2.3886	-0.7812	4.0493	-0.3154	1.0858	-0.1016	-0.585	-0.2267	0.221	0.1699	0.0628	-0.1362	-0.0352	-0.0683	0.1999	0.0286	-0.0012	0.2775	0.0037	0.0474	55.6381	38.5093	50.6665
23	0.7491	-0.3918	0.0151	0.3623	-0.1899	0.2148	-0.0007	-0.1186	-0.1151	-0.0108	0.0719	0.1056	-0.0057	-0.0006	-0.0713	0.2612	-0.0206	-0.0246	0.1704	-0.1022	0.1395	56.3591	24.9144	29.7037
24	0.8377	0.1121	-0.2621	1.2016	-0.3317	0.3327	0.0255	-0.0146	0.0271	-0.0692	-0.0733	-0.0989	0.0486	0.0265	0.0478	0.2139	0.0167	-0.0129	0.127	-0.102	0.1123	81.6844	16.3238	14.8596

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	14 - 88
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	89 - 167
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	168 - 442
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	443 - 555
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	556 - 842
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	843 - 1038
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	14 - 125
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	126 - 313
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	314 - 480
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	481 - 555
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	556 - 800
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	801 - 1038
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	14 - 102
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	103 - 468
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	469 - 521
16	X-RAY DIFFRACTION	16	C	522 - 557
17	X-RAY DIFFRACTION	17	C	558 - 828
18	X-RAY DIFFRACTION	18	C	829 - 1038
19	X-RAY DIFFRACTION	19	D	14 - 125
20	X-RAY DIFFRACTION	20	D	126 - 284
21	X-RAY DIFFRACTION	21	D	285 - 480
22	X-RAY DIFFRACTION	22	D	481 - 556
23	X-RAY DIFFRACTION	23	D	557 - 848
24	X-RAY DIFFRACTION	24	D	849 - 1038

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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