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- PDB-4amx: CRYSTAL STRUCTURE OF THE GRACILARIOPSIS LEMANEIFORMIS ALPHA-1,4- ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4amx
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE GRACILARIOPSIS LEMANEIFORMIS ALPHA-1,4- GLUCAN LYASE Covalent Intermediate Complex with 5-fluoro-glucosyl- fluoride
要素ALPHA-1,4-GLUCAN LYASE ISOZYME 1
キーワードLYASE / ANHYDROFRUCTOSE PATHWAY / GLYCOSIDE HYDROLASE FAMILY 31 / SECONDARY CARBOHYDRATE BINDING SITE
機能・相同性
機能・相同性情報


exo-(1,4)-alpha-D-glucan lyase activity / glucosidase II complex / alpha-glucosidase activity / N-glycan processing / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
glycosyl hydrolase (family 31) / : / Glycosyl hydrolase family 31 C-terminal domain / Glycoside hydrolase family 31 / Glycosyl hydrolases family 31 TIM-barrel domain / Galactose mutarotase-like domain superfamily / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycoside hydrolase superfamily / Immunoglobulin-like ...glycosyl hydrolase (family 31) / : / Glycosyl hydrolase family 31 C-terminal domain / Glycoside hydrolase family 31 / Glycosyl hydrolases family 31 TIM-barrel domain / Galactose mutarotase-like domain superfamily / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycoside hydrolase superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5-fluoro-beta-D-glucopyranose / Chem-AFR / Glucosidase II subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種GRACILARIOPSIS LEMANEIFORMIS (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Rozeboom, H.J. / Yu, S. / Madrid, S. / Kalk, K.H. / Dijkstra, B.W.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Crystal Structure of Alpha-1,4-Glucan Lyase, a Unique Glycoside Hydrolase Family Member with a Novel Catalytic Mechanism.
著者: Rozeboom, H.J. / Yu, S. / Madrid, S. / Kalk, K.H. / Zhang, R. / Dijkstra, B.W.
履歴
登録2012年3月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月14日Group: Database references
改定 1.22013年9月25日Group: Database references
改定 1.32019年1月30日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42019年2月6日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.52020年7月29日Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.62023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALPHA-1,4-GLUCAN LYASE ISOZYME 1
B: ALPHA-1,4-GLUCAN LYASE ISOZYME 1
C: ALPHA-1,4-GLUCAN LYASE ISOZYME 1
D: ALPHA-1,4-GLUCAN LYASE ISOZYME 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)465,48413
ポリマ－464,2494
非ポリマー1,2359
水16,628923
1
A: ALPHA-1,4-GLUCAN LYASE ISOZYME 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,4444
ポリマ－116,0621
非ポリマー3823
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: ALPHA-1,4-GLUCAN LYASE ISOZYME 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,3523
ポリマ－116,0621
非ポリマー2902
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: ALPHA-1,4-GLUCAN LYASE ISOZYME 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,2602
ポリマ－116,0621
非ポリマー1981
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: ALPHA-1,4-GLUCAN LYASE ISOZYME 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,4264
ポリマ－116,0621
非ポリマー3643
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.643, 97.008, 135.708
Angle α, β, γ (deg.)80.38, 83.11, 85.22
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: THR / End label comp-ID: THR / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 14 - 1038 / Label seq-ID: 3 - 1027

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.2758, 0.6682, -0.691), (-0.6568, 0.6559, 0.3721), (0.7018, 0.3512, 0.6197)52.17, -36.45, -43.27
2given(0.2765, -0.6605, 0.698), (-0.6579, -0.6596, -0.3635), (0.7005, -0.3587, -0.6169)29.1, -1.906, -55.66
3given(1, 0.00135, 0.000651), (0.001352, -1, -0.001804), (0.000649, 0.001805, -1)-53.97, 2.637, 21.07

-
要素

#1: タンパク質
ALPHA-1,4-GLUCAN LYASE ISOZYME 1


分子量: 116062.156 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 62-1088 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) GRACILARIOPSIS LEMANEIFORMIS (真核生物)
発現宿主: OGATAEA POLYMORPHA RB11 (菌類) / 参照: UniProt: Q9STC1, EC: 4.2.2.13
#2: 糖 ChemComp-5GF / 5-fluoro-beta-D-glucopyranose / 5-fluoro-beta-D-glucose / 5-fluoro-D-glucose / 5-fluoro-glucose


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 198.146 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H11FO6
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 糖 ChemComp-AFR / alpha-D-threo-hexo-2,5-diulo-5,1-pyranosyl fluoride / 2-OXO-1,2,DIDEOXY-5F-D-GLUCOPYRANOSE / alpha-D-threo-hexo-2,5-diulo-5,1-syl fluoride / D-threo-hexo-2,5-diulo-5,1-syl fluoride / threo-hexo-2,5-diulo-5,1-syl fluoride


タイプ: D-saccharide / 分子量: 180.131 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H9FO5
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 923 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細5-FLUORO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSE (5GF): THE GLUCOSE FORM OF B9D 2-OXO-1,2,DIDEOXY-5F-D-GLUCOPYRANOSE ...5-FLUORO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSE (5GF): THE GLUCOSE FORM OF B9D 2-OXO-1,2,DIDEOXY-5F-D-GLUCOPYRANOSE (AFR): NHF WITH F ATOM AT C5

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 % / 解説: NONE
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 18-21% PEG 8000, 0.1 M SODIUM ACETATE, PH 5.0-5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.9748
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9748 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→47.7 Å / Num. obs: 255868 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 24.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 5.1
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 92.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 2X2H

2x2h


解像度: 2.1→46.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU B: 17.242 / SU ML: 0.196 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.266 / ESU R Free: 0.216 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26742 12914 5 %RANDOM
Rwork0.22022 ---
obs0.22263 242819 95.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.721 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.73 Å20.03 Å2-0.03 Å2
2---0.48 Å22.47 Å2
3---2.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→46.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数32648 0 78 923 33649
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.02233620
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2941.92945735
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.7985.0194108
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.34824.6261805
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.701155139
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.76515188
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.24696
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02126840
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4591.520313
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.805232761
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.36313307
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.9934.512972
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 8128 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Aloose positional0.45
2Bloose positional0.325
3Cloose positional0.335
4Dloose positional0.345
1Aloose thermal4.7810
2Bloose thermal3.6610
3Cloose thermal3.8710
4Dloose thermal3.5510
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.352 924 -
Rwork0.307 17120 -
obs--91.52 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.6973-0.01751.04610.6432-0.61961.00530.0061-0.1347-0.279-0.1315-0.0496-0.13270.0718-0.01650.04340.2581-0.00280.02080.1408-0.0970.174-9.4875-53.7755-1.667
21.24250.33460.60431.1919-0.34540.63610.0592-0.1237-0.14180.0163-0.1242-0.1111-0.0177-0.02960.0650.1767-0.0035-0.01580.1104-0.05560.16053.179-52.577.5448
30.93340.2634-0.28930.8477-0.60770.46180.01620.04330.05960.0039-0.00750.03820.0059-0.0278-0.00870.24180.0074-0.00150.1479-0.12180.1103-1.4582-29.882-7.1847
41.96491.1840.2181.51020.17440.5835-0.05950.18150.0365-0.17670.0972-0.04030.0254-0.0043-0.03770.1860.02690.02130.1698-0.03240.0294.482-32.3185-30.1328
50.68460.2745-0.1840.1648-0.13730.13790.01820.04790.05660.01070.04080.0225-0.01260.0055-0.0590.29630.01420.00320.1525-0.12570.12572.1838-22.6307-8.8338
60.782-0.15980.24340.9148-0.14810.3548-0.0037-0.0090.05350.0553-0.0746-0.1988-0.07250.08230.07830.1712-0.0191-0.00920.104-0.0660.167527.3384-13.21376.2507
71.9904-0.31380.34781.1108-0.38960.50270.1548-0.0109-0.4253-0.293-0.1337-0.20610.26950.1934-0.02110.24470.1105-0.02030.30470.13720.274425.0127-33.53158.0628
81.4496-0.3130.16710.9611-0.32880.62390.0972-0.2323-0.2002-0.005-0.104-0.07550.08580.15220.00680.19090.0131-0.03220.27330.09180.120918.2112-26.128770.8273
90.7008-0.16540.3370.6261-0.37390.62630.0873-0.0345-0.0824-0.1462-0.0760.03140.13860.0439-0.01140.21940.0038-0.02730.16190.00220.0871-3.9147-11.800648.055
101.1168-0.45740.16877.371-2.35962.59390.18460.0439-0.2612-0.4910.05510.0730.49330.0126-0.23970.20620.0217-0.1430.1780.04180.1893-4.6376-28.44443.4249
110.5673-0.10140.37680.7498-0.4760.75550.0708-0.178-0.1683-0.12080.00270.08470.05910.0377-0.07350.2164-0.0126-0.03190.22560.02870.115-0.3437-14.713558.7143
121.3855-0.06670.01570.8666-0.2380.6448-0.0131-0.05360.28890.0426-0.071-0.0969-0.08090.12960.08420.1842-0.0566-0.03860.20490.02460.145112.296413.064859.782
132.71550.0412-0.31511.3233-0.11550.29170.07470.08160.55850.1599-0.0296-0.1417-0.16810.1513-0.04510.203-0.07710.04260.18730.11220.268861.508739.6334-39.9657
140.96980.4722-0.38120.6741-0.36790.52080.00160.12590.08220.0078-0.0216-0.0318-0.05840.06260.020.13460.00980.03040.19420.06680.174547.630221.5736-39.4353
153.99870.0262-1.12094.2456-1.76574.84910.1561-0.21290.20470.39620.0940.4341-0.4281-0.3654-0.25010.19910.04030.14730.07010.04150.223128.891937.0254-22.4588
160.69451.0228-0.7953.9864-0.85211.89720.2048-0.0540.19490.32230.04690.1386-0.21450.0389-0.25170.1312-0.00370.05770.14770.03930.248136.612823.2222-21.0387
170.81320.2655-0.37020.6943-0.2290.45420.00420.1970.04130.00410.003-0.01660.0003-0.0076-0.00720.15950.01190.02820.1950.02330.139138.30115.712-39.2467
181.43170.0168-0.01891.3735-0.24260.9183-0.05920.1424-0.3263-0.07030.0128-0.18890.19380.10610.04640.11390.03590.08510.18910.03170.314250.4656-12.6551-36.8705
190.66140.1687-0.50240.5569-0.50210.65920.0158-0.0090.16240.08450.06470.0174-0.0758-0.0662-0.08050.2030.025-0.00070.124-0.11420.157650.2755.857222.745
201.4898-0.59960.08590.9998-0.60680.47170.05750.105-0.0075-0.05740.00250.150.0617-0.0916-0.060.21350.0048-0.02680.1506-0.10830.12645.061941.858316.4746
210.2673-0.20680.16880.5801-0.13840.29940.0151-0.1275-0.04530.05580.00830.0682-0.0015-0.0307-0.02340.1809-0.0077-0.00480.1648-0.05950.098260.853928.662238.1675
224.7363-2.3886-0.78124.0493-0.31541.0858-0.1016-0.585-0.22670.2210.16990.0628-0.1362-0.0352-0.06830.19990.0286-0.00120.27750.00370.047455.638138.509350.6665
230.7491-0.39180.01510.3623-0.18990.2148-0.0007-0.1186-0.1151-0.01080.07190.1056-0.0057-0.0006-0.07130.2612-0.0206-0.02460.1704-0.10220.139556.359124.914429.7037
240.83770.1121-0.26211.2016-0.33170.33270.0255-0.01460.0271-0.0692-0.0733-0.09890.04860.02650.04780.21390.0167-0.01290.127-0.1020.112381.684416.323814.8596
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A14 - 88
2X-RAY DIFFRACTION2A89 - 167
3X-RAY DIFFRACTION3A168 - 442
4X-RAY DIFFRACTION4A443 - 555
5X-RAY DIFFRACTION5A556 - 842
6X-RAY DIFFRACTION6A843 - 1038
7X-RAY DIFFRACTION7B14 - 125
8X-RAY DIFFRACTION8B126 - 313
9X-RAY DIFFRACTION9B314 - 480
10X-RAY DIFFRACTION10B481 - 555
11X-RAY DIFFRACTION11B556 - 800
12X-RAY DIFFRACTION12B801 - 1038
13X-RAY DIFFRACTION13C14 - 102
14X-RAY DIFFRACTION14C103 - 468
15X-RAY DIFFRACTION15C469 - 521
16X-RAY DIFFRACTION16C522 - 557
17X-RAY DIFFRACTION17C558 - 828
18X-RAY DIFFRACTION18C829 - 1038
19X-RAY DIFFRACTION19D14 - 125
20X-RAY DIFFRACTION20D126 - 284
21X-RAY DIFFRACTION21D285 - 480
22X-RAY DIFFRACTION22D481 - 556
23X-RAY DIFFRACTION23D557 - 848
24X-RAY DIFFRACTION24D849 - 1038

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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