PDB-4amw: CRYSTAL STRUCTURE OF THE GRACILARIOPSIS LEMANEIFORMIS ALPHA-1,4- ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4amw

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF THE GRACILARIOPSIS LEMANEIFORMIS ALPHA-1,4- GLUCAN LYASE Covalent Intermediate Complex with 5-fluoro-idosyl- fluoride

要素

ALPHA-1,4-GLUCAN LYASE ISOZYME 1

キーワード

LYASE / ANHYDROFRUCTOSE PATHWAY / GLYCOSIDE HYDROLASE FAMILY 31 / SECONDARY CARBOHYDRATE BINDING SITE

機能・相同性

機能・相同性情報

exo-(1,4)-alpha-D-glucan lyase activity / glucosidase II complex / alpha-glucosidase activity / N-glycan processing / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

GRACILARIOPSIS LEMANEIFORMIS (真核生物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Rozeboom, H.J. / Yu, S. / Madrid, S. / Kalk, K.H. / Dijkstra, B.W.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Crystal Structure of Alpha-1,4-Glucan Lyase, a Unique Glycoside Hydrolase Family Member with a Novel Catalytic Mechanism.
著者: Rozeboom, H.J. / Yu, S. / Madrid, S. / Kalk, K.H. / Zhang, R. / Dijkstra, B.W.

履歴

登録	2012年3月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年3月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年8月14日	Group: Database references / Refinement description
改定 1.2	2013年9月25日	Group: Database references
改定 1.3	2019年1月30日	Group: Data collection / Experimental preparation / Other カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.4	2019年2月6日	Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Derived calculations ...Atomic model / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4amw.cif.gz	1.7 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4amw.ent.gz	1.4 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4amw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/am/4amw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/am/4amw	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2x2hSC 2x2iC 2x2jC 4amxC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2x2j-2 2x2i-1 4amx-4 2x2h-1 2x2j-4 2x2h-3 1c8l-d 4amx-2 6jb3-d 2x2i-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1) #203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ALPHA-1,4-GLUCAN LYASE ISOZYME 1

B: ALPHA-1,4-GLUCAN LYASE ISOZYME 1

C: ALPHA-1,4-GLUCAN LYASE ISOZYME 1

D: ALPHA-1,4-GLUCAN LYASE ISOZYME 1

ヘテロ分子

466 kDa, 4 ポリマー
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1

A: ALPHA-1,4-GLUCAN LYASE ISOZYME 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
117 kDa, 1 ポリマー
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2

B: ALPHA-1,4-GLUCAN LYASE ISOZYME 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
116 kDa, 1 ポリマー
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3

C: ALPHA-1,4-GLUCAN LYASE ISOZYME 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
116 kDa, 1 ポリマー
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4

D: ALPHA-1,4-GLUCAN LYASE ISOZYME 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
116 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	92.100, 97.300, 136.280
Angle α, β, γ (deg.)	80.31, 83.29, 85.21
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: THR / End label comp-ID: THR / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 14 - 1038 / Label seq-ID: 3 - 1027

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B
3	C	C
4	D	D

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.2777, 0.6685, -0.6899), (-0.656, 0.6566, 0.3722), (0.7018, 0.3492, 0.6209)	52.41, -36.78, -43.39
2	given	(0.2767, -0.6599, 0.6986), (-0.6553, -0.6613, -0.3651), (0.7029, -0.3567, -0.6154)	29.22, -1.977, -56.04
3	given	(1, 0.001798, 0.005117), (0.001811, -1, -0.002497), (0.005112, 0.002507, -1)	-54.28, 2.609, 20.81

#1: タンパク質	ALPHA-1,4-GLUCAN LYASE ISOZYME 1 分子量: 116062.156 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 62-1088 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) GRACILARIOPSIS LEMANEIFORMIS (真核生物) 発現宿主: PICHIA ANGUSTA (菌類) / 株 (発現宿主): RB11 / 参照: UniProt: Q9STC1, EC: 4.2.2.13
#2: 糖	ChemComp-B9D / 5-fluoro-alpha-L-idopyranose / (2R,3R,4R,5S,6R)-6-fluoranyl-6-(hydroxymethyl)oxane-2,3,4,5-tetrol / 5-fluoro-alpha-L-idose / 5-fluoro-L-idose / 5-fluoro-idose タイプ: L-saccharide, alpha linking / 分子量: 198.146 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₁FO₆
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 糖	ChemComp-5DI / alpha-D-threo-hexo-2,5-diulo-2,6-pyranosyl fluoride / 2-OXO-1,2,DIDEOXY-5F-D-IDOPYRANOSE / alpha-D-threo-hexo-2,5-diulo-2,6-syl fluoride / D-threo-hexo-2,5-diulo-2,6-syl fluoride / threo-hexo-2,5-diulo-2,6-syl fluoride タイプ: D-saccharide / 分子量: 180.131 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₉FO₅
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2924 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
非ポリマーの詳細	2-OXO-1,2,DIDEOXY-5F-D-IDOPYRANOSE (5DI): NHF WITH EPIMER OF C5 HYDROXYMETHYL GROUP + F ATOM AT C5
配列の詳細	FIRST 50 AMINO ACIDS ARE A SIGNAL PEPTIDE. THE NEXT 11 AMINO ACIDS ARE NOT PRESENT IN THE ENZYME

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 51 % / 解説: NONE
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 18-21% PEG 8000, 0.1 M SODIUM ACETATE, PH 5.0-5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9395
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9395 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→45.6 Å / Num. obs: 340755 / % possible obs: 93.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.9 % / B_iso Wilson estimate: 16.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 5.3
反射シェル	解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 94.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2X2H

2x2h

解像度: 1.9→43.57 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.937 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.904 / SU B: 10.656 / SU ML: 0.133 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.181 / ESU R Free: 0.167 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25432	17168	5 %	RANDOM
R_work	0.20665	-	-	-
obs	0.20907	323582	93.54 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.752 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.39 Å²	0.03 Å²	0.11 Å²
2-	-	0.09 Å²	-0.6 Å²
3-	-	-	-0.31 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→43.57 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	32648	0	90	2924	35662

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	33617
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.476	1.929	45724
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.086	5.019	4106
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.669	24.631	1803
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.722	15	5140
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.521	15	188
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.105	0.2	4695
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	26824
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.564	1.5	20319
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.009	2	32772
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.866	3	13298
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.774	4.5	12952
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 8129 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	loose positional	0.43	5
2	B	loose positional	0.33	5
3	C	loose positional	0.36	5
4	D	loose positional	0.34	5
1	A	loose thermal	4.64	10
2	B	loose thermal	4.34	10
3	C	loose thermal	4.43	10
4	D	loose thermal	4.22	10

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.379	1284	-
R_work	0.342	24117	-
obs	-	-	94.04 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2791	0.1974	0.0549	0.6109	-0.1937	0.3335	0.0061	0.0096	-0.1655	-0.1026	0.0186	-0.0379	0.063	-0.0351	-0.0247	0.1446	0.0018	-0.0112	0.0722	-0.0502	0.1451	-3.7643	-53.4692	-2.0702
2	1.0213	0.3421	-0.0775	0.8537	-0.2512	0.2212	0.0488	-0.0755	-0.0024	0.0883	-0.0057	0.0891	-0.0044	-0.0523	-0.0432	0.1417	0.0041	0.0078	0.0921	-0.0593	0.0799	-9.0285	-39.5738	4.2349
3	2.3031	-0.2211	-0.3017	13.7453	2.6127	3.1233	0.2937	-0.5783	-0.2277	0.9876	-0.5954	-0.3292	0.058	-0.0984	0.3016	0.2059	-0.0851	-0.0377	0.2146	0.0538	0.1097	4.5542	-40.1069	8.7149
4	0.514	0.2733	-0.1493	0.5757	-0.2991	0.2229	-0.0271	0.1395	0.0408	-0.1205	-0.0208	-0.123	0.0361	0.0069	0.048	0.1373	0.0267	0.0356	0.131	-0.0116	0.0941	13.1744	-19.3542	-22.0466
5	1.5858	1.0143	0.1718	1.8654	-0.3803	0.7298	-0.0413	0.3102	0.0775	-0.2876	0.0597	0.013	0.2045	0.019	-0.0184	0.1813	0.0179	0.0105	0.1515	-0.0182	0.039	1.7997	-35.6807	-31.5948
6	1.164	0.0896	0.2671	0.7619	-0.1111	0.6249	0.0123	0.1825	-0.0222	-0.1478	0.0343	0.0432	0.1056	-0.0291	-0.0466	0.1759	0.0112	-0.001	0.1168	-0.0586	0.0585	-3.0143	-37.1371	-21.5647
7	0.3584	0.0286	0.1818	0.8814	-0.2956	0.4071	0.0221	0.1288	0.1305	-0.0233	0.0103	0.0834	-0.0034	-0.0146	-0.0324	0.1169	0.0189	0.0227	0.1331	0.0135	0.142	0.439	-15.6683	-11.797
8	0.6034	-0.016	0.0739	0.3839	-0.1152	0.5526	0.002	0.0141	0.1413	0.0935	0.0089	-0.0543	-0.0563	0.0121	-0.0109	0.143	0.003	-0.0002	0.064	-0.062	0.1068	14.1142	-15.0924	4.9262
9	1.063	-0.0435	0.0878	1.1075	0.0604	1.1339	0.012	0.0405	0.2582	0.1659	-0.0953	-0.3024	-0.0254	0.1461	0.0833	0.0898	-0.0282	-0.0431	0.0781	-0.0158	0.2227	35.3379	-12.4118	8.8413
10	2.0708	0.1782	0.1634	1.1271	-0.4283	0.5582	0.1852	0.1022	-0.4719	-0.2179	-0.1261	-0.2195	0.2237	0.1536	-0.0592	0.1499	0.0761	-0.0423	0.1705	0.058	0.2185	24.4374	-33.6367	58.3369
11	1.5868	-0.3465	0.269	0.9118	-0.1986	0.5733	0.1171	-0.269	-0.2763	-0.005	-0.0647	-0.1147	0.0772	0.1035	-0.0524	0.1078	-0.0111	-0.0564	0.1992	0.1231	0.1284	18.0456	-26.3062	70.6616
12	0.6825	-0.3473	0.3376	0.6472	-0.409	0.4825	0.0486	-0.0085	-0.0492	-0.1037	-0.0327	0.026	0.0576	0.0286	-0.016	0.1223	-0.0106	-0.0305	0.1473	0.0223	0.0477	-4.6596	-7.664	48.3703
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16	1.4269	-0.0277	0.2719	1.163	0.1937	1.6731	-0.2111	-0.29	0.4885	0.1683	-0.0629	-0.1208	-0.2987	-0.0554	0.274	0.1409	-0.0223	-0.1368	0.1884	-0.0516	0.2169	6.4693	11.0601	69.8822
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24	1.3606	0.895	-0.4114	2.3803	-1.0064	1.4864	0.1719	-0.0508	0.1821	0.2559	-0.0354	-0.0092	-0.2578	0.0342	-0.1365	0.11	-0.0008	0.0565	0.1291	0.0697	0.1608	35.7527	24.2509	-21.5252
25	2.8333	0.4195	0.4807	1.9395	-1.1336	3.0895	0.0933	0.2283	0.47	0.2397	0.089	0.2953	-0.4533	-0.1672	-0.1823	0.1161	0.0519	0.1114	0.0797	0.1206	0.2388	34.349	40.2251	-36.8965
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30	3.4388	-3.4515	-1.3451	11.8294	2.759	4.2513	0.2937	0.1538	-0.1746	-0.6732	-0.5469	-0.1311	-0.165	-0.0072	0.2533	0.111	0.0199	-0.0073	0.1066	-0.0515	0.0971	58.4507	43.2214	13.1549
31	0.3623	-0.2365	0.1455	0.6979	-0.28	0.2419	-0.0253	-0.1885	-0.055	0.1121	0.045	-0.0104	-0.0155	-0.0491	-0.0198	0.1248	-0.004	-0.0165	0.1644	-0.0094	0.051	66.6049	22.393	43.8776
32	3.0752	-2.4029	0.4172	2.6911	-0.2176	0.9684	-0.1586	-0.5996	-0.0204	0.3466	0.2879	0.0238	-0.2129	-0.1926	-0.1293	0.178	0.0138	0.0326	0.2201	-0.0118	0.0307	56.0609	39.1414	53.0718
33	2.4875	0.2072	-0.1996	1.1946	-0.4628	1.3928	-0.0216	-0.4475	-0.1579	0.1862	0.1355	0.2154	-0.126	-0.0817	-0.1139	0.1495	0.0508	0.0383	0.2095	0.0045	0.0907	44.9534	40.4127	42.9097
34	0.3357	-0.2289	0.0225	0.8736	-0.1766	0.3304	0.0165	-0.1904	-0.1235	0.0337	0.0201	0.063	-0.0612	-0.033	-0.0366	0.1092	-0.0048	-0.0133	0.1786	0.0214	0.1166	57.8061	22.4123	34.0711
35	0.7717	-0.0858	-0.0408	0.5817	-0.1562	0.4529	0.019	-0.0338	-0.1558	-0.0878	0.0447	0.1071	0.0315	-0.0353	-0.0638	0.1391	0.0022	-0.033	0.0835	-0.047	0.1028	67.3572	16.353	17.0862
36	0.8645	-0.2349	-0.5308	1.0588	0.1408	0.6354	0.0318	-0.0454	-0.0814	-0.1375	-0.0584	-0.2557	-0.0077	0.0376	0.0266	0.1446	0.0215	0.0004	0.079	-0.0361	0.1388	89.2767	16.5689	13.37

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	14 - 124
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	125 - 323
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	324 - 336
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	337 - 463
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	464 - 555
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	556 - 644
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	645 - 752
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	753 - 939
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	940 - 1038
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	14 - 123
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	124 - 323
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	324 - 460
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	461 - 551
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	552 - 629
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	630 - 841
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	842 - 891
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	892 - 939
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	940 - 1038
19	X-RAY DIFFRACTION	19	C	14 - 110
20	X-RAY DIFFRACTION	20	C	111 - 191
21	X-RAY DIFFRACTION	21	C	192 - 314
22	X-RAY DIFFRACTION	22	C	315 - 461
23	X-RAY DIFFRACTION	23	C	462 - 517
24	X-RAY DIFFRACTION	24	C	518 - 558
25	X-RAY DIFFRACTION	25	C	559 - 606
26	X-RAY DIFFRACTION	26	C	607 - 888
27	X-RAY DIFFRACTION	27	C	889 - 1038
28	X-RAY DIFFRACTION	28	D	14 - 124
29	X-RAY DIFFRACTION	29	D	125 - 322
30	X-RAY DIFFRACTION	30	D	323 - 337
31	X-RAY DIFFRACTION	31	D	338 - 468
32	X-RAY DIFFRACTION	32	D	469 - 550
33	X-RAY DIFFRACTION	33	D	551 - 624
34	X-RAY DIFFRACTION	34	D	625 - 743
35	X-RAY DIFFRACTION	35	D	744 - 931
36	X-RAY DIFFRACTION	36	D	932 - 1038

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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