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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4amb | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the glycosyltransferase SnogD from Streptomyces nogalater | ||||||
要素 | SNOGD | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / POLYKETIDE BIOSYNTHESIS / GT1 FAMILY / NOGALAMYCIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cellular glucuronidation / UDP-glycosyltransferase activity / hexosyltransferase activity / antibiotic biosynthetic process / enzyme binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | STREPTOMYCES NOGALATER (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.62 Å | ||||||
データ登録者 | Claesson, M. / Siitonen, V. / Dobritzsch, D. / Metsa-Ketela, M. / Schneider, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: FEBS J. / 年: 2012 タイトル: Crystal Structure of the Glycosyltransferase Snogd from the Biosynthetic Pathway of the Nogalamycin in Streptomyces Nogalater. 著者: Claesson, M. / Siitonen, V. / Dobritzsch, D. / Metsa-Ketela, M. / Schneider, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4amb.cif.gz | 148.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4amb.ent.gz | 116.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4amb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4amb_validation.pdf.gz | 772 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4amb_full_validation.pdf.gz | 780.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4amb_validation.xml.gz | 28.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4amb_validation.cif.gz | 39.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/am/4amb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/am/4amb | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.8528, -0.5222, -0.002406), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41946.566 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 13-390 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) STREPTOMYCES NOGALATER (バクテリア) プラスミド: PNIC-BSAI / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9RN61 #2: 化合物 | ChemComp-DUD / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.5 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 5.2 / 詳細: 26% (W/V) PEG 3350, 0.1 M CITRATE PH 5.2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.62→60 Å / Num. obs: 23310 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 7.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.62→2.76 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 86.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3D0Q 解像度: 2.62→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.908 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.83 / SU B: 14.565 / SU ML: 0.307 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.402 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.945 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.62→50 Å
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拘束条件 |
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