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- PDB-4alp: The Lin28b Cold shock domain in complex with hexauridine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4alp
タイトルThe Lin28b Cold shock domain in complex with hexauridine
要素
  • HEXA URIDINE
  • LIN28 ISOFORM B
キーワードCHAPERONE/RNA / CHAPERONE-RNA COMPLEX / TRANSCRIPTION / LIN-28 / RNA / LET-7 / MIRNA
機能・相同性
機能・相同性情報


pre-miRNA processing / mRNA binding / nucleolus / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cold-shock (CSD) domain profile. / Cold-shock protein, DNA-binding / 'Cold-shock' DNA-binding domain / Cold shock domain / Cold shock protein domain / Nucleic acid-binding proteins / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type ...Cold-shock (CSD) domain profile. / Cold-shock protein, DNA-binding / 'Cold-shock' DNA-binding domain / Cold shock domain / Cold shock protein domain / Nucleic acid-binding proteins / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / Lin-28 homolog B
類似検索 - 構成要素
生物種XENOPUS TROPICALIS (ネッタイツメガエル)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 1.48 Å
データ登録者Mayr, F. / Schuetz, A. / Doege, N. / Heinemann, U.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2012
タイトル: The Lin28 Cold-Shock Domain Remodels Pre-Let-7 Microrna.
著者: Mayr, F. / Schutz, A. / Doge, N. / Heinemann, U.
履歴
登録2012年3月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月3日Group: Derived calculations
改定 1.22018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 5-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 6-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 5-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 6-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "CA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 5-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 6-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "DA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 5-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 6-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LIN28 ISOFORM B
B: LIN28 ISOFORM B
C: LIN28 ISOFORM B
D: LIN28 ISOFORM B
E: HEXA URIDINE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,7457
ポリマ－41,5615
非ポリマー1842
水11,818656
1
B: LIN28 ISOFORM B
C: LIN28 ISOFORM B
ヘテロ分子

B: LIN28 ISOFORM B
C: LIN28 ISOFORM B
ヘテロ分子

A: LIN28 ISOFORM B
D: LIN28 ISOFORM B
E: HEXA URIDINE
ヘテロ分子

A: LIN28 ISOFORM B
D: LIN28 ISOFORM B
E: HEXA URIDINE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,49014
ポリマ－83,12210
非ポリマー3684
水18010
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation4_444x-1/2,-y-1/2,-z-11
crystal symmetry operation3_554-x+1/2,y+1/2,-z-11
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area11430 Å2
ΔGint-69.3 kcal/mol
Surface area35590 Å2
手法PISA
2
B: LIN28 ISOFORM B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,0342
ポリマ－9,9421
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: LIN28 ISOFORM B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,9421
ポリマ－9,9421
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.982, 61.166, 63.219
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11E-2010-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
LIN28 ISOFORM B


分子量: 9942.231 Da / 分子数: 4 / 断片: COLD SHOCK DOMAIN, RESIDUES 27-114 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) XENOPUS TROPICALIS (ネッタイツメガエル)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: B4F6I0
#2: RNA鎖 HEXA URIDINE


分子量: 1792.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 656 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.91 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: BL14-1 / タイプ: BESSY / 波長: 0.91841
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.48→32.4 Å / Num. obs: 60327 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 1

-
解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.6.0117 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 1.48→32.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 2.123 / SU ML: 0.043 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.074 / ESU R Free: 0.071 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18768 3023 5 %RANDOM
Rwork0.1693 ---
obs0.17023 57423 96.39 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.918 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.56 Å20 Å20 Å2
2--0.56 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.48→32.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2676 115 12 656 3459
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0193006
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022196
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5681.9414069
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.88235318
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9445374
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.99822.687134
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.71215512
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4251525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2409
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0213309
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02674
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.48→1.519 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.208 205 -
Rwork0.202 3863 -
obs--93.75 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7520.04310.3390.3736-0.36620.58990.01710.04180.01820.0118-0.00040.02130.03320.045-0.01670.03860.0229-0.00190.0208-0.00760.009911.8561-16.9259-21.3675
21.3928-0.1243-0.05240.25450.27240.30590.0058-0.0375-0.0407-0.0028-0.02260.0098-0.0177-0.03240.01680.03360.0017-0.00730.0197-0.00060.013336.2539-12.9261-14.1948
30.4427-0.18570.10341.1878-0.08410.3081-0.007-0.0226-0.0159-0.08970.06180.0316-0.0274-0.0141-0.05480.0341-0.0064-0.00770.00480.00790.033337.0299-16.2834-46.3952
41.544-0.21240.00960.34540.31660.37620.03120.19610.02010.00850.008-0.0234-0.03420.0529-0.03920.0423-0.00480.01290.0414-0.00950.010111.3687-14.0986-51.7769
50.0429-0.08030.06360.1564-0.12030.0953-0.01680.00190.03370.0271-0.0273-0.0651-0.00970.00690.0440.0817-0.0141-0.00070.05030.00910.04876.08871.0597-34.7094
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A27 - 113
2X-RAY DIFFRACTION2B29 - 114
3X-RAY DIFFRACTION3C29 - 114
4X-RAY DIFFRACTION4D30 - 113
5X-RAY DIFFRACTION5E1 - 6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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