PDB-4aln: Crystal structure of S. aureus FabI (P32)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4aln

タイトル

Crystal structure of S. aureus FabI (P32)

要素

ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE/REDUCTASE SUPERFAMILY / FATTY ACID BIOSYNTHESIS / LIPID SYNTHESIS

機能・相同性

機能・相同性情報

: / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH, Re-specific) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / fatty acid biosynthetic process / nucleotide binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

STAPHYLOCOCCUS AUREUS (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.05 Å

データ登録者

Schiebel, J. / Kisker, C.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: Staphylococcus Aureus Fabi: Inhibition, Substrate Recognition and Potential Implications for in Vivo Essentiality
著者: Schiebel, J. / Chang, A. / Lu, H. / Baxter, M.V. / Tonge, P.J. / Kisker, C.

履歴

登録	2012年3月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年5月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年5月23日	Group: Other
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4aln.cif.gz	991.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4aln.ent.gz	833 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4aln.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4aln_validation.pdf.gz	553.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4aln_full_validation.pdf.gz	617.6 KB	表示
XML形式データ	4aln_validation.xml.gz	94.5 KB	表示
CIF形式データ	4aln_validation.cif.gz	127.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/al/4aln ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/al/4aln	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4aliC 4aljC 4alkC 4allSC 4almC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1qot-d 3nyw-d 3h7a-d 5zmd-2 1ksx-1 3p94-d 7b06-d 4u2a-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (2) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

B: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

C: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

D: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

E: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

F: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

G: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

H: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

I: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

J: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

K: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

L: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

374 kDa, 12 ポリマー
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1

A: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

B: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

C: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

D: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
125 kDa, 4 ポリマー
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2

E: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

F: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

G: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

H: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
125 kDa, 4 ポリマー
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3

I: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

J: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

K: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

L: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

ソフトウェアが定義した集合体
125 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	123.780, 123.780, 190.110
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂

#1: タンパク質	ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH] / ENR / ENOYL-ACP REDUCTASE 分子量: 31144.240 Da / 分子数: 12 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) STAPHYLOCOCCUS AUREUS (黄色ブドウ球菌) 株: N315 / プラスミド: PETM-11 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q7A6D8, UniProt: A0A0H3JLH9*PLUS, EC: 1.3.1.10
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 250 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LEU 2 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, LEU 2 TO VAL ENGINEERED ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LEU 2 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, LEU 2 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, LEU 2 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, LEU 2 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN E, LEU 2 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN F, LEU 2 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN G, LEU 2 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN H, LEU 2 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN I, LEU 2 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN J, LEU 2 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN K, LEU 2 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN L, LEU 2 TO VAL

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.59 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 0.61 M NH4H2PO4, 9% T-BUTANOL, 0.01 M EDTA PH 7.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID29 / 波長: 0.919

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年2月5日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.919 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.674
1	1	K, H, -L	2	0.326

反射

解像度: 3.05→50 Å / Num. obs: 61623 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.6 % / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 6.76

反射シェル

解像度: 3.05→3.2 Å / 冗長度: 2.6 % / R_merge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 2.12 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4ALL

4all

解像度: 3.05→44.28 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.926 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9 / SU B: 32.195 / SU ML: 0.275 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.095 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24554	3064	5 %	RANDOM
R_work	0.20292	-	-	-
obs	0.20509	58556	99.06 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 67.113 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	18.01 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	18.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	-36.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.05→44.28 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19811	0	0	250	20061

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	20036
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.482	1.969	27002
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.908	5	2521
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.466	25.499	911
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.079	15	3648
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.015	15	93
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	3160
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	14731
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.39	1.5	12646
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.575	2	20261
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.767	3	7390
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.595	4.5	6741
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 3.048→3.127 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.394	168	-
R_work	0.266	4271	-
obs	-	-	96.67 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2525	0.4126	0.0604	2.0502	-1.1126	3.779	-0.0925	-0.2166	0.1982	0.1062	0.1191	-0.1632	-0.6888	-0.1662	-0.0266	0.4497	0.0737	0.0155	0.3527	-0.0512	0.1508	44.6385	-10.3813	18.9036
2	4.6219	-1.7852	0.2358	-0.1743	-0.3287	1.5475	-0.3193	-0.0115	-0.1588	-0.0112	0.0957	-0.1134	-0.0476	-0.1122	0.2236	0.3	-0.0255	-0.0106	0.272	0.0011	0.2323	53.0018	-24.1944	18.815
3	0.1472	-1.0493	0.4642	0.6396	-0.1512	1.6898	0.0833	-0.0129	0.1537	-0.0233	-0.0427	-0.2067	0.0747	0.1553	-0.0406	0.3575	-0.0295	-0.0158	0.3094	-0.0026	0.2291	54.3301	-25.0313	10.3122
4	1.3174	0.5801	-0.8575	2.1383	-1.0619	1.4805	-0.0674	0.0662	0.2014	-0.1427	0.0591	-0.2283	-0.2084	0.2001	0.0083	0.3753	-0.03	-0.0012	0.3913	-0.0747	0.2276	53.9559	-15.2414	-0.7984
5	2.0011	-0.2367	1.0082	2.8357	-0.2259	4.0494	0.1175	-0.1093	0.1835	0.2471	0.1435	-0.127	0.1791	0.1233	-0.261	0.2806	0.0226	0.008	0.2136	-0.0223	0.0969	77.1543	-52.2412	17.5571
6	1.5058	1.087	0.0505	2.8713	1.3062	2.8592	0.0466	0.1217	0.2356	0.1124	-0.0378	-0.016	0.2385	0.1143	-0.0088	0.2261	0.0025	-0.0235	0.2691	-0.0059	0.0995	79.6057	-46.7596	22.6294
7	-0.4937	-1.3193	0.5463	1.0385	0.5988	1.4205	-0.0172	-0.0235	0.145	-0.0351	0.038	-0.0543	0.1282	-0.089	-0.0208	0.3066	-0.0423	-0.0073	0.3243	-0.0202	0.2373	71.0062	-35.2136	18.0649
8	1.13	-0.3887	-0.419	0.9992	0.0373	1.4598	-0.062	-0.2177	-0.0978	-0.1996	-0.0028	0.0456	0.1105	-0.0148	0.0648	0.3055	-0.0234	-0.0033	0.3367	0.0247	0.1808	68.3782	-36.8976	9.6827
9	0.2607	0.6354	0.2801	2.3283	0.0241	1.9573	-0.1395	-0.0938	0.0732	-0.0982	-0.0441	0.3865	0.1979	-0.2814	0.1836	0.3341	0.0064	0.014	0.3451	-0.0039	0.2199	63.7159	-50.0443	2.9626
10	2.1519	-0.2461	1.3984	7.3701	-4.8236	7.495	0.2969	0.1938	-0.2919	0.1651	0.0034	-0.4075	0.2605	0.6972	-0.3003	0.3369	0.1133	0.048	0.4254	-0.0506	0.1286	80.3554	-50.5678	-16.8031
11	1.5197	-0.6898	1.2134	-0.0261	-0.4664	3.632	0.1618	0.1433	0.1873	-0.0868	-0.0067	-0.0555	0.1913	0.5302	-0.1551	0.4029	0.1053	0.0393	0.4174	-0.0454	0.1781	75.5173	-51.9865	-26.1509
12	0.5707	-1.934	0.5627	3.6408	-1.2424	2.3217	0.1622	-0.0145	0.0305	0.085	-0.1048	0.3655	0.1258	0.2369	-0.0574	0.3667	-0.006	0.0267	0.345	-0.0054	0.2348	62.844	-43.2727	-20.3442
13	2.2848	-2.5047	0.8379	-2.3622	1.4755	2.7273	-0.1215	-0.0174	0.1223	0.1101	0.0984	-0.2072	0.1434	-0.1299	0.0231	0.3213	-0.0192	0.0149	0.3289	0.0153	0.1621	63.6968	-41.641	-12.5091
14	0.8465	-0.2167	0.289	3.5451	0.8805	1.5117	0.0555	-0.1885	0.1508	-0.0799	-0.1187	-0.3281	-0.1587	0.3223	0.0632	0.3026	-0.0018	-0.0069	0.4122	0.0005	0.1502	76.3469	-36.0797	-5.8147
15	4.6449	-0.6531	0.9934	-0.6031	-0.4499	2.6425	-0.0645	-0.0087	-0.063	0.0816	0.0764	0.0583	0.1231	-0.153	-0.012	0.2984	0.011	0.0407	0.26	-0.0275	0.1402	33.472	-20.8779	-15.6519
16	3.3852	-0.6242	-1.4751	-0.0056	0.281	2.3202	0.0291	0.2556	-0.0963	-0.1588	-0.1454	-0.0012	0.0135	-0.3127	0.1163	0.2825	0.0605	-0.0112	0.2986	0.0163	0.135	35.267	-21.6118	-25.4695
17	1.6303	-3.5467	-0.049	4.2726	-0.1718	-0.0675	-0.0352	0.0236	-0.0708	0.1198	0.085	-0.0384	0.0594	-0.0101	-0.0498	0.2955	0.0222	0.0234	0.3109	-0.0048	0.2045	49.8843	-27.0155	-21.7652
18	1.8119	0.3704	-1.0615	-2.2399	1.0347	1.7645	-0.0625	-0.1098	-0.006	0.2112	0.1118	0.0488	0.2848	0.0234	-0.0493	0.3185	-0.002	-0.0074	0.3217	0.0526	0.1896	52.5727	-27.5743	-13.547
19	2.0198	-0.8512	1.3318	0.0266	0.4086	4.1774	0.1	-0.1914	-0.226	-0.2604	-0.1906	0.1971	0.1317	0.0134	0.0905	0.3674	0.0548	-0.0038	0.306	0.0093	0.2073	42.4105	-22.8982	-4.7099
20	4.2493	2.6921	0.676	1.2697	0.5202	1.593	0.0899	0.0832	0.0362	-0.1689	0.0093	0.1411	-0.531	-0.1604	-0.0992	0.5269	0.109	0.0051	0.4044	0.0091	0.2367	-13.8903	29.5483	-9.7878
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3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	154 - 194
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	205 - 255
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	3 - 46
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	47 - 96
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	109 - 146
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	158 - 194
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	205 - 255
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	3 - 39
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	40 - 94
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	107 - 148
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	157 - 194
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	203 - 255
15	X-RAY DIFFRACTION	15	D	3 - 40
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	41 - 94
17	X-RAY DIFFRACTION	17	D	109 - 146
18	X-RAY DIFFRACTION	18	D	156 - 190
19	X-RAY DIFFRACTION	19	D	222 - 251
20	X-RAY DIFFRACTION	20	E	3 - 30
21	X-RAY DIFFRACTION	21	E	31 - 61
22	X-RAY DIFFRACTION	22	E	62 - 94
23	X-RAY DIFFRACTION	23	E	107 - 147
24	X-RAY DIFFRACTION	24	E	157 - 190
25	X-RAY DIFFRACTION	25	E	203 - 256
26	X-RAY DIFFRACTION	26	F	3 - 25
27	X-RAY DIFFRACTION	27	F	26 - 61
28	X-RAY DIFFRACTION	28	F	62 - 94
29	X-RAY DIFFRACTION	29	F	109 - 147
30	X-RAY DIFFRACTION	30	F	154 - 191
31	X-RAY DIFFRACTION	31	F	222 - 255
32	X-RAY DIFFRACTION	32	G	3 - 32
33	X-RAY DIFFRACTION	33	G	33 - 97
34	X-RAY DIFFRACTION	34	G	109 - 148
35	X-RAY DIFFRACTION	35	G	159 - 189
36	X-RAY DIFFRACTION	36	G	203 - 255
37	X-RAY DIFFRACTION	37	H	3 - 40
38	X-RAY DIFFRACTION	38	H	41 - 94
39	X-RAY DIFFRACTION	39	H	108 - 147
40	X-RAY DIFFRACTION	40	H	156 - 193
41	X-RAY DIFFRACTION	41	H	206 - 255
42	X-RAY DIFFRACTION	42	I	3 - 34
43	X-RAY DIFFRACTION	43	I	35 - 94
44	X-RAY DIFFRACTION	44	I	109 - 146
45	X-RAY DIFFRACTION	45	I	157 - 189
46	X-RAY DIFFRACTION	46	I	205 - 255
47	X-RAY DIFFRACTION	47	J	3 - 39
48	X-RAY DIFFRACTION	48	J	40 - 93
49	X-RAY DIFFRACTION	49	J	109 - 146
50	X-RAY DIFFRACTION	50	J	159 - 190
51	X-RAY DIFFRACTION	51	J	205 - 253
52	X-RAY DIFFRACTION	52	K	3 - 68
53	X-RAY DIFFRACTION	53	K	69 - 94
54	X-RAY DIFFRACTION	54	K	109 - 148
55	X-RAY DIFFRACTION	55	K	157 - 190
56	X-RAY DIFFRACTION	56	K	204 - 255
57	X-RAY DIFFRACTION	57	L	3 - 30
58	X-RAY DIFFRACTION	58	L	31 - 61
59	X-RAY DIFFRACTION	59	L	62 - 94
60	X-RAY DIFFRACTION	60	L	108 - 146
61	X-RAY DIFFRACTION	61	L	159 - 189
62	X-RAY DIFFRACTION	62	L	222 - 252

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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