PDB-4ali: Crystal structure of S. aureus FabI in complex with NADP and tric...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ali

タイトル

Crystal structure of S. aureus FabI in complex with NADP and triclosan (P1)

要素

ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE/REDUCTASE SUPERFAMILY / FATTY ACID BIOSYNTHESIS / LIPID SYNTHESIS / SAFABI / FABI

機能・相同性

機能・相同性情報

: / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH, Re-specific) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / fatty acid biosynthetic process / nucleotide binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

STAPHYLOCOCCUS AUREUS (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Schiebel, J. / Chang, A. / Tonge, P.J. / Kisker, C.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: Staphylococcus Aureus Fabi: Inhibition, Substrate Recognition and Potential Implications for in Vivo Essentiality
著者: Schiebel, J. / Chang, A. / Lu, H. / Baxter, M.V. / Tonge, P.J. / Kisker, C.

履歴

登録	2012年3月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年5月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年5月23日	Group: Other
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ali.cif.gz	847.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ali.ent.gz	708.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ali.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4ali_validation.pdf.gz	5.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ali_full_validation.pdf.gz	5.4 MB	表示
XML形式データ	4ali_validation.xml.gz	94.6 KB	表示
CIF形式データ	4ali_validation.cif.gz	126.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/al/4ali ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/al/4ali	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4aljC 4alkSC 4allC 4almC 4alnC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4alk-1 4cv0-d 4d41-1 4alk-2 4d45-2 4d42-1 4d43-2 4bng-1 4d42-2 4d45-1 4bnj-1 4bnj-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (2) #235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

B: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

C: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

D: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

E: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

F: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

G: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

H: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

ヘテロ分子

258 kDa, 8 ポリマー
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1

A: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

B: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

C: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

D: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
129 kDa, 4 ポリマー
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2

E: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

F: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

G: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

H: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
129 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	89.960, 94.810, 94.880
Angle α, β, γ (deg.)	98.13, 111.98, 97.25
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH] / ENR 分子量: 31144.240 Da / 分子数: 8 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) STAPHYLOCOCCUS AUREUS (黄色ブドウ球菌) 株: N315 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q7A6D8, UniProt: A0A0H3JLH9*PLUS, EC: 1.3.1.10
#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#3: 化合物	ChemComp-TCL / TRICLOSAN / トリクロサン分子量: 289.542 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₇Cl₃O₂ / コメント: 抗真菌剤, 抗生剤, 可溶化剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID / グルタミン酸タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₉NO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1233 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LEU 2 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, LEU 2 TO VAL ENGINEERED ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LEU 2 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, LEU 2 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, LEU 2 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, LEU 2 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN E, LEU 2 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN F, LEU 2 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN G, LEU 2 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN H, LEU 2 TO VAL

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.94 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M K/NA-PHOSPHATE PH 6.5, 38 % MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→38.47 Å / Num. obs: 161229 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): 6 / 冗長度: 3.97 % / R_merge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 8.01
反射シェル	解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 3.98 % / R_merge(I) obs: 0.84 / Mean I/σ(I) obs: 2.04 / % possible all: 97

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4ALK

4alk

解像度: 2.1→38.47 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 9.478 / SU ML: 0.115 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.152 / ESU R Free: 0.146 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19745	8072	5 %	RANDOM
R_work	0.14881	-	-	-
obs	0.15124	153147	97.85 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.333 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.5 Å²	-0.32 Å²	0.49 Å²
2-	-	-1.93 Å²	-1.33 Å²
3-	-	-	-0.65 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→38.47 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15682	0	590	1233	17505

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	17190
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.839	1.985	23305
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.755	5	2160
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.024	24.814	779
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.135	15	3023
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.654	15	110
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	2603
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.014	0.02	12902
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.474	1.5	10458
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.315	2	16766
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.33	3	6732
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.45	4.5	6510
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.306	545	-
R_work	0.247	11320	-
obs	-	-	96.99 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8175	1.1658	-0.1238	3.6189	-0.0429	1.8945	-0.1757	-0.3658	-0.2261	0.1067	0.1964	-0.0969	0.0103	0.3261	-0.0207	0.0696	0.0488	-0.0211	0.1862	0.048	0.0601	12.5074	32.5856	20.1136
2	5.4188	1.2716	-0.4775	2.0099	0.1106	2.2832	0.0103	-0.679	-0.2451	0.3346	0.0271	-0.1056	0.3349	0.364	-0.0373	0.1557	0.06	-0.0449	0.231	0.09	0.0767	8.5748	29.0119	26.9485
3	0.7399	-0.1487	0.1736	0.8326	-0.1623	0.8579	-0.0062	-0.2719	-0.0751	0.2026	0.0577	-0.0114	0.0143	0.0893	-0.0516	0.1348	0.0094	0.0083	0.1543	0.0393	0.087	-1.038	38.3763	22.2974
4	1.2952	0.1008	0.2822	0.6158	0.2183	1.1891	-0.0346	-0.1364	0.0228	0.0545	0.069	0.0328	-0.1681	0.0159	-0.0345	0.1162	-0.0021	0.0134	0.0763	0.031	0.107	-3.1898	41.9439	11.4727
5	0.8533	0.2693	-0.1675	1.856	0.2065	1.0802	-0.0476	-0.0418	0.0294	0.0335	0.0567	0.05	-0.1106	0.0341	-0.0091	0.0921	0.0027	0.0004	0.0899	0.0084	0.077	2.9047	44.2703	8.3571
6	3.3302	-0.9084	-2.2829	2.1785	1.602	7.4934	-0.3873	0.3105	-0.3288	0.1397	0.1119	0.0376	0.9981	-0.7386	0.2754	0.2146	-0.0808	0.0179	0.1567	0.0029	0.2385	1.9712	23.5768	0.8652
7	1.135	0.1315	-0.1552	1.3781	0.754	0.6733	-0.0216	-0.1085	-0.0333	0.02	0.0895	-0.0871	0.0356	0.1853	-0.0679	0.0727	-0.0055	-0.014	0.1322	0.0092	0.1169	13.5439	35.7325	4.0847
8	1.5349	-0.6312	-0.4362	2.8307	0.457	1.9247	0.07	0.2093	0.0616	-0.1653	-0.0477	0.0567	-0.3769	-0.3652	-0.0223	0.1374	0.1117	-0.0377	0.1298	0.0074	0.0698	-22.8361	58.2456	-11.4332
9	2.0347	0.7118	0.2314	3.0781	-0.4388	3.9788	0.1504	0.1906	0.2335	-0.2319	-0.1124	0.4128	-0.5008	-0.729	-0.038	0.1562	0.1863	-0.056	0.2389	-0.0248	0.2157	-30.0251	60.4145	-6.8808
10	1.1651	-0.1992	0.1645	1.1105	0.7418	1.514	0.0449	-0.0097	-0.0692	-0.0115	-0.1407	0.2662	-0.1858	-0.4053	0.0958	0.0781	0.0672	-0.0272	0.1558	-0.0168	0.1422	-24.4775	50.2371	1.0052
11	1.0398	-0.1112	-0.1517	0.4856	0.0413	1.2489	-0.0326	0.0608	-0.0508	-0.0158	0.0212	0.0953	-0.1274	-0.0866	0.0115	0.0794	0.0435	-0.0067	0.075	-0.0036	0.1169	-13.2571	47.7852	2.4435
12	0.6004	-0.4716	-0.4095	1.1076	0.2332	1.4958	0.0384	0.0245	0.0125	-0.0875	-0.0362	0.0843	-0.1985	-0.1102	-0.0023	0.092	0.0195	-0.0042	0.0836	0.0111	0.1136	-9.6859	47.2589	-3.5104
13	9.3822	4.1288	-4.9172	3.1864	-1.8325	5.9089	0.5112	-1.1994	0.4672	0.0552	-0.3023	0.1676	-0.944	0.5483	-0.2088	0.4019	-0.0045	0.0147	0.2121	-0.0628	0.2606	-4.568	68.168	-0.1101
14	0.9856	-0.1692	-0.4974	1.3126	0.593	1.1402	0.0735	0.1021	0.0508	-0.163	-0.0783	-0.0221	-0.2562	-0.1065	0.0048	0.193	0.0466	-0.0016	0.0806	0.0181	0.0673	-6.5198	56.9161	-13.0061
15	1.3443	-0.0326	-0.5376	0.4697	0.6909	2.7863	0.0811	0.3969	0.0514	-0.1473	-0.144	0.0778	-0.2911	-0.2118	0.0629	0.2249	0.0643	-0.0413	0.212	0.0209	0.064	-4.9008	50.2512	-34.5266
16	4.3645	-3.6811	-0.8613	3.5613	1.7287	2.9823	0.2637	0.3667	0.0529	-0.5299	-0.2561	0.004	-0.4729	-0.2272	-0.0077	0.4001	-0.0305	-0.0515	0.2855	0.0792	0.0267	-1.525	49.4979	-42.5965
17	1.2332	-0.0667	0.3658	0.965	0.1737	1.7608	0.0236	0.3252	0.0532	-0.3416	0.0146	-0.0404	-0.2937	0.1051	-0.0382	0.2294	-0.0172	0.0597	0.1715	0.0314	0.0438	10.1998	52.5219	-34.8543
18	1.6524	-0.7524	0.1435	1.3835	0.0782	1.266	0.0395	0.1181	0.0618	-0.1414	0.0612	-0.044	-0.2635	0.1076	-0.1008	0.1451	-0.05	0.0322	0.1079	-0.0137	0.0396	12.1406	49.2836	-23.8431
19	1.3506	-0.2938	-0.0885	0.135	0.2135	0.8638	0.0591	0.0666	0.0437	-0.1249	0.0102	-0.021	-0.2192	0.0496	-0.0693	0.2049	-0.042	0.0205	0.1032	0.0006	0.0721	7.0651	50.3914	-19.608
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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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