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- PDB-4alf: Pseudomonas fluorescens PhoX in complex with phosphate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4alf
タイトルPseudomonas fluorescens PhoX in complex with phosphate
要素ALKALINE PHOSPHATASE PHOX
キーワードHYDROLASE / BETA-PROPELLER
機能・相同性Alkaline phosphatase PhoX / Alkaline phosphatase PhoX / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / metal ion binding / MU-OXO-DIIRON / PHOSPHATE ION / Transcriptional initiation protein Tat
機能・相同性情報
生物種PSEUDOMONAS FLUORESCENS (蛍光菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Yong, S.C. / Roversi, P. / Lillington, J.E.D. / Zeldin, O.B. / Garman, E.F. / Lea, S.M. / Berks, B.C.
引用ジャーナル: Science / 年: 2014
タイトル: A Complex Iron-Calcium Cofactor Catalyzing Phosphotransfer Chemistry
著者: Yong, S.C. / Roversi, P. / Lillington, J. / Rodriguez, F. / Krehenbrink, M. / Zeldin, O.B. / Garman, E.F. / Lea, S.M. / Berks, B.C.
履歴
登録2012年3月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月10日Group: Database references
改定 1.22014年9月17日Group: Database references
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALKALINE PHOSPHATASE PHOX
B: ALKALINE PHOSPHATASE PHOX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,07931
ポリマ－129,2672
非ポリマー1,81229
水25,3651408
1
A: ALKALINE PHOSPHATASE PHOX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,63317
ポリマ－64,6341
非ポリマー99916
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: ALKALINE PHOSPHATASE PHOX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,44614
ポリマ－64,6341
非ポリマー81313
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.099, 71.035, 228.501
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.083774, -0.996375, 0.014773), (-0.99643, -0.083915, -0.009232), (0.010438, -0.013947, -0.999848)
ベクター: 16.8473, 19.1794, 57.068)

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 ALKALINE PHOSPHATASE PHOX


分子量: 64633.547 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 48-633 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS FLUORESCENS (蛍光菌) / 株: PF0-1 / プラスミド: PQE60-PHOX AND PREP4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): C43 DELTA TAT / 参照: UniProt: Q3K5N8, alkaline phosphatase

-
非ポリマー , 6種, 1437分子

#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-FEO / MU-OXO-DIIRON


分子量: 127.689 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2O
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1408 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細COMPLEX WITH ORTHOPHOSPHATE
配列の詳細CTERMINALLY HIS-TAGGED, NO SIGNAL PEPTIDE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8
詳細: 0.1 M TRIS HCL PH 8.0, 0.2 M LICL, REMARK 280 20% W/V PEG 6000. THE CRYSTALS WERE SOAKED WITH 100 UL PHOSPHATE BUFFERED SALINE FOR HALF AN HOUR

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年2月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→16.2 Å / Num. obs: 258332 / % possible obs: 83.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル解像度: 1.25→1.31 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 74.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3ZWU

3zwu


解像度: 1.25→16.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / SU B: 1.4 / SU ML: 0.027 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.049 / ESU R Free: 0.047 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES REFINED INDIVIDUALLY. OCCUPANCY REFINEMENT IN AUTOBUSTER PRIOR TO REFMAC5 REFINEMENT.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16432 12913 5 %RANDOM
Rwork0.13272 ---
obs0.1343 243880 82.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 10.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.36 Å20 Å20 Å2
2---0.34 Å20 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.25→16.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8938 0 92 1408 10438
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0199644
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.029099
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4631.93813106
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8083.00120709
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.38451277
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.03524.082490
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.491151549
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.0571575
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.21322
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02111494
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022352
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.37118743
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free22.5415335
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded6.49819553
LS精密化 シェル解像度: 1.25→1.282 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.259 848 -
Rwork0.213 15060 -
obs--72.56 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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