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万見
- PDB-4ajt: The crystal structure of mouse protein-Z dependent protease inhib... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ajt
タイトルThe crystal structure of mouse protein-Z dependent protease inhibitor(mZPI)
要素PROTEIN Z-DEPENDENT PROTEASE INHIBITOR
キーワードBLOOD CLOTTING / ZPI
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Post-translational protein phosphorylation / negative regulation of endopeptidase activity / serine-type endopeptidase inhibitor activity / blood coagulation / heparin binding / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) ...Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) / SERine Proteinase INhibitors / Roll / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein Z-dependent protease inhibitor
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Yan, Y. / Zhou, A.
引用ジャーナル: Blood / 年: 2012
タイトル: Structural Basis for Catalytic Activation of Protein Z-Dependent Protease Inhibitor (Zpi) by Protein Z.
著者: Huang, X. / Yan, Y. / Tu, Y. / Gatti, J. / Broze, G.J.J. / Zhou, A. / Olson, S.T.
履歴
登録2012年2月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月26日Group: Database references
改定 1.22013年4月24日Group: Structure summary
改定 1.32019年6月12日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: citation_author / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _citation_author.name / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN Z-DEPENDENT PROTEASE INHIBITOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,5121
ポリマ－49,5121
非ポリマー00
水19811
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.530, 83.530, 181.260
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number153
Space group name H-MP3212

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN Z-DEPENDENT PROTEASE INHIBITOR / PZ-DEPENDENT PROTEASE INHIBITOR / PZI / SERPIN A10


分子量: 49512.379 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): STAR / 参照: UniProt: Q8R121
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.7 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.2 / 詳細: 4.3 M NACL,0.1 M HEPES-NA, PH7.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 1
検出器日付: 2012年2月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→72.34 Å / Num. obs: 23621 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.27 / Net I/σ(I): 4.9
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 1.06 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 94.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0072精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4データスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3F1S

3f1s


解像度: 2.5→72.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 28.141 / SU ML: 0.257 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.302 / ESU R Free: 0.247 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26894 1271 5.1 %RANDOM
Rwork0.22882 ---
obs0.23089 23621 97.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 57.618 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.3 Å20.65 Å20 Å2
2--1.3 Å20 Å2
3----1.95 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→72.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3033 0 0 11 3044
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0223098
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022165
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0521.9674173
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.76535273
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4935370
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.37724.11146
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.20515581
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.6031518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.2461
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023371
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02644
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3361.51854
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0391.5747
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.6423005
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.76931244
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.3524.51168
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.432 75 -
Rwork0.416 1656 -
obs--93.67 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 19.139 Å / Origin y: -7.2209 Å / Origin z: -29.8226 Å
111213212223313233
T0.0108 Å2-0.0013 Å2-0.0033 Å2-0.4282 Å20.0398 Å2--0.2197 Å2
L2.3097 °2-0.1697 °21.0941 °2-1.5816 °20.0059 °2--4.9844 °2
S0.109 Å °-0.3394 Å °-0.0648 Å °0.0754 Å °-0.0795 Å °-0.1331 Å °0.0853 Å °0.2019 Å °-0.0295 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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