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- PDB-4aiw: GAPR-1 with bound inositol hexakisphosphate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4aiw
タイトルGAPR-1 with bound inositol hexakisphosphate
要素GOLGI-ASSOCIATED PLANT PATHOGENESIS-RELATED PROTEIN 1
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / LIPID-BINDING PROTEIN / GOLGI APPARATUS / MYRISTATE
機能・相同性
機能・相同性情報


sexual reproduction / positive regulation of epithelial cell migration / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / Golgi membrane / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能
Golgi-associated plant pathogenesis-related protein 1, SCP domain / Allergen V5/Tpx-1-related, conserved site / CRISP family signature 1. / Cysteine-rich secretory protein-related / Pathogenesis-related Protein p14a / CAP / SCP / Tpx-1 / Ag5 / PR-1 / Sc7 family of extracellular domains. / CAP domain / Cysteine-rich secretory protein family / CAP superfamily ...Golgi-associated plant pathogenesis-related protein 1, SCP domain / Allergen V5/Tpx-1-related, conserved site / CRISP family signature 1. / Cysteine-rich secretory protein-related / Pathogenesis-related Protein p14a / CAP / SCP / Tpx-1 / Ag5 / PR-1 / Sc7 family of extracellular domains. / CAP domain / Cysteine-rich secretory protein family / CAP superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / Golgi-associated plant pathogenesis-related protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Schouten, A. / Gros, P. / Helms, J.B.
引用
ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2012
タイトル: Interaction of Gapr-1 with Lipid Bilayers is Regulated by Alternative Homodimerization.
著者: Van Galen, J. / Olrichs, N.K. / Schouten, A. / Serrano, R.L. / Nolte-'T Hoen, E.N.M. / Eerland, R. / Kaloyanova, D. / Gros, P. / Helms, J.B.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Structural Analysis of the Human Golgi-Associated Plant Pathogenesis Related Protein Gapr-1 Implicates Dimerization as a Regulatory Mechanism.
著者: Serrano, R.L. / Kuhn, A. / Hendricks, A. / Helms, J.B. / Sinning, I. / Groves, M.R.
履歴
登録2012年2月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月30日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.22019年2月6日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 2.02020年10月7日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_validate_chiral / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12023年12月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GOLGI-ASSOCIATED PLANT PATHOGENESIS-RELATED PROTEIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9522
ポリマ－17,2921
非ポリマー6601
水3,117173
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.088, 64.872, 103.059
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 GOLGI-ASSOCIATED PLANT PATHOGENESIS-RELATED PROTEIN 1 / GAPR-1 / GOLGI-ASSOCIATED PR-1 PROTEIN / GLIOMA PATHOGENESIS- RELATED PROTEIN 2 / GLIPR 2


分子量: 17292.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / Variant (発現宿主): XL-1 / 参照: UniProt: Q9H4G4
#2: 化合物 ChemComp-IHP / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / MYO-INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / INOSITOL 1,2,3,4,5,6-HEXAKISPHOSPHATE / myo-イノシト-ル六りん酸


分子量: 660.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H18O24P6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 173 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41 % / 解説: NONE
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 15% PEG 3350, 100 MM MMT, PH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月11日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→22.04 Å / Num. obs: 21759 / % possible obs: 91.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 11.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 1.5→1.58 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 94.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0102精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1SMB

1smb


解像度: 1.5→36.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 2.438 / SU ML: 0.042 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.075 / ESU R Free: 0.078 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18736 1116 5.1 %RANDOM
Rwork0.15247 ---
obs0.15422 20632 90.26 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.235 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.44 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3----0.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→36.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1197 0 36 173 1406
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0221300
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8341.9661778
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2915166
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.42524.42661
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.61415219
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.431156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1330.2185
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.021990
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1811.5774
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.02521245
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.1363526
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.8814.5525
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.255 91 -
Rwork0.201 1552 -
obs--93.62 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6404-0.73390.09171.4889-0.12053.87680.04590.01370.0859-0.0387-0.0122-0.0078-0.2781-0.1632-0.03380.04680.03960.00460.04940.00160.0612-11.32514.8910.877
20.8459-0.0674-0.17160.69-0.18211.1439-0.0064-0.04160.02310.0243-0.0131-0.1453-0.06510.09760.01950.0252-0.0088-0.01160.01710.00450.05275.1328.8997.788
30.56970.3873-0.13822.2118-1.40573.81080.0462-0.0055-0.0221-0.1102-0.02470.090.354-0.2016-0.02150.0603-0.0174-0.01440.0459-0.00860.0465-10.6370.1289.851
40.55350.1234-0.43330.9241-0.28842.11970.0036-0.02440.0040.06750.0050.0629-0.0092-0.1797-0.00850.0268-0.0032-0.01120.0458-0.00410.043-6.4485.97515.592
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 32
2X-RAY DIFFRACTION2A33 - 72
3X-RAY DIFFRACTION3A73 - 103
4X-RAY DIFFRACTION4A104 - 154

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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