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万見
- PDB-4air: Leishmania major cysteine synthase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4air
タイトルLeishmania major cysteine synthase
要素
  • Cysteine synthase
  • FGA-FGA-FGA-FGA
  • FGA-FGA-FGA-FGA-FGA
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


cysteine synthase / cysteine synthase activity / cysteine biosynthetic process from serine / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cysteine synthase CysK / Cysteine synthase / : / Rossmann fold - #1100 / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Leishmania major (大形リーシュマニア)
Synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Fyfe, P.K. / Westrop, G.D. / Coombs, G.H. / Hunter, W.N.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2012
タイトル: Structure of Leishmania Major Cysteine Synthase.
著者: Fyfe, P.K. / Westrop, G.D. / Ramos, T. / Muller, S. / Coombs, G.H. / Hunter, W.N.
#1: ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2009
タイトル: Two Pathways for Cysteine Biosynthesis in Leishmania Major.
著者: Williams, R.A.M. / Westrop, G.D. / Coombs, G.H.
履歴
登録2012年2月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年2月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年7月11日Group: Other
改定 1.22012年7月18日Group: Database references
改定 2.02023年3月15日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / database_2 ...atom_site / database_2 / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.type_symbol / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_asym_id / _struct_site_gen.label_asym_id / _struct_site_gen.label_seq_id
改定 2.12024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cysteine synthase
B: Cysteine synthase
C: FGA-FGA-FGA-FGA-FGA
D: FGA-FGA-FGA-FGA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,0766
ポリマ－77,0054
非ポリマー712
水12,611700
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.958, 86.325, 134.019
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.6852, 0.6944, 0.22), (0.6931, -0.7144, 0.0962), (0.224, 0.08656, -0.9707)
ベクター: -4.35, 1.137, 28.51)

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要素

#1: タンパク質 Cysteine synthase


分子量: 37903.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leishmania major (大形リーシュマニア)
遺伝子: LMJF_36_3590 / プラスミド: PET15BTEV / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q4Q159, cysteine synthase
#2: タンパク質・ペプチド FGA-FGA-FGA-FGA-FGA


分子量: 663.584 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Synthetic construct (人工物)
#3: タンパク質・ペプチド FGA-FGA-FGA-FGA


分子量: 534.470 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Synthetic construct (人工物)
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 700 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細POLYGLUTAMIC ACID FORMED FROM FGA RESIDUES: THE RESOLVED HETEROGEN IS PART OF A MUCH LONGER POLYMER ...POLYGLUTAMIC ACID FORMED FROM FGA RESIDUES: THE RESOLVED HETEROGEN IS PART OF A MUCH LONGER POLYMER WITH A MASS OF FOUR HUNDRED KDA.
配列の詳細INCLUDES HEXA-HIS TAG AND TEV CLEAVAGE SITE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.15 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→48.9 Å / Num. obs: 53553 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 18.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 18
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0119精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2BHS

2bhs


解像度: 1.8→45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 2.772 / SU ML: 0.086 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.135 / ESU R Free: 0.131 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20826 2712 5.1 %RANDOM
Rwork0.15663 ---
obs0.15921 50629 99.66 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.11 Å20 Å20 Å2
2---0.52 Å20 Å2
3---0.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4572 0 75 700 5347
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0225326
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023608
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4381.9917259
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.93838912
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2375728
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.61624.518197
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.77715963
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.7841532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2834
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0216177
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021023
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.267 185 -
Rwork0.209 3421 -
obs--99.89 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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