PDB-4aip: The FrpB iron transporter from Neisseria meningitidis (F3-3 variant)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4aip

タイトル

The FrpB iron transporter from Neisseria meningitidis (F3-3 variant)

要素

FE-REGULATED PROTEIN B

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / OUTER MEMBRANE / TONB-DEPENDENT TRANSPORTER

機能・相同性

機能・相同性情報

: / siderophore uptake transmembrane transporter activity / cell outer membrane / signaling receptor activity
類似検索 - 分子機能

生物種

NEISSERIA MENINGITIDIS (髄膜炎菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Saleem, M. / Prince, S.M. / Derrick, J.P.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Use of a Molecular Decoy to Segregate Transport from Antigenicity in the Frpb Iron Transporter from Neisseria Meningitidis
著者: Saleem, M. / Prince, S.M. / Rigbb, S.E.J. / Imran, M. / Patel, H. / Chan, H. / Sanders, H. / Maiden, M.C.J. / Feavers, I.M. / Derrick, J.P.

履歴

登録	2012年2月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年1月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年3月6日	Group: Database references / Structure summary
改定 1.2	2013年4月3日	Group: Database references
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_sheet / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AC" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4aip.cif.gz	399.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4aip.ent.gz	324.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4aip.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4aip_validation.pdf.gz	755.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4aip_full_validation.pdf.gz	828.3 KB	表示
XML形式データ	4aip_validation.xml.gz	79.6 KB	表示
CIF形式データ	4aip_validation.cif.gz	107.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ai/4aip ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ai/4aip	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4aiqC 4b7oC 3fhhS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7jlp-d 2ag0-d 7b2e-1 4d5g-1 2ihv-d 6qx2-2 6haf-1 4rjj-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: FE-REGULATED PROTEIN B

B: FE-REGULATED PROTEIN B

C: FE-REGULATED PROTEIN B

ヘテロ分子

248 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.320, 104.620, 269.100
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
1	2	A
2	2	B
3	2	C
1	3	A
2	3	B
3	3	C
1	4	A
2	4	B
3	4	C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 3

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ARG	ARG	LYS	LYS	A	A	62 - 318	62 - 318
2	1	ARG	ARG	LYS	LYS	B	B	62 - 318	62 - 318
3	1	ARG	ARG	LYS	LYS	C	C	62 - 318	62 - 318
1	2	LYS	LYS	LEU	LEU	A	A	325 - 395	325 - 395
2	2	LYS	LYS	LEU	LEU	B	B	325 - 395	325 - 395
3	2	LYS	LYS	LEU	LEU	C	C	325 - 395	325 - 395
1	3	LYS	LYS	ASN	ASN	A	A	433 - 565	433 - 565
2	3	LYS	LYS	ASN	ASN	B	B	433 - 565	433 - 565
3	3	LYS	LYS	ASN	ASN	C	C	433 - 565	433 - 565
1	4	GLU	GLU	PHE	PHE	A	A	577 - 742	577 - 742
2	4	GLU	GLU	PHE	PHE	B	B	577 - 742	577 - 742
3	4	GLU	GLU	PHE	PHE	C	C	577 - 742	577 - 742

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.8235, -0.3203, 0.4682), (0.2677, -0.5083, -0.8185), (0.5002, 0.7994, -0.3329)	22.39, 18.25, -60.46
2	given	(0.8377, 0.295, 0.4597), (-0.2733, -0.5023, 0.8204), (0.4729, -0.8128, -0.3402)	6.709, 65.6, -14.64

#1: タンパク質	FE-REGULATED PROTEIN B 分子量: 82324.250 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) NEISSERIA MENINGITIDIS (髄膜炎菌) プラスミド: PET30EKLIC / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): T7 EXPRESS / 参照: UniProt: Q51162
#2: 化合物	ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID / グルタミン酸タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₉NO₄
#3: 化合物	ChemComp-N8E / 3,6,9,12,15-PENTAOXATRICOSAN-1-OL / N-OCTYLPENTAOXYETHYLENE / PENTAETHYLENE GLYCOL MONOOCTYL ETHER / OCTYLPENTAGLYCOL N-OCTYLPENTAOXYETHYLENE / ペンタエチレングリコ-ルモノオクチルエ-テル分子量: 350.491 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₃₈O₆ / コメント: C8E5, 可溶化剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 328 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
非ポリマーの詳細	3,6,9,12,15-PENTAOXATRICOSAN-1-OL (N8E): DETERGENT MOLECULE
配列の詳細	DEVIATION AT N-TERMINUS DUE TO ADDITION OF PURIFICATION TAG AND REMOVAL OF SIGNAL SEQUENCE FROM THE ...DEVIATION AT N-TERMINUS DUE TO ADDITION OF PURIFICATION TAG AND REMOVAL OF SIGNAL SEQUENCE FROM THE EXPRESSION CONSTRUCT.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 53 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6 詳細: 0.6% (W/V) HEXYL-B-D-MALTOSIDE, 20 MM NA L-GLUTAMATE, 20 MM D, L-ALANINE, 20 MM GLYCINE, 20 MM LYSINE (RACEMIC), 20 MM SERINE (RACEMIC), 29 MM IMIDAZOLE, 11.6% (V/V) MPD, 11.6% (W/V) PEG ...詳細: 0.6% (W/V) HEXYL-B-D-MALTOSIDE, 20 MM NA L-GLUTAMATE, 20 MM D, L-ALANINE, 20 MM GLYCINE, 20 MM LYSINE (RACEMIC), 20 MM SERINE (RACEMIC), 29 MM IMIDAZOLE, 11.6% (V/V) MPD, 11.6% (W/V) PEG 1000, 11.6% (W/V) PEG 3350 AND 71 MM MES (PH 6.0)

結晶

マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 53 % / 解説: NONE

結晶化

pH: 6
詳細: 0.6% (W/V) HEXYL-B-D-MALTOSIDE, 20 MM NA L-GLUTAMATE, 20 MM D, L-ALANINE, 20 MM GLYCINE, 20 MM LYSINE (RACEMIC), 20 MM SERINE (RACEMIC), 29 MM IMIDAZOLE, 11.6% (V/V) MPD, 11.6% (W/V) PEG ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.978
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年4月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→134 Å / Num. obs: 86235 / % possible obs: 90.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 10.2
反射シェル	解像度: 2.4→2.46 Å / 冗長度: 2.2 % / R_merge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 83.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3FHH

3fhh

解像度: 2.4→134.55 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.895 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.836 / SU B: 10.807 / SU ML: 0.249 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.58 / ESU R Free: 0.331 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES 1-59, 401-416, 568-573 AND 673-675 OMITTED FROM SOME OR ALL CHAINS DUE TO POOR ELECTRON DENSITY.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.29639	4301	5 %	RANDOM
R_work	0.24183	-	-	-
obs	0.24456	81658	90.44 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.534 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.16 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.4 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.23 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→134.55 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15599	0	58	328	15985

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.024	0.021	15978
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.136	1.932	21551
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.671	5	1981
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.138	23.845	814
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.304	15	2638
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.848	15	123
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.143	0.2	2262
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	12407
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.529	1.5	9804
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.852	2	15652
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.765	3	6174
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.707	4.5	5899
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	1028	tight positional	0.07	0.05
1	2	B	1028	tight positional	0.05	0.05
1	3	C	1028	tight positional	0.07	0.05
2	1	A	284	tight positional	0.07	0.05
2	2	B	284	tight positional	0.06	0.05
2	3	C	284	tight positional	0.07	0.05
3	1	A	532	tight positional	0.06	0.05
3	2	B	532	tight positional	0.05	0.05
3	3	C	532	tight positional	0.07	0.05
4	1	A	648	tight positional	0.15	0.05
4	2	B	648	tight positional	0.17	0.05
4	3	C	648	tight positional	0.19	0.05
1	1	A	942	loose positional	0.23	5
1	2	B	942	loose positional	0.16	5
1	3	C	942	loose positional	0.24	5
2	1	A	284	loose positional	0.24	5
2	2	B	284	loose positional	0.16	5
2	3	C	284	loose positional	0.24	5
3	1	A	516	loose positional	0.07	5
3	2	B	516	loose positional	0.07	5
3	3	C	516	loose positional	0.08	5
4	1	A	639	loose positional	0.47	5
4	2	B	639	loose positional	0.37	5
4	3	C	639	loose positional	0.36	5
1	1	A	1028	tight thermal	0.17	0.5
1	2	B	1028	tight thermal	0.18	0.5
1	3	C	1028	tight thermal	0.18	0.5
2	1	A	284	tight thermal	0.16	0.5
2	2	B	284	tight thermal	0.16	0.5
2	3	C	284	tight thermal	0.15	0.5
3	1	A	532	tight thermal	0.17	0.5
3	2	B	532	tight thermal	0.17	0.5
3	3	C	532	tight thermal	0.15	0.5
4	1	A	648	tight thermal	2.38	0.5
4	2	B	648	tight thermal	4.04	0.5
4	3	C	648	tight thermal	3.01	0.5
1	1	A	942	loose thermal	0.17	10
1	2	B	942	loose thermal	0.17	10
1	3	C	942	loose thermal	0.17	10
2	1	A	284	loose thermal	0.18	10
2	2	B	284	loose thermal	0.16	10
2	3	C	284	loose thermal	0.17	10
3	1	A	516	loose thermal	0.16	10
3	2	B	516	loose thermal	0.16	10
3	3	C	516	loose thermal	0.16	10
4	1	A	639	loose thermal	3.6	10
4	2	B	639	loose thermal	4.65	10
4	3	C	639	loose thermal	4.09	10

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.384	286	-
R_work	0.338	5470	-
obs	-	-	82.9 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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