PDB-4aim: Crystal structure of C. crescentus PNPase bound to RNase E recogn...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4aim

タイトル

Crystal structure of C. crescentus PNPase bound to RNase E recognition peptide

要素

POLYRIBONUCLEOTIDE NUCLEOTIDYLTRANSFERASE
RIBONUCLEASE, RNE/RNG FAMILY PROTEIN

キーワード

TRANSFERASE/PEPTIDE / TRANSFERASE-PEPTIDE COMPLEX / KH DOMAIN / S1 DOMAIN / GWW PEPTIDE

機能・相同性

機能・相同性情報

ribonuclease E / polyribonucleotide nucleotidyltransferase / polyribonucleotide nucleotidyltransferase activity / ribonuclease E activity / tRNA processing / mRNA catabolic process / RNA processing / RNA endonuclease activity / cytoplasmic side of plasma membrane / rRNA processing ...
類似検索 - 分子機能

生物種

CAULOBACTER VIBRIOIDES (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.3 Å

データ登録者

Hardwick, S.W. / Gubbey, T. / Hug, I. / Jenal, U. / Luisi, B.F.

引用

ジャーナル: Open Biol. / 年: 2012
タイトル: Crystal Structure of Caulobacter Crescentus Polynucleotide Phosphorylase Reveals a Mechanism of RNA Substrate Channelling and RNA Degradosome Assembly.
著者: Hardwick, S.W. / Gubbey, T. / Hug, I. / Jenal, U. / Luisi, B.F.

履歴

登録	2012年2月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年4月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年7月4日	Group: Other
改定 1.2	2014年2月5日	Group: Database references / Source and taxonomy
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4aim.cif.gz	157.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4aim.ent.gz	119.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4aim.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4aim_validation.pdf.gz	450.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4aim_full_validation.pdf.gz	487.5 KB	表示
XML形式データ	4aim_validation.xml.gz	30.8 KB	表示
CIF形式データ	4aim_validation.cif.gz	41.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ai/4aim ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ai/4aim	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4aidC 4am3C 3gmeS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	0342 2gho-d 20100 11026 6a70-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#86 - 2007年2月エキソソーム (Exosomes) 類似性 (9) #253 - 2021年1月エクスプレソーム (Expressome) 類似性 (4) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (3) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (3)

登録構造単位

A: POLYRIBONUCLEOTIDE NUCLEOTIDYLTRANSFERASE

C: RIBONUCLEASE, RNE/RNG FAMILY PROTEIN

ヘテロ分子

80 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: POLYRIBONUCLEOTIDE NUCLEOTIDYLTRANSFERASE

C: RIBONUCLEASE, RNE/RNG FAMILY PROTEIN

ヘテロ分子

A: POLYRIBONUCLEOTIDE NUCLEOTIDYLTRANSFERASE

C: RIBONUCLEASE, RNE/RNG FAMILY PROTEIN

ヘテロ分子

A: POLYRIBONUCLEOTIDE NUCLEOTIDYLTRANSFERASE

C: RIBONUCLEASE, RNE/RNG FAMILY PROTEIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
240 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	97.329, 97.329, 191.910
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

#1: タンパク質	POLYRIBONUCLEOTIDE NUCLEOTIDYLTRANSFERASE / POLYNUCLEOTIDE PHOSPHORYLASE / PNPASE 分子量: 78145.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) CAULOBACTER VIBRIOIDES (バクテリア) 株: CB15 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q9AC32, polyribonucleotide nucleotidyltransferase
#2: タンパク質・ペプチド	RIBONUCLEASE, RNE/RNG FAMILY PROTEIN / RNASE E 分子量: 1798.081 Da / 分子数: 1 / Fragment: PNPASE BINDING PEPTIDE - GWW, RESIDUES 885-898 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) CAULOBACTER VIBRIOIDES (バクテリア) / 参照: UniProt: Q9A749
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.52 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 17 % WT/V PEG 3000, 0.1 M TRI-SODIUM CITRATE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9778
検出器	タイプ: MARRESEARCH MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9778 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.3→40 Å / Num. obs: 15391 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 7.8
反射シェル	解像度: 3.3→3.48 Å / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 0.65 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.6.0117	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3GME

3gme

解像度: 3.3→38.73 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.906 / SU B: 25.049 / SU ML: 0.42 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.51 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26026	771	5 %	RANDOM
R_work	0.18553	-	-	-
obs	0.18927	14616	99.2 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 96.546 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.02 Å²	-0.01 Å²	0 Å²
2-	-	-0.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.3→38.73 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4950	0	5	2	4957

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	5038
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.703	1.963	6874
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.095	5	704
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.982	24.611	180
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.755	15	701
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.221	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.101	0.2	814
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	3850
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 3.3→3.385 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.303	64	-
R_work	0.208	1038	-
obs	-	-	99.01 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -37.4778 Å / Origin y: -6.7915 Å / Origin z: 100.042 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1232 Å²	0.0126 Å²	-0.0258 Å²	-	0.7689 Å²	-0.252 Å²	-	-	0.2034 Å²
L	9.0218 °²	7.512 °²	-4.7778 °²	-	21.9036 °²	-14.1048 °²	-	-	9.0839 °²
S	1.0108 Å °	-0.041 Å °	-0.3593 Å °	1.1125 Å °	-0.3024 Å °	1.063 Å °	-0.711 Å °	0.1594 Å °	-0.7085 Å °

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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