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- PDB-4aik: Crystal structure of RovA from Yersinia in complex with an invasi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4aik
タイトルCrystal structure of RovA from Yersinia in complex with an invasin promoter fragment
要素
  • ROVA PROMOTER FRAGMENT, 5'-D(*AP*TP*GP*AP*TP*AP*TP*TP *AP*TP**TP*TP*AP*TP*AP*TP*GP*AP*TP*AP*A)-3'
  • ROVA PROMOTER FRAGMENT, 5'-D(*TP*TP*TP*AP*TP*CP*AP*TP *AP*TP*AP*AP*AP*TP*AP*AP*TP*AP*TP*CP*A)-3'
  • TRANSCRIPTIONAL REGULATOR SLYA
キーワードTRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION FACTOR / GLOBAL REGULATOR / VIRULENCE REGULATION / THERMOSENSING
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription repressor activity / DNA-binding transcription activator activity / response to stress / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / positive regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
Transcriptional regulator, SlyA / Transcriptional regulator MarR-type, conserved site / MarR-type HTH domain signature. / : / MarR family / MarR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix multiple antibiotic resistance protein / MarR-type HTH domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A ...Transcriptional regulator, SlyA / Transcriptional regulator MarR-type, conserved site / MarR-type HTH domain signature. / : / MarR family / MarR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix multiple antibiotic resistance protein / MarR-type HTH domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Transcriptional regulator SlyA
類似検索 - 構成要素
生物種YERSINIA PSEUDOTUBERCULOSIS (仮性結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Quade, N. / Mendonca, C. / Herbst, K. / Heroven, A.K. / Heinz, D.W. / Dersch, P.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structural Basis for Intrinsic Thermosensing by the Master Virulence Regulator Rova of Yersinia.
著者: Quade, N. / Mendonca, C. / Herbst, K. / Heroven, A.K. / Ritter, C. / Heinz, D.W. / Dersch, P.
履歴
登録2012年2月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年9月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月31日Group: Database references
改定 1.22019年8月28日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / reflns / reflns_shell
Item: _exptl_crystal_grow.method / _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs ..._exptl_crystal_grow.method / _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns_shell.Rmerge_I_obs / _reflns_shell.number_unique_obs
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRANSCRIPTIONAL REGULATOR SLYA
B: TRANSCRIPTIONAL REGULATOR SLYA
C: ROVA PROMOTER FRAGMENT, 5'-D(*AP*TP*GP*AP*TP*AP*TP*TP *AP*TP**TP*TP*AP*TP*AP*TP*GP*AP*TP*AP*A)-3'
D: ROVA PROMOTER FRAGMENT, 5'-D(*TP*TP*TP*AP*TP*CP*AP*TP *AP*TP*AP*AP*AP*TP*AP*AP*TP*AP*TP*CP*A)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3414
ポリマ－47,3414
非ポリマー00
水3,315184
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8310 Å2
ΔGint-53.1 kcal/mol
Surface area21590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.678, 88.678, 67.503
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number143
Space group name H-MP3
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.49888, -0.86666, -0.00313), (-0.86667, 0.49887, 0.00359), (-0.00155, 0.0045, -0.99999)
ベクター: -44.35736, -25.58182, -12.70813)

-
要素

#1: タンパク質 TRANSCRIPTIONAL REGULATOR SLYA / REGULATOR OF VIRULENCE PROTEIN A / TRANSCRIPTIONAL REGULATOR FOR CRYPTIC HEMOLYSIN / ROVA


分子量: 17231.768 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) YERSINIA PSEUDOTUBERCULOSIS (仮性結核菌)
株: YPIII / プラスミド: PET28 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: B1JJ73
#2: DNA鎖 ROVA PROMOTER FRAGMENT, 5'-D(*AP*TP*GP*AP*TP*AP*TP*TP *AP*TP**TP*TP*AP*TP*AP*TP*GP*AP*TP*AP*A)-3'


分子量: 6474.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) YERSINIA PSEUDOTUBERCULOSIS (仮性結核菌)
#3: DNA鎖 ROVA PROMOTER FRAGMENT, 5'-D(*TP*TP*TP*AP*TP*CP*AP*TP *AP*TP*AP*AP*AP*TP*AP*AP*TP*AP*TP*CP*A)-3'


分子量: 6403.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) YERSINIA PSEUDOTUBERCULOSIS (仮性結核菌)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 184 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 81 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 108 TO SER ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 81 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 108 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, CYS 81 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, CYS 108 TO SER
配列の詳細GB AAK01704.1 PROTEIN, GB NC_010465.1 DNA

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 62 % / 解説: NONE
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: 10 MM MGCL2, 50 MM MES PH 5.6, 2.3 M LISO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.95
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.502
11h,-h-k,-l20.498
反射解像度: 1.85→76 Å / Num. obs: 49796 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.034 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル解像度: 1.85→2.1 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.487 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 7414 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3DEU

3deu


解像度: 1.85→76.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 7.557 / SU ML: 0.085 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.025 / ESU R Free: 0.024 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23025 2504 5 %RANDOM
Rwork0.19833 ---
obs0.19988 47218 97.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 50.527 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.61 Å20 Å20 Å2
2--6.61 Å20 Å2
3----13.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→76.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2227 855 0 184 3266
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0223227
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2812.3164548
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.3995284
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.63224.28698
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.52315456
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.7331522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2543
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0212067
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2030.21498
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2930.22107
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1680.2164
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2320.292
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1140.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4771.51408
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.80822301
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.90231819
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.2774.52244
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.849→1.897 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.296 192 -
Rwork0.232 3439 -
obs--97.5 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
111.80681.8192-0.82931.8301-0.4760.69630.01450.5349-0.1524-0.0440.06290.13860.1066-0.1117-0.07740.09270.00870.01570.1240.00960.3863-16.8856-17.2235-11.7937
23.8339-0.19740.37943.1464-1.24364.55660.1271-0.37690.01730.2809-0.06250.13160.1045-0.1672-0.06460.1131-0.06240.02310.165-0.01780.4358-2.7938-18.3012-0.5567
38.5224-0.16750.02475.3140.37974.16120.1222-0.488-0.1997-0.0128-0.04560.17760.5889-0.1611-0.07660.1451-0.04650.03320.1860.07550.3464-4.2121-26.88224.4978
4-1.41990.6693-2.09490.7687-5.963418.40920.0493-0.60260.34090.65050.1163-0.45160.07811.1426-0.16560.58960.0424-0.06110.6192-0.09670.44093.9934-23.539814.3128
54.20046.761-9.52488.6739-13.745928.0726-0.4485-0.50870.27070.65730.3107-0.47040.1457-0.17370.13780.34570.0637-0.10370.3756-0.10360.38884.1208-20.487511.4154
612.9398-4.04285.50282.7043-2.14414.82070.09150.09030.305-0.0888-0.04990.0205-0.0143-0.065-0.04160.0858-0.01720.03910.0532-0.02440.4361-3.532-8.6328-6.6362
73.37161.2538-0.37237.8946-4.152711.0536-0.08480.23460.1253-0.21840.14380.03390.2475-0.2094-0.0590.1061-0.0473-0.00920.1343-0.02650.4255-22.1014-2.2299-6.3503
87.25361.3786-0.007310.51381.36325.59880.2059-0.5655-0.21061.6642-0.2773-0.0069-0.0001-0.10150.07140.2622-0.05350.01010.0821-0.01250.3895-26.9844-16.03254.894
97.56257.8527-0.287411.9018-1.06910.02030.4777-0.3426-0.05250.6483-0.4174-0.3271-0.08910.1489-0.06030.1194-0.0470.04770.1168-0.0320.3972-20.6356-19.4272-0.819
101.75210.5714-0.7113.9214-0.76115.49870.0494-0.0425-0.22530.27560.0938-0.03990.30.2948-0.14320.0681-0.0171-0.0210.13330.01770.3817-26.6645-34.557-5.2089
118.91560.10026.45591.753-1.6294.94340.10131.09470.0922-0.6359-0.25450.346-0.10970.08570.15320.61090.0043-0.05380.18940.06810.3854-27.4253-29.8724-21.313
126.72241.4416-0.32755.8919-0.16273.9843-0.23960.12270.0423-0.18110.3584-0.2015-0.05190.6226-0.11880.0872-0.03290.07620.1218-0.03460.2623-19.0431-35.5298-17.0902
132.9781-1.4688-0.00633.0310.21712.7403-0.16190.86-0.088-0.85420.04230.19290.1401-0.13310.11960.3701-0.25790.00450.28990.0040.4248-29.781-37.4472-20.4625
14-1.1207-0.2467-2.68784.92084.87149.59590.0222-0.2893-0.01510.4805-0.29940.5022-0.1266-0.10110.27720.0997-0.02340.02250.15730.01970.5265-34.91-19.1794-3.0272
155.3116-0.7922-1.17272.3210.2781.25170.14060.3074-0.0287-0.1644-0.1526-0.04010.04740.07370.01210.0772-0.0072-0.03510.13110.00870.3776-25.4851-8.4294-11.4495
169.1045.42975.14570.3141.280819.4452-0.16060.7349-0.161-0.9661-0.0146-0.2211-0.40751.05110.17520.4630.29990.21740.5420.10630.5335-9.63-10.2715-21.5592
177.62182.28241.683315.92084.34773.4980.10590.15031.24261.08060.485-0.72920.29720.2656-0.59090.2727-0.0131-0.010.4249-0.02730.2646-4.7351-34.755349.8968
181.8067-3.45691.276811.00014.15527.207-0.3846-0.4092-2.2562-0.20410.5652-0.16130.6923-0.1778-0.18060.4687-0.03480.21870.4299-0.08680.8691-9.2593-40.908735.0218
1915.95567.7349-2.33975.434-2.27880.15070.38120.00591.30110.2020.09830.85520.2367-0.2991-0.47940.493-0.0580.16130.62280.06830.1944-12.0989-31.918122.5154
2011.5395-6.1677-5.141210.9411-0.39173.48360.41570.5743-1.09480.1036-0.5114-0.40641.02-0.10740.09570.555-0.0213-0.19460.47130.04440.2723-3.5613-36.46719.9441
21-0.84013.4858-5.3686-0.17326.3317-1.3146-0.24320.4599-1.1697-0.64460.68720.0658-0.7971-0.3582-0.4440.5664-0.0792-0.05020.6459-0.07530.5212-9.6085-43.0432-2.7938
2212.426-5.1179-14.99510.955113.795521.084-0.24410.91540.3574-0.92650.9734-0.601-0.38260.3677-0.72930.52780.05210.09940.49160.11750.2469-3.3982-36.36-6.6292
2311.984-0.62370.6199-0.59012.65693.61340.3733-0.63510.00170.1099-0.37120.49990.3976-1.403-0.0020.3661-0.09220.07940.32650.18090.5964-12.4596-38.96926.3689
24-1.0252-0.982-0.301116.2525-3.36955.950.4216-1.4618-0.71160.9901-0.0638-1.47840.6670.0273-0.35780.4008-0.2192-0.08770.75960.36080.4013-4.4299-37.727519.8355
259.26272.7751-4.61567.5581-3.73328.59320.05510.60171.0122-0.26510.16910.2463-0.36050.293-0.22420.4624-0.08550.10970.4980.09080.1319-11.5005-32.129933.5891
2610.24312.6681-4.12658.0349-2.1716-0.2241-0.4589-0.257-1.33920.75350.3317-0.56770.34730.27690.12720.38950.0281-0.04950.4213-0.06250.3709-7.7514-42.331147.5588
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 22
2X-RAY DIFFRACTION2A23 - 49
3X-RAY DIFFRACTION3A50 - 73
4X-RAY DIFFRACTION4A74 - 84
5X-RAY DIFFRACTION5A85 - 97
6X-RAY DIFFRACTION6A98 - 115
7X-RAY DIFFRACTION7A116 - 129
8X-RAY DIFFRACTION8A130 - 141
9X-RAY DIFFRACTION9B2 - 22
10X-RAY DIFFRACTION10B23 - 37
11X-RAY DIFFRACTION11B38 - 49
12X-RAY DIFFRACTION12B50 - 74
13X-RAY DIFFRACTION13B75 - 108
14X-RAY DIFFRACTION14B109 - 116
15X-RAY DIFFRACTION15B117 - 138
16X-RAY DIFFRACTION16B139 - 143
17X-RAY DIFFRACTION17C1 - 5
18X-RAY DIFFRACTION18C6 - 9
19X-RAY DIFFRACTION19C10 - 13
20X-RAY DIFFRACTION20C14 - 17
21X-RAY DIFFRACTION21C18 - 21
22X-RAY DIFFRACTION22D1 - 4
23X-RAY DIFFRACTION23D5 - 8
24X-RAY DIFFRACTION24D9 - 12
25X-RAY DIFFRACTION25D13 - 17
26X-RAY DIFFRACTION26D18 - 21

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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