PDB-4aih: Crystal structure of RovA from Yersinia in its free form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4aih

タイトル

Crystal structure of RovA from Yersinia in its free form

要素

TRANSCRIPTIONAL REGULATOR SLYA

キーワード

TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION FACTOR / GLOBAL REGULATOR / VIRULENCE REGULATION / THERMOSENSING

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-binding transcription activator activity / DNA-binding transcription repressor activity / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / positive regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能

生物種

YERSINIA PSEUDOTUBERCULOSIS (仮性結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Quade, N. / Mendonca, C. / Herbst, K. / Heroven, A.K. / Heinz, D.W. / Dersch, P.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structural Basis for Intrinsic Thermosensing by the Master Virulence Regulator Rova of Yersinia.
著者: Quade, N. / Mendonca, C. / Herbst, K. / Heroven, A.K. / Ritter, C. / Heinz, D.W. / Dersch, P.

履歴

登録	2012年2月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年9月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年11月14日	Group: Database references
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4aih.cif.gz	322.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4aih.ent.gz	266.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4aih.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4aih_validation.pdf.gz	471 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4aih_full_validation.pdf.gz	480.1 KB	表示
XML形式データ	4aih_validation.xml.gz	28.1 KB	表示
CIF形式データ	4aih_validation.cif.gz	39.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ai/4aih ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ai/4aih	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4aijC 4aikC 3deuS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4qst-2 4qsu-2 2dvp-1 5a83-1 4qsp-2 6cgd-3 6ch4-4 3uzr-d 5a5r-1 6cey-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: TRANSCRIPTIONAL REGULATOR SLYA

B: TRANSCRIPTIONAL REGULATOR SLYA

C: TRANSCRIPTIONAL REGULATOR SLYA

D: TRANSCRIPTIONAL REGULATOR SLYA

E: TRANSCRIPTIONAL REGULATOR SLYA

F: TRANSCRIPTIONAL REGULATOR SLYA

103 kDa, 6 ポリマー
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1

A: TRANSCRIPTIONAL REGULATOR SLYA

B: TRANSCRIPTIONAL REGULATOR SLYA

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3

E: TRANSCRIPTIONAL REGULATOR SLYA

F: TRANSCRIPTIONAL REGULATOR SLYA

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単位格子

Length a, b, c (Å)	67.160, 74.780, 181.150
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.54547, 0.14646, 0.82524), (0.18697, -0.98106, 0.05052), (0.81701, 0.12674, -0.56252)	4.61371, 29.22113, -14.48427
2	given	(0.60592, -0.05676, 0.7935), (0.67358, 0.56729, -0.47377), (-0.42325, 0.82156, 0.38197)	9.24712, -29.38224, -10.12216
3	given	(0.10669, 0.66164, 0.74219), (-0.64947, -0.51883, 0.55589), (0.75287, -0.54134, 0.37436)	0.32769, 55.47554, -3.94481
4	given	(0.33108, -0.38757, -0.86033), (-0.33535, -0.90056, 0.27664), (-0.882, 0.19692, -0.42813)	-7.43053, 0.85526, -29.75674
5	given	(-0.55672, -0.09309, -0.82547), (0.32021, 0.89286, -0.31665), (0.7665, -0.44061, -0.46727)	-22.54861, 21.34627, -2.50879

#1: タンパク質	TRANSCRIPTIONAL REGULATOR SLYA / REGULATOR OF VIRULENCE PROTEIN A / TRANSCRIPTIONAL REGULATOR FOR CRYPTIC HEMOLYSIN / ROVA 分子量: 17231.768 Da / 分子数: 6 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) YERSINIA PSEUDOTUBERCULOSIS (仮性結核菌) 株: YPIII / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: B1JJ73
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 81 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 108 TO SER ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 81 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 108 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, CYS 81 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, CYS 108 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, CYS 81 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, CYS 108 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, CYS 81 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, CYS 108 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN E, CYS 81 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN E, CYS 108 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN F, CYS 81 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN F, CYS 108 TO SER

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 45 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M MES PH 6.5, 20% PEG2000MME

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→90 Å / Num. obs: 36510 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.9 % / R_merge(I) obs: 0.01 / Net I/σ(I): 16.8
反射シェル	解像度: 2.4→2.46 Å / 冗長度: 6.1 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.6.0117	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3DEU

3deu

解像度: 2.4→90.57 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.942 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / SU B: 20.138 / SU ML: 0.222 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.44 / ESU R Free: 0.277 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26612	1824	5 %	RANDOM
R_work	0.22024	-	-	-
obs	0.22262	34623	99.87 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 57.224 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.21 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.17 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.38 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→90.57 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6205	0	0	99	6304

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.019	6268
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.244	1.993	8472
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.906	5	772
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.79	24.672	259
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.113	15	1257
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.673	15	52
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	1050
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	4424
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.211	0.2	2859
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.296	0.2	4344
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.137	0.2	162
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.171	0.2	75
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.135	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.319	109	-
R_work	0.252	2314	-
obs	-	-	99.96 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.2955	-1.4398	0.4706	10.52	-4.0527	6.3777	-0.1492	-0.4958	0.2799	0.314	0.4092	0.4471	-0.5838	-0.3355	-0.26	0.1365	-0.0015	0.0385	0.2613	-0.0059	0.1853	-32.4732	14.636	-20.9998
2	4.7439	-1.1426	0.5266	3.895	-0.4379	4.0069	-0.0717	-0.1044	-0.1468	0.1341	0.1117	-0.1475	0.2613	0.185	-0.04	0.1494	0.0069	-0.0203	0.1793	-0.0031	0.11	-16.1336	-0.7521	-18.7839
3	16.2955	-0.7462	2.7702	7.2446	8.721	11.3294	-0.0929	0.5884	1.0631	-0.3232	0.0477	-0.1462	-0.3913	0.2294	0.0452	0.3592	0.1085	0.1482	0.2466	-0.053	0.2403	-4.0874	-8.6911	-27.0447
4	12.3094	-5.9448	2.0215	7.3155	-1.7053	3.3424	-0.1272	-0.4306	-1.1235	0.0322	0.4046	0.7371	0.4675	-0.3246	-0.2774	0.252	-0.1027	-0.0258	0.1391	0.0812	0.1722	-25.1623	-8.0474	-16.5253
5	15.4093	6.1493	-3.0495	9.0463	-3.5953	5.6746	-0.0443	0.4137	-0.1624	-0.5174	-0.0341	0.1257	0.1572	-0.0652	0.0784	0.2768	0.1232	-0.0576	0.3269	-0.0672	0.2007	-33.1002	9.8024	-33.983
6	5.2763	3.2622	-0.7602	12.1578	-0.9339	3.1032	0.1295	0.1053	-0.3263	-0.0974	-0.1057	-0.0728	-0.0286	0.2009	-0.0238	0.182	0.0814	0.0218	0.3232	0.0214	0.1843	-24.3329	13.1518	-28.65
7	3.8855	-1.1584	-2.5785	2.208	1.049	9.1103	0.0389	-0.1824	-0.1478	-0.0085	0.0874	-0.1616	0.3712	0.1353	-0.1263	0.1878	-0.0358	0.0115	0.172	0.0509	0.2026	-23.8135	26.4435	-13.5722
8	3.6442	0.6572	1.2269	3.969	0.5714	8.2304	0.0385	-0.3821	0.3245	0.3676	0.2059	-0.4258	-0.4535	0.6718	-0.2444	0.1387	-0.023	0.0239	0.2794	-0.0143	0.1786	-17.3308	31.9881	-11.6326
9	2.6549	0.7306	0.8019	1.9761	-0.2028	0.8412	0.0049	-0.0425	0.0749	-0.046	-0.0714	0.4705	-0.0826	0.0049	0.0665	0.1715	0.0579	0.0343	0.3017	-0.0274	0.2211	-35.3396	19.2584	-28.0743
10	59.7687	-34.0932	58.2221	19.4563	-33.2071	56.7234	-4.8594	-5.9356	2.5392	2.3716	2.9057	-1.4503	-4.2702	-5.7074	1.9537	1.4178	-0.1781	-0.1761	1.3195	-0.1788	0.1232	-38.4784	5.684	-8.9167
11	4.0377	0.3085	-0.6699	3.3715	-4.64	7.6627	0.0507	-0.6398	0.211	0.3835	-0.0598	0.0992	-0.8242	-0.4635	0.0091	0.1963	0.0823	0.0356	0.3834	-0.1256	0.1476	4.0845	16.8541	-46.0189
12	7.6995	-10.3349	-9.2037	16.0753	13.4218	11.5195	-0.5673	-0.3561	-1.584	1.4617	-0.6414	0.8456	0.9804	-0.086	1.2086	0.3924	-0.369	-0.3051	0.5269	0.6783	1.0973	10.0289	-0.3962	-37.8124
13	9.6353	2.2324	2.7522	17.6733	5.5557	13.1347	-0.3658	0.4807	-0.5145	0.2702	0.3116	-0.7137	0.096	-0.1454	0.0542	0.0955	-0.1706	-0.0398	0.3576	0.0611	0.0953	15.3563	9.6814	-36.4575
14	2.9922	-0.779	-0.1063	1.2772	-0.8292	6.7564	0.1932	-0.6581	-0.3607	-0.0115	0.0519	0.1527	0.3383	-0.9004	-0.2451	0.1636	-0.1512	0.1141	0.3392	0.0581	0.2447	1.3046	7.4112	-44.3571
15	41.1531	5.1587	15.7598	16.2802	-2.204	7.1529	0.9855	1.7527	-2.7108	1.5774	-0.0992	-1.049	0.0018	0.7543	-0.8864	0.4452	0.2782	-0.2243	0.52	-0.3584	0.3878	23.0507	3.8128	-58.4977
16	13.3689	0.2348	1.268	4.3361	-0.0372	3.6499	0.2109	-0.7216	-0.192	0.7072	-0.1487	0.103	0.2933	-0.1223	-0.0621	0.396	0.0512	0.0754	0.1194	0.0128	0.1892	12.2907	9.8945	-53.4301
17	3.8115	0.8304	-0.6011	3.3331	0.9603	4.74	0.0474	0.0192	-0.0722	0.229	-0.0122	-0.2444	-0.1186	0.2207	-0.0352	0.1681	0.0314	-0.0256	0.2238	0.0652	0.1039	24.3966	27.6556	-48.0984
18	2.842	2.656	2.6764	5.8183	3.0712	7.1909	-0.113	0.2372	0.1911	0.3688	-0.1019	-0.0526	-0.3879	0.9155	0.2149	0.1871	-0.0114	0.042	0.3215	0.1294	0.1445	30.1503	29.8024	-54.3855
19	9.2859	-0.4829	-2.5957	2.4751	0.4509	2.7715	-0.0052	0.7968	0.2739	-0.4179	-0.0166	0.0397	0.2359	0.0132	0.0219	0.2063	0.0395	0.0343	0.1529	0.0382	0.1365	8.6274	13.5798	-65.8048
20	26.3736	17.6466	-20.313	33.8532	-30.6129	28.7897	-0.7841	1.7783	-0.6581	0.4444	1.8157	1.6318	-0.1392	-1.8392	-1.0317	0.1381	0.0503	0.1458	0.2576	-0.0622	0.6259	-7.0839	23.3502	-54.6315
21	2.3837	1.4516	-2.3632	3.3734	-2.6405	5.4353	0.061	0.2962	-0.0764	0.2013	0.1358	0.3568	-0.0552	-0.8045	-0.1968	0.1793	0.0512	0.0004	0.3198	0.0298	0.0833	-19.3479	6.7086	10.8161
22	4.8463	-0.1433	2.7186	3.8254	0.5125	4.7703	0.106	0.0039	-0.2392	-0.0549	-0.0709	-0.1424	0.2176	0.0383	-0.0351	0.1787	0.0339	0.0043	0.2284	0.0001	0.0476	-6.8827	4.363	-0.9775
23	19.256	-5.099	2.4963	9.9926	-3.0568	0.99	0.3216	2.0665	-0.09	-0.9764	-0.6222	-1.2608	0.272	0.288	0.3006	0.297	0.0117	0.0943	0.4208	-0.0354	0.2038	-0.9202	8.8741	-6.1133
24	4.4116	0.8661	-8.793	3.2834	-4.895	29.8094	0.6142	-0.1445	0.4147	0.7131	0.2544	0.0646	-1.7853	-0.1695	-0.8686	0.3342	0.0898	0.0189	0.1863	0.0008	0.0881	-14.9061	18.0671	7.7178
25	10.7707	-11.6892	-6.4683	22.3862	10.9003	8.6567	0.5474	0.3317	-0.3811	-0.4269	-0.3038	-0.8745	0.2187	0.6034	-0.2436	0.15	0.0452	-0.0484	0.3835	0.0203	0.1899	-9.2186	3.13	27.0145
26	11.3385	-0.3186	-2.4356	26.9321	0.2045	10.2151	-0.4018	0.3781	-0.7806	-0.761	0.6867	-0.4302	0.4239	1.0248	-0.2849	0.2864	0.1442	0.067	0.4433	0.0305	0.1331	-10.317	-3.1374	17.3144
27	6.8856	2.0798	1.1477	1.0319	0.5104	5.232	0.1651	0.5146	-0.3232	-0.4281	-0.1808	0.0429	0.8944	-0.772	0.0157	0.9863	0.135	-0.0548	0.4729	-0.1913	0.1884	-23.3014	-12.9405	7.8887
28	5.6482	1.0631	3.778	2.6325	3.4813	5.687	0.3615	0.3352	-1.2204	0.7781	-0.5726	0.6615	1.0998	-0.5081	0.2111	0.829	-0.1238	0.1692	0.2275	-0.2681	0.6487	-17.6248	-20.0273	17.7824
29	7.7521	-6.373	2.3312	10.4877	-4.8247	12.7415	0.0758	-0.227	-0.5724	0.5184	0.0684	0.3512	0.3412	0.0874	-0.1442	0.2681	-0.0993	-0.0022	0.2895	0.0318	0.1152	-18.5334	0.9605	30.6469
30	0.947	6.0151	-8.5229	38.2123	-54.1452	76.7218	-0.4331	0.5284	0.304	-1.8297	3.2546	1.8931	2.5813	-4.8295	-2.8215	0.5567	0.4057	-0.1413	1.0645	-0.0087	0.2811	-29.6004	11.7888	19.0678

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 16
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	17 - 77
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	78 - 90
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	91 - 115
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	116 - 143
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	2 - 25
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	26 - 60
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	61 - 100
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	101 - 137
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	138 - 142
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	3 - 40
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	41 - 50
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	51 - 69
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	70 - 134
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	135 - 143
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	3 - 19
17	X-RAY DIFFRACTION	17	D	20 - 77
18	X-RAY DIFFRACTION	18	D	78 - 110
19	X-RAY DIFFRACTION	19	D	111 - 137
20	X-RAY DIFFRACTION	20	D	138 - 143
21	X-RAY DIFFRACTION	21	E	3 - 41
22	X-RAY DIFFRACTION	22	E	42 - 78
23	X-RAY DIFFRACTION	23	E	79 - 92
24	X-RAY DIFFRACTION	24	E	93 - 114
25	X-RAY DIFFRACTION	25	E	115 - 141
26	X-RAY DIFFRACTION	26	F	3 - 23
27	X-RAY DIFFRACTION	27	F	24 - 72
28	X-RAY DIFFRACTION	28	F	73 - 114
29	X-RAY DIFFRACTION	29	F	115 - 136
30	X-RAY DIFFRACTION	30	F	137 - 142

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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