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万見
- PDB-4aid: Crystal structure of C. crescentus PNPase bound to RNase E recogn... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4aid
タイトルCrystal structure of C. crescentus PNPase bound to RNase E recognition peptide
要素
  • POLYRIBONUCLEOTIDE NUCLEOTIDYLTRANSFERASE
  • RIBONUCLEASE, RNE/RNG FAMILY PROTEIN
キーワードTRANSFERASE/PEPTIDE / TRANSFERASE-PEPTIDE COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonuclease E / polyribonucleotide nucleotidyltransferase / polyribonucleotide nucleotidyltransferase activity / ribonuclease E activity / tRNA processing / mRNA catabolic process / RNA processing / RNA endonuclease activity / cytoplasmic side of plasma membrane / rRNA processing ...ribonuclease E / polyribonucleotide nucleotidyltransferase / polyribonucleotide nucleotidyltransferase activity / ribonuclease E activity / tRNA processing / mRNA catabolic process / RNA processing / RNA endonuclease activity / cytoplasmic side of plasma membrane / rRNA processing / tRNA binding / rRNA binding / magnesium ion binding / RNA binding / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Polyribonucleotide nucleotidyltransferase, RNA-binding domain / : / RNase E/G, Thioredoxin-like domain / Ribonuclease E/G / RNA-binding protein AU-1/Ribonuclease E/G / Ribonuclease E / Ribonuclease E/G family / Polyribonucleotide nucleotidyltransferase / Polyribonucleotide nucleotidyltransferase, RNA-binding domain / Polyribonucleotide nucleotidyltransferase, RNA-binding domain superfamily ...Polyribonucleotide nucleotidyltransferase, RNA-binding domain / : / RNase E/G, Thioredoxin-like domain / Ribonuclease E/G / RNA-binding protein AU-1/Ribonuclease E/G / Ribonuclease E / Ribonuclease E/G family / Polyribonucleotide nucleotidyltransferase / Polyribonucleotide nucleotidyltransferase, RNA-binding domain / Polyribonucleotide nucleotidyltransferase, RNA-binding domain superfamily / Polyribonucleotide nucleotidyltransferase, RNA binding domain / GHMP Kinase, N-terminal domain / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 2 / 3' exoribonuclease family, domain 2 / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 1 / PNPase/RNase PH domain superfamily / Exoribonuclease, PH domain 2 superfamily / 3' exoribonuclease family, domain 1 / KH domain / K Homology domain, type 1 / Type-1 KH domain profile. / K Homology domain, type 1 superfamily / Ribosomal Protein S5; domain 2 / S1 domain profile. / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 RNA binding domain / S1 domain / K Homology domain / K homology RNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Nucleic acid-binding, OB-fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Ribonuclease E / Polyribonucleotide nucleotidyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種CAULOBACTER VIBRIOIDES (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Hardwick, S.W. / Gubbey, T. / Hug, I. / Jenal, U. / Luisi, B.F.
引用ジャーナル: Open Biol. / 年: 2012
タイトル: Crystal Structure of Caulobacter Crescentus Polynucleotide Phosphorylase Reveals a Mechanism of RNA Substrate Channelling and RNA Degradosome Assembly.
著者: Hardwick, S.W. / Gubbey, T. / Hug, I. / Jenal, U. / Luisi, B.F.
履歴
登録2012年2月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年4月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年7月4日Group: Other
改定 1.22014年2月5日Group: Database references / Source and taxonomy
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: POLYRIBONUCLEOTIDE NUCLEOTIDYLTRANSFERASE
B: POLYRIBONUCLEOTIDE NUCLEOTIDYLTRANSFERASE
C: POLYRIBONUCLEOTIDE NUCLEOTIDYLTRANSFERASE
F: RIBONUCLEASE, RNE/RNG FAMILY PROTEIN
G: RIBONUCLEASE, RNE/RNG FAMILY PROTEIN
H: RIBONUCLEASE, RNE/RNG FAMILY PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)240,1579
ポリマ－239,8726
非ポリマー2853
水3,621201
1
A: POLYRIBONUCLEOTIDE NUCLEOTIDYLTRANSFERASE
F: RIBONUCLEASE, RNE/RNG FAMILY PROTEIN
ヘテロ分子

A: POLYRIBONUCLEOTIDE NUCLEOTIDYLTRANSFERASE
F: RIBONUCLEASE, RNE/RNG FAMILY PROTEIN
ヘテロ分子

A: POLYRIBONUCLEOTIDE NUCLEOTIDYLTRANSFERASE
F: RIBONUCLEASE, RNE/RNG FAMILY PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)240,1579
ポリマ－239,8726
非ポリマー2853
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
Buried area14140 Å2
ΔGint-84.4 kcal/mol
Surface area68950 Å2
手法PISA
2
B: POLYRIBONUCLEOTIDE NUCLEOTIDYLTRANSFERASE
G: RIBONUCLEASE, RNE/RNG FAMILY PROTEIN
ヘテロ分子

B: POLYRIBONUCLEOTIDE NUCLEOTIDYLTRANSFERASE
G: RIBONUCLEASE, RNE/RNG FAMILY PROTEIN
ヘテロ分子

B: POLYRIBONUCLEOTIDE NUCLEOTIDYLTRANSFERASE
G: RIBONUCLEASE, RNE/RNG FAMILY PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)240,1579
ポリマ－239,8726
非ポリマー2853
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
Buried area14310 Å2
ΔGint-71.3 kcal/mol
Surface area66640 Å2
手法PISA
3
C: POLYRIBONUCLEOTIDE NUCLEOTIDYLTRANSFERASE
H: RIBONUCLEASE, RNE/RNG FAMILY PROTEIN
ヘテロ分子

C: POLYRIBONUCLEOTIDE NUCLEOTIDYLTRANSFERASE
H: RIBONUCLEASE, RNE/RNG FAMILY PROTEIN
ヘテロ分子

C: POLYRIBONUCLEOTIDE NUCLEOTIDYLTRANSFERASE
H: RIBONUCLEASE, RNE/RNG FAMILY PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)240,1579
ポリマ－239,8726
非ポリマー2853
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
Buried area13070 Å2
ΔGint-86.5 kcal/mol
Surface area61410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)157.439, 157.439, 302.379
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 POLYRIBONUCLEOTIDE NUCLEOTIDYLTRANSFERASE / PNPASE / POLYNUCLEOTIDE PHOSPHORYLASE


分子量: 78159.367 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CAULOBACTER VIBRIOIDES (バクテリア)
株: CB15 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9AC32, polyribonucleotide nucleotidyltransferase
#2: タンパク質・ペプチド RIBONUCLEASE, RNE/RNG FAMILY PROTEIN / RNASE E


分子量: 1798.081 Da / 分子数: 3 / Fragment: PNPASE BINDING PEPTIDE - GWW, RESIDUES 885-898 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) CAULOBACTER VIBRIOIDES (バクテリア) / 参照: UniProt: Q9A749
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 201 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 19% WT/V PEG 3350, 0.15 M DL-MALIC ACID

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→30 Å / Num. obs: 85896 / % possible obs: 93.2 % / Observed criterion σ(I): 2.4 / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.22 / Net I/σ(I): 5.5
反射 シェル解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 94.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3GME

3gme


解像度: 2.6→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.897 / SU B: 19.334 / SU ML: 0.202 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.409 / ESU R Free: 0.284 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.CHAIN C, RESIDUES 279-296 WERE DISORDERED AND WERE NOT MODELLED. NCS APPLIED AS AUTOMATICALLY GENERATED GLOBAL OPTION.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25447 2322 3 %RANDOM
Rwork0.209 ---
obs0.21037 75066 89.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 59.002 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.09 Å20.05 Å20 Å2
2--0.09 Å20 Å2
3----0.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12436 0 15 201 12652
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.01912672
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2651.97417189
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.93451684
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.27824.297491
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.782152042
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.2891576
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1440.21977
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0219537
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.381 194 -
Rwork0.321 5615 -
obs--91.77 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.69470.271-0.06540.5326-0.08240.01590.0575-0.10570.0743-0.0091-0.05330.0713-0.01640.0299-0.00420.3302-0.00950.02080.3163-0.0010.1998-4.915725.2414-36.035
20.7061-0.28830.00670.5882-0.07140.01350.04440.0998-0.11810.0123-0.04190.09620.00540.0308-0.00260.33840.001-0.03830.30930.00410.1891-5.320665.4274-64.4244
32.0469-0.21380.10293.3556-0.69670.15830.00850.1899-0.1234-0.0751-0.00940.45560.01120.01680.00090.04470.02220.02270.1018-0.08350.777852.662646.5823-52.4007
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-1 - 613
2X-RAY DIFFRACTION2B-1 - 556
3X-RAY DIFFRACTION3C-1 - 555

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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