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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ai2 | ||||||
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タイトル | Flo5A showing a heptanuclear gadolinium cluster on its surface after 41 min of soaking | ||||||
![]() | FLOCCULATION PROTEIN FLO5 | ||||||
![]() | SUGAR BINDING PROTEIN / ADHESIN / FLOCCULIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() flocculation / fungal-type cell wall / cell-substrate adhesion / D-mannose binding / side of membrane / cell periphery / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Veelders, M. / Essen, L.-O. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Complex Gadolinium-Oxo Clusters Formed Along Concave Protein Surfaces. 著者: Veelders, M. / Essen, L.-O. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 80.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 58.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 447.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 451.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 26.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29097.939 Da / 分子数: 1 / 断片: LECTIN-LIKE DOMAIN, RESIDUES 23-271 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: S288C / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-GD / #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.5 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 7.5 詳細: 200 MM BISTRIS PROPANE PH 7.5, 500 MM NACL, 20% PEG4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月8日 / 詳細: BENT CYLINDRICAL MIRROR |
放射 | モノクロメーター: SILICON (1 1 1) CHANNEL- CUT / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.7118 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→42.23 Å / Num. obs: 29065 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.02 / Net I/σ(I): 36.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Mean I/σ(I) obs: 12.9 / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2XJP 解像度: 1.79→40.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 1.998 / SU ML: 0.064 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.106 / ESU R Free: 0.105 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES 197 - 199 ARE NOT WELL DEFINED. RESIDUES 200 - 204 HAVE BEEN MODELLED IN TWO DISTINCT CONFORMATIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.431 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.79→40.58 Å
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拘束条件 |
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