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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ahv | ||||||
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タイトル | Parallel screening of a low molecular weight compound library: do differences in methodology affect hit identification | ||||||
![]() | INTEGRASE | ||||||
![]() | TRANSFERASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus ...HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / host cell / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wielens, J. / Heady, S.J. / Rhodes, D.I. / Mulder, R.J. / Dolezal, O. / Deadman, J.J. / Newman, J. / Chalmers, D.K. / Parker, M.W. / Peat, T.S. / Scanlon, M.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Parallel Screening of Low Molecular Weight Fragment Libraries: Do Differences in Methodology Affect Hit Identification? 著者: Wielens, J. / Headey, S.J. / Rhodes, D.I. / Mulder, R.J. / Dolezal, O. / Deadman, J.J. / Newman, J. / Chalmers, D.K. / Parker, M.W. / Peat, T.S. / Scanlon, M.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 83.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 62.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 518.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 531.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 25.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3vq4C ![]() 3vq5C ![]() 3vq6C ![]() 3vq7C ![]() 3vq8C ![]() 3vq9C ![]() 3vqaC ![]() 3vqbC ![]() 3vqcC ![]() 3vqdC ![]() 3vqeC ![]() 3vqpC ![]() 3vqqC ![]() 4ah9C ![]() 4ahrSC ![]() 4ahsC ![]() 4ahtC ![]() 4ahuC C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 20044.672 Da / 分子数: 2 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 1197-1359 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: TYPE 1 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P12497, nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase |
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-非ポリマー , 6種, 188分子 ![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/ACY.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/TAM.gif)
![](data/chem/img/Z5P.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ACY.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/TAM.gif)
![](data/chem/img/Z5P.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-EDO / #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
構成要素の詳細 | ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS1203 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, PHE1286 TO ASP ...ENGINEERED |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.2 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: PROTEIN: 5.5MG/ML IN 40 MM TRIS BUFFER AT PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5MM DTT. CRYSTALLANT: 100 MM SODIUM ACETATE PH 5.0 TO 5.5, 1.2 TO 1.5 M AMMONIUM SULFATE AT 20C IN SITTING DROP ...詳細: PROTEIN: 5.5MG/ML IN 40 MM TRIS BUFFER AT PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5MM DTT. CRYSTALLANT: 100 MM SODIUM ACETATE PH 5.0 TO 5.5, 1.2 TO 1.5 M AMMONIUM SULFATE AT 20C IN SITTING DROP PLATES. FRAGMENTS WERE SOAKED INTO PREFORMED CRYSTALS 24-48 HOURS PRIOR TO DATA COLLECTION. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9531 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→61.4 Å / Num. obs: 33604 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 12.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.82 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 81.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 4AHR 解像度: 1.8→61.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 2.613 / SU ML: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.122 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.12 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→61.43 Å
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拘束条件 |
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