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万見
- PDB-4ahc: Crystal Structure of an Evolved Replicating DNA Polymerase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ahc
タイトルCrystal Structure of an Evolved Replicating DNA Polymerase
要素DNA POLYMERASE
キーワードTRANSFERASE / B FAMILY POLYMERASE / APOENZYME
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-templated DNA replication / endonuclease activity / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA binding
類似検索 - 分子機能
B family DNA polymerase, thumb domain / DNA Polymerase; Chain A, domain 1 / DNA Polymerase, chain B, domain 1 / B family DNA polymerase, finger domain / Palm domain of DNA polymerase / B family DNA polymerase, palm domain / : / DNA polymerase family B, thumb domain / DNA polymerase family B signature. / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain ...B family DNA polymerase, thumb domain / DNA Polymerase; Chain A, domain 1 / DNA Polymerase, chain B, domain 1 / B family DNA polymerase, finger domain / Palm domain of DNA polymerase / B family DNA polymerase, palm domain / : / DNA polymerase family B, thumb domain / DNA polymerase family B signature. / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site / DNA polymerase family B / Topoisomerase I; Chain A, domain 4 / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family / DNA-directed DNA polymerase, family B / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Helix Hairpins / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種PYROCOCCUS FURIOSUS (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Wynne, S.A. / Holliger, P. / Leslie, A.G.W.
引用
ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Structures of an Apo and a Binary Complex of an Evolved Archeal B Family DNA Polymerase Capable of Synthesising Highly Cy-Dye Labelled DNA.
著者: Wynne, S.A. / Pinheiro, V.B. / Holliger, P. / Leslie, A.G.
#1: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2010
タイトル: Cydna: Synthesis and Replication of Highly Cy-Dye Substituted DNA by an Evolved Polymerase.
著者: Ramsay, N. / Jemth, A. / Brown, A. / Crampton, N. / Dear, P. / Holliger, P.
履歴
登録2012年2月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月28日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA POLYMERASE
B: DNA POLYMERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)180,5956
ポリマ－180,2262
非ポリマー3684
水5,296294
1
A: DNA POLYMERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,2973
ポリマ－90,1131
非ポリマー1842
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: DNA POLYMERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,2973
ポリマ－90,1131
非ポリマー1842
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.438, 197.862, 78.438
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.39, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 6

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETASPASPAA1 - 441 - 44
21METMETASPASPBB1 - 441 - 44
12ILEILELEULEUAA54 - 7654 - 76
22ILEILELEULEUBB54 - 7654 - 76
13PROPROPROPROAA79 - 9079 - 90
23PROPROPROPROBB79 - 9079 - 90
14ASPASPGLYGLYAA92 - 12592 - 125
24ASPASPGLYGLYBB92 - 12592 - 125
15LYSLYSTHRTHRAA136 - 144136 - 144
25LYSLYSTHRTHRBB136 - 144136 - 144
16GLYGLYASPASPAA155 - 164155 - 164
26GLYGLYASPASPBB155 - 164155 - 164
17VALVALVALVALAA170 - 181170 - 181
27VALVALVALVALBB170 - 181170 - 181
18VALVALILEILEAA183 - 198183 - 198
28VALVALILEILEBB183 - 198183 - 198
19ILEILEASPASPAA205 - 212205 - 212
29ILEILEASPASPBB205 - 212205 - 212
110PHEPHEMETMETAA216 - 241216 - 241
210PHEPHEMETMETBB216 - 241216 - 241
111VALVALILEILEAA250 - 264250 - 264
211VALVALILEILEBB250 - 264250 - 264
112LEULEUPHEPHEAA270 - 283270 - 283
212LEULEUPHEPHEBB270 - 283270 - 283
113ASPASPGLUGLUAA315 - 363315 - 363
213ASPASPGLUGLUBB315 - 363315 - 363
114GLUGLUTYRTYRAA366 - 403366 - 403
214GLUGLUTYRTYRBB366 - 403366 - 403
115ILEILEGLUGLUAA413 - 459413 - 459
215ILEILEGLUGLUBB413 - 459413 - 459
116ARGARGTRPTRPAA461 - 526461 - 526
216ARGARGTRPTRPBB461 - 526461 - 526
117PHEPHETYRTYRAA535 - 584535 - 584
217PHEPHETYRTYRBB535 - 584535 - 584
118GLYGLYARGARGAA587 - 607587 - 607
218GLYGLYARGARGBB587 - 607587 - 607
119ARGARGILEILEAA626 - 631626 - 631
219ARGARGILEILEBB626 - 631626 - 631

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.316318, 0.001265, -0.948652), (-0.000193, -0.999999, -0.001397), (-0.948653, 0.000625, -0.316318)-45.41342, 6.05532, -62.9024

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要素

#1: タンパク質 DNA POLYMERASE / PFU POLYMERASE


分子量: 90113.172 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PYROCOCCUS FURIOSUS (古細菌) / プラスミド: PT7-SC / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): STRATAGENE CODON PLUS - RIL / 参照: UniProt: P61875, DNA-directed DNA polymerase
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 294 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, VAL 93 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASP 141 TO ALA ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, VAL 93 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASP 141 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLU 143 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, VAL 337 TO ILE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLU 399 TO ASP ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASN 400 TO ASP ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ARG 407 TO ILE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, TYR 546 TO HIS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, VAL 93 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ASP 141 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, GLU 143 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, VAL 337 TO ILE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, GLU 399 TO ASP ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ASN 400 TO ASP ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ARG 407 TO ILE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, TYR 546 TO HIS
Has protein modificationY
配列の詳細THIS DNA POLYMERASE HAS MUTATIONS INTRODUCED BY DIRECTED EVOLUTION, TO ENABLE IT TO INCORPORATE CY- ...THIS DNA POLYMERASE HAS MUTATIONS INTRODUCED BY DIRECTED EVOLUTION, TO ENABLE IT TO INCORPORATE CY-DYE LABELLED NUCLEOTIDES INTO THE NEW DNA STRAND. MUTATIONS AT V93Q, D141A, E143A, V337I, E399D, N400D, R407I AND Y546H

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.65 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5
詳細: 0.08M SODIUM CACODYLATE PH 6.5 0.14M MAGNESIUM ACETATE 12% PEG 8K 20% GLYCEROL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9334
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9334 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.546
11L, -K, H20.454
反射解像度: 2.4→41.2 Å / Num. obs: 78466 / % possible obs: 89.1 % / Observed criterion σ(I): -5 / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 83

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0002精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1TGO

1tgo


解像度: 2.4→98.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 5.733 / SU ML: 0.141 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.05 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22936 3805 4.9 %RANDOM
Rwork0.20626 ---
obs0.20739 74622 88.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.479 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--15.31 Å20 Å22.3 Å2
2--33.42 Å20 Å2
3----18.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→98.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11863 0 24 294 12181
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.01912150
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.028664
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.7611.98116375
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7153.00121099
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.38151439
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.23923.989564
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.139152301
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.7731577
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0470.21771
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.02113140
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022457
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 7128 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Aloose positional0.265
2Bloose positional0.265
1Aloose thermal1.6810
2Bloose thermal1.6810
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.341 221 -
Rwork0.286 4988 -
obs--80.11 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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