PDB-4ahc: Crystal Structure of an Evolved Replicating DNA Polymerase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ahc

タイトル

Crystal Structure of an Evolved Replicating DNA Polymerase

要素

DNA POLYMERASE

キーワード

TRANSFERASE / B FAMILY POLYMERASE / APOENZYME

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-templated DNA replication / endonuclease activity / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

PYROCOCCUS FURIOSUS (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Wynne, S.A. / Holliger, P. / Leslie, A.G.W.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Structures of an Apo and a Binary Complex of an Evolved Archeal B Family DNA Polymerase Capable of Synthesising Highly Cy-Dye Labelled DNA.
著者: Wynne, S.A. / Pinheiro, V.B. / Holliger, P. / Leslie, A.G.

履歴

登録	2012年2月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年3月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年8月28日	Group: Database references
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ahc.cif.gz	302.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ahc.ent.gz	245.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ahc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ahc_validation.pdf.gz	449.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ahc_full_validation.pdf.gz	464.8 KB	表示
XML形式データ	4ahc_validation.xml.gz	52.2 KB	表示
CIF形式データ	4ahc_validation.cif.gz	71.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ah/4ahc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ah/4ahc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ailC 1tgoS 2jgu C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1wns-d 1wn7-d 2jgu-d 5vu5-d 7b06-d 5ki6-d 7b0f-d 7b08-d 3zkw-d 7b07-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#247 - 2020年7月ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein) 類似性 (10) #3 - 2000年3月 DNAポリメラーゼ (DNA Polymerase) 類似性 (9) #261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (5)

登録構造単位

A: DNA POLYMERASE

B: DNA POLYMERASE

ヘテロ分子

181 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DNA POLYMERASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
90.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: DNA POLYMERASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
90.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.438, 197.862, 78.438
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 108.39, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 6

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	MET	MET	ASP	ASP	A	A	1 - 44	1 - 44
2	1	MET	MET	ASP	ASP	B	B	1 - 44	1 - 44
1	2	ILE	ILE	LEU	LEU	A	A	54 - 76	54 - 76
2	2	ILE	ILE	LEU	LEU	B	B	54 - 76	54 - 76
1	3	PRO	PRO	PRO	PRO	A	A	79 - 90	79 - 90
2	3	PRO	PRO	PRO	PRO	B	B	79 - 90	79 - 90
1	4	ASP	ASP	GLY	GLY	A	A	92 - 125	92 - 125
2	4	ASP	ASP	GLY	GLY	B	B	92 - 125	92 - 125
1	5	LYS	LYS	THR	THR	A	A	136 - 144	136 - 144
2	5	LYS	LYS	THR	THR	B	B	136 - 144	136 - 144
1	6	GLY	GLY	ASP	ASP	A	A	155 - 164	155 - 164
2	6	GLY	GLY	ASP	ASP	B	B	155 - 164	155 - 164
1	7	VAL	VAL	VAL	VAL	A	A	170 - 181	170 - 181
2	7	VAL	VAL	VAL	VAL	B	B	170 - 181	170 - 181
1	8	VAL	VAL	ILE	ILE	A	A	183 - 198	183 - 198
2	8	VAL	VAL	ILE	ILE	B	B	183 - 198	183 - 198
1	9	ILE	ILE	ASP	ASP	A	A	205 - 212	205 - 212
2	9	ILE	ILE	ASP	ASP	B	B	205 - 212	205 - 212
1	10	PHE	PHE	MET	MET	A	A	216 - 241	216 - 241
2	10	PHE	PHE	MET	MET	B	B	216 - 241	216 - 241
1	11	VAL	VAL	ILE	ILE	A	A	250 - 264	250 - 264
2	11	VAL	VAL	ILE	ILE	B	B	250 - 264	250 - 264
1	12	LEU	LEU	PHE	PHE	A	A	270 - 283	270 - 283
2	12	LEU	LEU	PHE	PHE	B	B	270 - 283	270 - 283
1	13	ASP	ASP	GLU	GLU	A	A	315 - 363	315 - 363
2	13	ASP	ASP	GLU	GLU	B	B	315 - 363	315 - 363
1	14	GLU	GLU	TYR	TYR	A	A	366 - 403	366 - 403
2	14	GLU	GLU	TYR	TYR	B	B	366 - 403	366 - 403
1	15	ILE	ILE	GLU	GLU	A	A	413 - 459	413 - 459
2	15	ILE	ILE	GLU	GLU	B	B	413 - 459	413 - 459
1	16	ARG	ARG	TRP	TRP	A	A	461 - 526	461 - 526
2	16	ARG	ARG	TRP	TRP	B	B	461 - 526	461 - 526
1	17	PHE	PHE	TYR	TYR	A	A	535 - 584	535 - 584
2	17	PHE	PHE	TYR	TYR	B	B	535 - 584	535 - 584
1	18	GLY	GLY	ARG	ARG	A	A	587 - 607	587 - 607
2	18	GLY	GLY	ARG	ARG	B	B	587 - 607	587 - 607
1	19	ARG	ARG	ILE	ILE	A	A	626 - 631	626 - 631
2	19	ARG	ARG	ILE	ILE	B	B	626 - 631	626 - 631

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(0.316318, 0.001265, -0.948652), (-0.000193, -0.999999, -0.001397), (-0.948653, 0.000625, -0.316318)	-45.41342, 6.05532, -62.9024

#1: タンパク質	DNA POLYMERASE / PFU POLYMERASE 分子量: 90113.172 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PYROCOCCUS FURIOSUS (古細菌) / プラスミド: PT7-SC / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): STRATAGENE CODON PLUS - RIL / 参照: UniProt: P61875, DNA-directed DNA polymerase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 294 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, VAL 93 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASP 141 TO ALA ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, VAL 93 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASP 141 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLU 143 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, VAL 337 TO ILE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLU 399 TO ASP ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASN 400 TO ASP ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ARG 407 TO ILE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, TYR 546 TO HIS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, VAL 93 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ASP 141 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, GLU 143 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, VAL 337 TO ILE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, GLU 399 TO ASP ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ASN 400 TO ASP ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ARG 407 TO ILE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, TYR 546 TO HIS
Has protein modification	Y
配列の詳細	THIS DNA POLYMERASE HAS MUTATIONS INTRODUCED BY DIRECTED EVOLUTION, TO ENABLE IT TO INCORPORATE CY- ...THIS DNA POLYMERASE HAS MUTATIONS INTRODUCED BY DIRECTED EVOLUTION, TO ENABLE IT TO INCORPORATE CY-DYE LABELLED NUCLEOTIDES INTO THE NEW DNA STRAND. MUTATIONS AT V93Q, D141A, E143A, V337I, E399D, N400D, R407I AND Y546H

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.65 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6.5 詳細: 0.08M SODIUM CACODYLATE PH 6.5 0.14M MAGNESIUM ACETATE 12% PEG 8K 20% GLYCEROL

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9334

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月30日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9334 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.546
1	1	L, -K, H	2	0.454

反射

解像度: 2.4→41.2 Å / Num. obs: 78466 / % possible obs: 89.1 % / Observed criterion σ(I): -5 / 冗長度: 2.7 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 9.6

反射シェル

解像度: 2.4→2.46 Å / 冗長度: 2.3 % / R_merge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 83

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0002	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1TGO

1tgo

解像度: 2.4→98.95 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.935 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.925 / SU B: 5.733 / SU ML: 0.141 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.05 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22936	3805	4.9 %	RANDOM
R_work	0.20626	-	-	-
obs	0.20739	74622	88.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.479 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-15.31 Å²	0 Å²	2.3 Å²
2-	-	33.42 Å²	0 Å²
3-	-	-	-18.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→98.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11863	0	24	294	12181

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.019	12150
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	8664
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.761	1.981	16375
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.715	3.001	21099
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.381	5	1439
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.239	23.989	564
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.139	15	2301
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.773	15	77
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.047	0.2	1771
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.021	13140
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2457
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 7128 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	loose positional	0.26	5
2	B	loose positional	0.26	5
1	A	loose thermal	1.68	10
2	B	loose thermal	1.68	10

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.341	221	-
R_work	0.286	4988	-
obs	-	-	80.11 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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