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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ah1 | ||||||||||||||||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE DB 921-D(CGCAAATTTGCG)2 COMPLEX AT 1.42 A RESOLUTION | ||||||||||||||||||||
![]() | 5'-D(*![]() DNA / DNA DOUBLE HELIX / MINOR GROOVE / DODECAMER / A3T3 / DNA-DRUG COMPLEX / DNA HYDRATION | 機能・相同性 | Chem-D2A / DNA / DNA (> 10) | ![]() 生物種 | SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物) | 手法 | ![]() ![]() ![]() ![]() Munnur, D.G. / Mitchell, E.P. / Forsyth, V.T. / Teixeira, S.C.M. / Neidle, S. | ![]() ![]() タイトル: A Detailed Study of Water Network in the Minor Groove of D(Cgcgaattcgcg)2 and D(Cgcaaatttgcg)2 in Presence of Linear Groove Binders 著者: Munnur, D.G. / Mitchell, E.P. / Forsyth, V.T. / Teixeira, S.C.M. / Neidle, S. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 29.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 18.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 592 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 607.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3662.404 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物) #2: 化合物 | ChemComp-D2A / | #3: 化合物 | ChemComp-MG / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.91 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: MAGNESIUM CHLORIDE, DNA, DB921, MPD, SPERMINE TETRAHYDROCHLORIDE, VAPOUR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 285 K, PH 6.50 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月19日 / 詳細: TOROIDAL MIRROR |
放射 | モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.873 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.42→38.88 Å / Num. obs: 11003 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 0 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 13.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.42→1.5 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 98.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1S2R 解像度: 1.42→33.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 1.641 / SU ML: 0.064 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.09 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.275 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.42→33.04 Å
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拘束条件 |
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