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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4agu | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE HUMAN CDKL1 KINASE DOMAIN | ||||||
要素 | CYCLIN-DEPENDENT KINASE-LIKE 1 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / PHOSPHO-MIMETIC / KINASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ciliary transition zone / regulation of cilium assembly / cyclin-dependent kinase / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / heart development / protein phosphorylation / intracellular membrane-bounded organelle / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding ...ciliary transition zone / regulation of cilium assembly / cyclin-dependent kinase / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / heart development / protein phosphorylation / intracellular membrane-bounded organelle / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Canning, P. / Sharpe, T.D. / Allerston, C. / Savitsky, P. / Pike, A.C.W. / Muniz, J.R.C. / Chaikuad, A. / Kuo, K. / Burgess-Brown, N. / Ayinampudi, V. ...Canning, P. / Sharpe, T.D. / Allerston, C. / Savitsky, P. / Pike, A.C.W. / Muniz, J.R.C. / Chaikuad, A. / Kuo, K. / Burgess-Brown, N. / Ayinampudi, V. / Zhang, Y. / Thangaratnarajah, C. / Ugochukwu, E. / Vollmar, M. / Krojer, T. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / von Delft, F. / Knapp, S. / Bullock, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell Rep / 年: 2018 タイトル: CDKL Family Kinases Have Evolved Distinct Structural Features and Ciliary Function. 著者: Canning, P. / Park, K. / Goncalves, J. / Li, C. / Howard, C.J. / Sharpe, T.D. / Holt, L.J. / Pelletier, L. / Bullock, A.N. / Leroux, M.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4agu.cif.gz | 351 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4agu.ent.gz | 284.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4agu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ag/4agu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ag/4agu | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36306.891 Da / 分子数: 3 / 断片: KINASE DOMAIN, RESIDUES 1-300 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 解説: MAMMALIAN GENE COLLECTION / プラスミド: PNIC-CTHF / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / Variant (発現宿主): R3 PRARE2 / 参照: UniProt: Q00532 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, THR 159 TO ASP ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, TYR 161 TO GLU ...ENGINEERED | 配列の詳細 | CONFLICT Q274E IS A DOCUMENTED NATURAL VARIANT. CONFLICT A152 AND N301D ARE DOCUMENTED SEQUENCE ...CONFLICT Q274E IS A DOCUMENTED | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 41 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 詳細: 17.5% PEG 3350, 0.1 M (NH4)CL PH 6.3, 0.05 M MG FORMATE |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9778 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9778 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→29.78 Å / Num. obs: 33165 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 54.57 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 8.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.69 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 4AAA 解像度: 2.4→29.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9582 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU R Cruickshank DPI: 0.479 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.446 / SU Rfree Blow DPI: 0.239 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.245 詳細: RESIDUES 152-163 OF CHAIN A AND RESIDUE 39-40 OF CHAIN B ARE DISORDERED. IDEAL-DIST CONTACT TERM SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY. NCS REPRESENTATION IS RESTRAINT LSSR (- ...詳細: RESIDUES 152-163 OF CHAIN A AND RESIDUE 39-40 OF CHAIN B ARE DISORDERED. IDEAL-DIST CONTACT TERM SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY. NCS REPRESENTATION IS RESTRAINT LSSR (-AUTONCS). NUMBER OF RESTRAIN LIBRARIES USED 9.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 60.66 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.305 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→29.78 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.47 Å / Total num. of bins used: 17
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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