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- PDB-4agu: CRYSTAL STRUCTURE OF THE HUMAN CDKL1 KINASE DOMAIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4agu
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE HUMAN CDKL1 KINASE DOMAIN
要素CYCLIN-DEPENDENT KINASE-LIKE 1
キーワードTRANSFERASE / PHOSPHO-MIMETIC / KINASE
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cilium assembly / ciliary transition zone / cyclin-dependent kinase / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / heart development / protein phosphorylation / intracellular membrane-bounded organelle / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding ...regulation of cilium assembly / ciliary transition zone / cyclin-dependent kinase / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / heart development / protein phosphorylation / intracellular membrane-bounded organelle / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. ...Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-D15 / Cyclin-dependent kinase-like 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Canning, P. / Sharpe, T.D. / Allerston, C. / Savitsky, P. / Pike, A.C.W. / Muniz, J.R.C. / Chaikuad, A. / Kuo, K. / Burgess-Brown, N. / Ayinampudi, V. ...Canning, P. / Sharpe, T.D. / Allerston, C. / Savitsky, P. / Pike, A.C.W. / Muniz, J.R.C. / Chaikuad, A. / Kuo, K. / Burgess-Brown, N. / Ayinampudi, V. / Zhang, Y. / Thangaratnarajah, C. / Ugochukwu, E. / Vollmar, M. / Krojer, T. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / von Delft, F. / Knapp, S. / Bullock, A.
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2018
タイトル: CDKL Family Kinases Have Evolved Distinct Structural Features and Ciliary Function.
著者: Canning, P. / Park, K. / Goncalves, J. / Li, C. / Howard, C.J. / Sharpe, T.D. / Holt, L.J. / Pelletier, L. / Bullock, A.N. / Leroux, M.R.
履歴
登録2012年1月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.22022年3月30日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYCLIN-DEPENDENT KINASE-LIKE 1
B: CYCLIN-DEPENDENT KINASE-LIKE 1
C: CYCLIN-DEPENDENT KINASE-LIKE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,2646
ポリマ－108,9213
非ポリマー1,3443
水5,675315
1
A: CYCLIN-DEPENDENT KINASE-LIKE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,7552
ポリマ－36,3071
非ポリマー4481
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: CYCLIN-DEPENDENT KINASE-LIKE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,7552
ポリマ－36,3071
非ポリマー4481
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: CYCLIN-DEPENDENT KINASE-LIKE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,7552
ポリマ－36,3071
非ポリマー4481
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.980, 123.980, 49.310
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.5314, 0.8471, 0.009), (-0.847, -0.5315, 0.0059), (0.0098, -0.0045, 0.9999)-59.4174, 183.6634, -4.5954
2given(-0.4916, -0.8704, 0.0276), (0.8708, -0.4916, 0.0068), (0.0077, 0.0274, 0.9996)124.3537, 142.8046, 1.9274

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要素

#1: タンパク質 CYCLIN-DEPENDENT KINASE-LIKE 1


分子量: 36306.891 Da / 分子数: 3 / 断片: KINASE DOMAIN, RESIDUES 1-300 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 解説: MAMMALIAN GENE COLLECTION / プラスミド: PNIC-CTHF / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / Variant (発現宿主): R3 PRARE2 / 参照: UniProt: Q00532
#2: 化合物 ChemComp-D15 / N-(5-{[(2S)-4-amino-2-(3-chlorophenyl)butanoyl]amino}-1H-indazol-3-yl)benzamide


分子量: 447.917 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H22ClN5O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 315 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, THR 159 TO ASP ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, TYR 161 TO GLU ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, THR 159 TO ASP ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, TYR 161 TO GLU ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, THR 159 TO ASP ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, TYR 161 TO GLU ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, THR 159 TO ASP ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, TYR 161 TO GLU
配列の詳細CONFLICT Q274E IS A DOCUMENTED NATURAL VARIANT. CONFLICT A152 AND N301D ARE DOCUMENTED SEQUENCE ...CONFLICT Q274E IS A DOCUMENTED NATURAL VARIANT. CONFLICT A152 AND N301D ARE DOCUMENTED SEQUENCE CONFLICTS. CONTAINS TWO PHOSPHO-MIMETIC ACTIVATING MUTATIONS, Y161E AND T159D.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 41 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 17.5% PEG 3350, 0.1 M (NH4)CL PH 6.3, 0.05 M MG FORMATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9778
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9778 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→29.78 Å / Num. obs: 33165 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 54.57 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.69 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.0精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4AAA

4aaa


解像度: 2.4→29.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9582 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU R Cruickshank DPI: 0.479 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.446 / SU Rfree Blow DPI: 0.239 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.245
詳細: RESIDUES 152-163 OF CHAIN A AND RESIDUE 39-40 OF CHAIN B ARE DISORDERED. IDEAL-DIST CONTACT TERM SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY. NCS REPRESENTATION IS RESTRAINT LSSR (- ...詳細: RESIDUES 152-163 OF CHAIN A AND RESIDUE 39-40 OF CHAIN B ARE DISORDERED. IDEAL-DIST CONTACT TERM SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY. NCS REPRESENTATION IS RESTRAINT LSSR (-AUTONCS). NUMBER OF RESTRAIN LIBRARIES USED 9.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2261 1676 5.06 %RANDOM
Rwork0.1865 ---
obs0.1885 33152 99.98 %-
原子変位パラメータBiso mean: 60.66 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.823 Å20 Å20 Å2
2--1.823 Å20 Å2
3----3.6459 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.305 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→29.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6399 0 96 315 6810
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.016673HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.039093HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2983SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes115HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes984HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6673HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.69
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.68
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion869SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7634SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.47 Å / Total num. of bins used: 17
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2461 127 4.35 %
Rwork0.2 2792 -
all0.202 2919 -
obs--99.98 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.20450.6197-0.04184.12650.96061.8869-0.2934-0.083-0.0202-0.04170.04570.43660.0572-0.33780.2477-0.1903-0.00970.0115-0.1486-0.0473-0.116242.4489102.6769-1.5262
25.39320.3891-0.83141.7727-0.03151.1488-0.19810.1849-0.36740.20560.0127-0.10010.32430.25970.1854-0.17490.07140.0761-0.18990.0248-0.10314.5105129.4483.2681
33.8505-1.34691.75942.8641-0.86282.214-0.01670.00820.5270.03980.0235-0.1805-0.29780.0891-0.0069-0.1531-0.01250.0753-0.19260.0248-0.09125.204390.8823-6.348
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN C

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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