PDB-4ag6: Structure of VirB4 of Thermoanaerobacter pseudethanolicus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ag6

タイトル

Structure of VirB4 of Thermoanaerobacter pseudethanolicus

要素

TYPE IV SECRETORY PATHWAY VIRB4 COMPONENTS-LIKE PROTEIN

キーワード

HYDROLASE / TYPE IV SECRETION / CONJUGATION

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

THERMOANAEROBACTER PSEUDETHANOLICUS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Wallden, K. / Williams, R. / Yan, J. / Lian, P.W. / Wang, L. / Thalassinos, K. / Orlova, E.V. / Waksman, G.

引用

ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2012
タイトル: Structure of the VirB4 ATPase, alone and bound to the core complex of a type IV secretion system.
著者: Karin Walldén / Robert Williams / Jun Yan / Pei W Lian / Luchun Wang / Konstantinos Thalassinos / Elena V Orlova / Gabriel Waksman /

要旨: Type IV secretion (T4S) systems mediate the transfer of proteins and DNA across the cell envelope of bacteria. These systems play important roles in bacterial pathogenesis and in horizontal transfer ...

履歴

登録	2012年1月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年7月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年7月25日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ag6.cif.gz	460 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ag6.ent.gz	390.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ag6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4ag6_validation.pdf.gz	477.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ag6_full_validation.pdf.gz	505.3 KB	表示
XML形式データ	4ag6_validation.xml.gz	46.2 KB	表示
CIF形式データ	4ag6_validation.cif.gz	64.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ag/4ag6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ag/4ag6	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2136C 2137C 4ag5C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3skk-d 3gn0-d 3th7-d 4gwc-d 3gmz-d 6oau-1 3tf3-d 6qaf-d 5h5g-d 7a5e-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: TYPE IV SECRETORY PATHWAY VIRB4 COMPONENTS-LIKE PROTEIN

B: TYPE IV SECRETORY PATHWAY VIRB4 COMPONENTS-LIKE PROTEIN

C: TYPE IV SECRETORY PATHWAY VIRB4 COMPONENTS-LIKE PROTEIN

D: TYPE IV SECRETORY PATHWAY VIRB4 COMPONENTS-LIKE PROTEIN

ヘテロ分子

179 kDa, 4 ポリマー
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1

A: TYPE IV SECRETORY PATHWAY VIRB4 COMPONENTS-LIKE PROTEIN

D: TYPE IV SECRETORY PATHWAY VIRB4 COMPONENTS-LIKE PROTEIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
89.2 kDa, 2 ポリマー
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2

B: TYPE IV SECRETORY PATHWAY VIRB4 COMPONENTS-LIKE PROTEIN

C: TYPE IV SECRETORY PATHWAY VIRB4 COMPONENTS-LIKE PROTEIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
89.5 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	109.286, 112.765, 156.579
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2048- HOH
2	1	A-2058- HOH
3	1	A-2079- HOH

#1: タンパク質	TYPE IV SECRETORY PATHWAY VIRB4 COMPONENTS-LIKE PROTEIN / VIRB4 ATPASE 分子量: 44447.320 Da / 分子数: 4 / 断片: ATPASE DOMAIN, RESIDUES 203-594 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) THERMOANAEROBACTER PSEUDETHANOLICUS (バクテリア) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): STAR / 参照: UniProt: B0KAW2
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 261 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 54 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 30% PEG 3350; 100 MM BIS-TRIS, PH 5.75; 200 MM AMMONIUM SULPHATE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9808
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9808 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→19.96 Å / Num. obs: 80446 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.4 % / B_iso Wilson estimate: 39.26 Å² / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 14.8
反射シェル	解像度: 2.35→2.48 Å / 冗長度: 5.6 % / R_merge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
SOLVE	RESOLVE	位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.35→19.956 Å / SU ML: 0.36 / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.08 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2658	3917	5 %
R_work	0.2262	-	-
obs	0.2282	78167	96.46 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 65.239 Å² / k_sol: 0.353 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	6.6384 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.3566 Å²	0 Å²
3-	-	-	-6.2818 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→19.956 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8854	0	45	261	9160

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	9424
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.107	12360
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.922	3123
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.076	1431
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1591

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.35-2.4339	0.3124	344	0.2553	6961	X-RAY DIFFRACTION	91
2.4339-2.5311	0.2975	368	0.2413	7102	X-RAY DIFFRACTION	93
2.5311-2.6461	0.2605	382	0.2303	7217	X-RAY DIFFRACTION	95
2.6461-2.7852	0.3047	374	0.2328	7366	X-RAY DIFFRACTION	96
2.7852-2.9592	0.2932	357	0.2357	7513	X-RAY DIFFRACTION	97
2.9592-3.1868	0.2706	418	0.2207	7514	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1868-3.506	0.2684	416	0.2218	7628	X-RAY DIFFRACTION	99
3.506-4.0097	0.2426	442	0.2073	7636	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0097-5.0384	0.2307	413	0.2017	7721	X-RAY DIFFRACTION	99
5.0384-19.9566	0.2884	403	0.2565	7592	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.688	-2.1516	0.2273	6.6987	-1.3578	1.1339	0.2706	-0.5505	-0.56	-0.3356	-0.0285	0.9316	0.5779	0.1335	0.0165	0.3639	0.0603	0.0558	0.2159	0.0685	0.4161	-1.4292	-39.5619	-8.8957
2	0.0584	-0.3877	-0.2616	2.6929	1.4093	1.5902	-0.0665	-0.1061	-0.117	0.2141	0.0146	0.3058	0.2146	-0.0545	0.0359	0.144	0.0325	0.0208	0.1281	0.0023	0.1615	-1.2341	-20.2538	-6.9354
3	0.354	-1.0593	0.1287	3.15	-0.2879	0.0306	-0.2857	0.3203	0.0791	-0.3643	0.3145	-0.8756	0.3176	-0.0918	-0.1794	0.3167	-0.0065	0.1882	0.2316	-0.0566	0.5431	19.3451	-3.6701	-16.3867
4	4.1078	-1.3416	-2.4696	4.1677	-0.8213	2.3895	0.0627	0.7385	0.6363	-0.874	0.2796	-0.4273	-0.271	-0.3754	-0.2679	0.3697	-0.0003	0.1344	0.2944	-0.0108	0.3231	10.3761	-0.1352	-24.8772
5	3.2998	1.7668	-0.4794	1.5401	-0.7408	1.5361	-0.2801	0.1312	-0.1057	-0.1906	0.2783	-0.1135	-0.5198	0.0993	-0.0291	0.3276	-0.0791	0.1394	0.1974	-0.0425	0.2423	16.3813	8.4082	-20.096
6	0.2614	-0.0292	-0.8722	1.5297	-0.3125	2.3862	0.0108	-0.0218	0.0388	-0.1231	0.2827	-0.1871	-0.3448	-0.3347	-0.1747	0.1792	-0.0006	0.0155	0.1562	0.0014	0.1558	3.789	-5.3854	-12.4371
7	0.18	0.9688	-0.0253	9.1914	-2.9298	4.6393	-0.4247	0.0191	0.8667	0.2019	0.4415	-2.1592	0.175	0.7958	0.1388	0.2864	-0.0151	-0.0561	0.332	0.008	0.9329	17.7529	-14.6434	-6.7354
8	0.9366	0.6298	-0.3794	2.042	0.3474	0.6967	-0.064	0.154	0.0575	-0.4388	0.1102	-0.0485	-0.1043	0.0117	0.0104	0.1797	0.0501	0.0033	0.1008	-0.0263	0.1109	2.0877	-18.5289	-22.104
9	2.2201	-0.4662	1.363	3.038	-1.3205	1.3729	0.2296	-0.0724	-0.4257	-0.6212	0.0816	0.4722	0.1583	-0.2958	-0.3046	0.1194	-0.0172	-0.0906	0.1129	0.0168	0.1948	-10.012	-31.2628	-18.2892
10	3.5948	-0.9754	0.8271	1.8228	-1.9888	2.3048	0.3093	-0.7206	0.6184	-0.1277	0.2434	0.1856	0.8258	-0.5114	-0.3224	0.8311	-0.125	0.1398	0.711	0.0115	0.6134	-10.9574	-22.394	3.6791
11	0.6365	-0.208	-0.0286	0.4378	0.1325	0.8935	-0.248	-0.1055	-0.5327	-0.2724	0.0985	0.1637	0.4311	0.034	0.2017	0.6539	0.1308	0.1123	0.2885	-0.0268	0.2481	1.4689	-32.7775	-64.5212
12	0.9379	0.5691	0.3048	0.2535	0.667	2.4352	0.0512	0.119	-0.2311	-0.0004	0.0186	-0.05	0.752	0.1976	0.0031	0.4268	0.0405	0.0672	0.1007	-0.012	0.1975	-1.2066	-21.4909	-61.8231
13	0.8586	-0.3738	0.2652	0.4434	0.1638	0.7654	0.3167	0.2834	-0.1265	-0.2445	0.0552	-0.275	0.0601	0.0914	-0.1627	0.3175	0.0118	0.1044	0.262	-0.0413	0.2567	-0.6288	-8.0529	-69.3071
14	1.1826	0.412	-0.0411	0.8884	0.3003	0.2166	0.0476	0.0283	-0.2393	0.2306	-0.1098	0.0039	0.0497	0.0074	0.0347	0.1548	-0.0408	0.0847	0.062	-0.0453	0.1481	-19.9829	0.1419	-57.0614
15	2.3011	-0.2676	-0.4505	1.2561	0.6729	0.4417	0.2135	-0.0594	-0.1769	0.184	-0.238	0.0034	0.3356	-0.0552	0.054	0.2524	0.0204	0.0538	0.2212	0.0026	0.2082	-24.0603	8.6852	-49.922
16	2.7399	0.5277	-1.9864	0.7752	-0.0735	2.5939	0.1838	0.4225	0.4125	-0.3288	-0.058	-0.1337	-0.5601	-0.3281	-0.1335	0.2751	0.0455	0.0499	0.1482	0.0154	0.2034	-19.5466	12.4078	-56.2842
17	1.0392	-0.9157	-0.2774	2.1357	0.0271	0.7148	0.0568	-0.0087	0.1165	-0.2271	0.0336	0.1929	-0.1487	0.0441	-0.1116	0.2148	-0.0276	0.0678	0.1037	-0.0344	0.1243	-8.9217	-4.1262	-62.4873
18	0.8984	-0.4626	-0.3052	1.2817	-0.1536	1.1303	-0.1594	-0.109	-0.0282	0.3487	0.0708	0.1207	-0.0016	0.1584	0.113	0.2524	-0.0331	0.0773	0.0884	-0.0135	0.1296	-9.2299	-12.4022	-52.1297
19	0.9805	0.6338	-0.7408	1.8646	1.9187	4.0653	0.0926	-0.2339	0.218	0.616	-0.1427	0.0687	0.9431	0.7569	0.0432	0.4714	0.0989	0.0471	0.2724	0.0563	0.1813	0.5698	-23.5163	-47.3458
20	2.1009	-0.2764	0.7368	1.7099	1.3335	1.4069	0.1006	0.5328	-0.846	0.5758	0.3942	-0.3724	0.8494	0.7474	-0.4621	0.4178	0.308	-0.0365	0.4782	-0.1088	0.1643	7.6532	-27.269	-56.1999
21	1.1678	-0.3943	-0.957	0.3397	0.6079	0.9301	-1.0337	-0.9301	-0.6643	0.4426	0.3529	0.1267	0.5699	0.3208	0.5371	0.465	0.2299	0.3551	0.7267	0.1848	0.5329	-42.6405	5.7729	-29.8119
22	2.4797	-0.4785	-2.1403	0.7123	0.9572	3.5739	-0.3615	0.0403	-0.1716	0.188	0.0325	0.2138	-0.171	-0.203	0.0413	0.2587	0.0665	0.1919	0.4186	-0.045	0.3734	-38.4088	7.1786	-42.8022
23	4.0375	-2.5967	-1.9541	1.7903	1.3574	1.8428	-0.7352	0.7385	-1.3018	0.3879	-0.3633	0.9695	0.6164	-1.0899	0.8491	0.4034	-0.2357	0.3758	0.8121	-0.2258	0.7342	-47.1867	2.2768	-40.575
24	1.7441	-0.4375	-2.9899	0.1374	0.8656	8.2162	0.2263	0.2364	-0.888	-0.1013	0.7668	0.28	0.0543	-0.04	-0.3991	0.9671	-0.1928	0.6312	0.5035	0.3119	1.611	-49.762	-8.1822	-32.6163
25	2.9449	-1.7851	-0.3414	2.0784	-1.2279	3.4018	-2.118	-1.7705	-1.0947	0.801	0.8135	0.7551	0.8585	0.6329	0.7469	0.7193	0.5272	0.5279	0.91	0.3232	0.6315	-38.7748	0.6615	-25.5261
26	1.7444	-0.5239	-1.1946	0.5332	-0.1082	1.4338	-1.2692	-0.2581	-1.4184	0.3461	0.235	-0.1866	1.3425	0.7573	1.0272	1.4238	0.6033	1.1442	0.8006	0.5181	1.3282	-34.9703	-9.2351	-31.8378
27	6.4862	-2.7728	1.8575	4.5835	-5.4464	6.8949	-0.0963	-2.1558	-0.4215	2.2092	-0.7199	-0.4488	-1.676	-0.2759	0.6485	1.6091	0.596	0.3455	1.7083	0.265	0.475	-26.7889	1.7922	-20.2822
28	0.9899	0.5731	-0.7728	0.317	-0.4141	1.6713	-0.7269	-1.2634	-0.6688	0.57	0.3596	-0.2611	-0.4573	0.2308	0.0286	1.0386	0.8868	0.4861	1.1309	0.3691	0.4896	-31.5277	-6.4212	-21.4421
29	5.524	-1.6524	-0.8815	0.7336	0.3216	0.1648	0.0025	-0.1459	1.4571	-0.3776	-0.8216	-0.9672	-0.2956	-0.429	0.0771	0.7032	0.8058	0.1437	1.762	-0.02	0.8047	-26.9712	-11.0479	-20.1546
30	0.0181	-0.0074	-0.0104	0.0721	0.0855	0.0973	-0.1615	-0.2486	-0.2447	1.0198	-0.2837	0.0905	1.1909	0.4325	0.287	1.5323	0.0967	0.3931	0.5409	0.2866	0.9262	-29.1237	-24.354	-20.1383
31	2.9986	0.0052	-0.951	0.7633	-1.1263	2.2529	0.8227	-0.9682	0.8557	0.2327	-0.8821	0.5233	0.3197	1.144	0.1091	0.3501	-0.3	0.2543	1.836	-0.5848	0.3359	46.2362	2.5339	-48.9603
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33	1.5942	1.2724	-1.9948	2.1516	-1.2187	2.6455	0.1617	0.8282	0.3699	-0.6165	1.1596	-0.2403	-0.3244	-0.3088	-0.6546	0.4271	-0.628	0.2557	1.8342	-0.4498	0.437	26.3572	3.5988	-38.7395
34	2.6073	-0.7523	0.0088	0.5679	0.5094	2.4425	-1.3582	1.6264	-0.9572	-0.0201	-0.2471	0.6407	-0.9725	0.3136	0.2662	-0.0537	-0.2832	0.8079	1.1086	-0.4071	0.6512	32.8545	0.3771	-30.6038
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37	2.2838	-0.694	-0.4944	2.056	-0.7901	2.1285	0.566	-0.5091	-0.2361	-1.6878	-0.0861	-0.1962	-0.3062	1.3921	-0.03	0.2075	-0.2517	0.3669	0.8987	-0.1775	0.4275	37.724	-3.4869	-49.8394
38	2.4759	0.9548	-0.5657	2.972	-0.3095	0.1765	-0.3311	0.2336	-1.118	0.3166	0.2578	0.5581	-0.2681	0.031	0.072	0.876	-0.0413	0.2531	0.7962	0.1194	1.328	26.7441	-8.5424	-46.2027
39	0.2119	-0.5971	-0.1556	2.3935	1.1476	1.0695	0.3165	0.0029	-0.1194	0.3823	-0.2413	0.6964	0.1158	0.2877	0.0338	0.9827	-0.1852	0.0032	0.819	-0.1031	0.9333	23.5246	-3.3893	-57.8845
40	1.454	0.0337	1.5592	2.9194	1.7866	3.5542	-0.9033	0.1351	0.4487	-1.3274	0.5367	0.3691	-0.831	0.3631	0.0241	1.1189	-0.3072	-0.2631	0.781	-0.4915	1.5095	32.5872	-13.0741	-57.9689

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 204:210)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 211:298)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 299:326)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 327:338)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 339:421)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN A AND RESID 422:457)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN A AND RESID 458:463)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN A AND RESID 464:547)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN A AND RESID 548:582)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN A AND RESID 583:587)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN B AND RESID 204:229)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN B AND RESID 230:262)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(CHAIN B AND RESID 263:292)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(CHAIN B AND RESID 293:337)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(CHAIN B AND RESID 338:361)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(CHAIN B AND RESID 362:421)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(CHAIN B AND RESID 422:464)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(CHAIN B AND RESID 465:522)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(CHAIN B AND RESID 523:555)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(CHAIN B AND RESID 556:583)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(CHAIN C AND RESID 286:318)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(CHAIN C AND RESID 319:387)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(CHAIN C AND RESID 388:430)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(CHAIN C AND RESID 431:442)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(CHAIN C AND RESID 443:472)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	(CHAIN C AND RESID 473:490)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	(CHAIN C AND RESID 491:498)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	(CHAIN C AND RESID 499:517)
29	X-RAY DIFFRACTION	29	(CHAIN C AND RESID 518:533)
30	X-RAY DIFFRACTION	30	(CHAIN C AND RESID 540:548)
31	X-RAY DIFFRACTION	31	(CHAIN D AND RESID 287:299)
32	X-RAY DIFFRACTION	32	(CHAIN D AND RESID 300:318)
33	X-RAY DIFFRACTION	33	(CHAIN D AND RESID 319:330)
34	X-RAY DIFFRACTION	34	(CHAIN D AND RESID 331:361)
35	X-RAY DIFFRACTION	35	(CHAIN D AND RESID 362:387)
36	X-RAY DIFFRACTION	36	(CHAIN D AND RESID 388:416)
37	X-RAY DIFFRACTION	37	(CHAIN D AND RESID 417:473)
38	X-RAY DIFFRACTION	38	(CHAIN D AND RESID 474:491)
39	X-RAY DIFFRACTION	39	(CHAIN D AND RESID 492:501)
40	X-RAY DIFFRACTION	40	(CHAIN D AND RESID 502:536)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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