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万見
- PDB-4af2: C61S mutant of thiol peroxidase form E. coli. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4af2
タイトルC61S mutant of thiol peroxidase form E. coli.
要素THIOL PEROXIDASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / INACTIVE MUTANT / PEROXIREDOXIN
機能・相同性
機能・相同性情報


hydroperoxide reductase activity / thioredoxin-dependent peroxiredoxin / thioredoxin peroxidase activity / cellular response to oxidative stress / periplasmic space / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Thiol peroxidase Tpx / Thiol peroxidase conserved site / Tpx family signature. / Redoxin / Redoxin / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily ...Thiol peroxidase Tpx / Thiol peroxidase conserved site / Tpx family signature. / Redoxin / Redoxin / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Thiol peroxidase / Thiol peroxidase
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Beckham, K.S.H. / Roe, A.J. / Byron, O. / Gabrielsen, M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2012
タイトル: The Structure of an Orthorhombic Crystal Form of a `Forced Reduced' Thiol Peroxidase Reveals Lattice Formation Aided by the Presence of the Affinity Tag
著者: Beckham, K.S.H. / Byron, O. / Roe, A.J. / Gabrielsen, M.
履歴
登録2012年1月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年7月4日Group: Other
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: THIOL PEROXIDASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,6221
ポリマ－21,6221
非ポリマー00
水4,035224
1
A: THIOL PEROXIDASE

A: THIOL PEROXIDASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,2452
ポリマ－43,2452
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area1440 Å2
ΔGint-9.4 kcal/mol
Surface area15510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.370, 71.750, 121.930
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 THIOL PEROXIDASE / SCAVENGASE P20


分子量: 21622.414 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: TUV / プラスミド: PET-151 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P0A864, UniProt: P0A862*PLUS, 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ, peroxiredoxin
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 61 TO SER

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.16 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5
詳細: 0.2 M MGCL2, 0.1 M TRIS PH 7, 10% POLYETHYLENE GLYCOL 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9763
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→40.97 Å / Num. obs: 15679 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 24.53 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル解像度: 1.97→2.08 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.0精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3HVV

3hvv


解像度: 1.97→18.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9198 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8681 / SU R Cruickshank DPI: 0.182 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.205 / SU Rfree Blow DPI: 0.185 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.175
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2826 782 5 %RANDOM
Rwork0.2293 ---
obs0.2318 15636 99.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 38.12 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.8351 Å20 Å20 Å2
2---1.4374 Å20 Å2
3---0.6023 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.97→18.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1305 0 0 224 1529
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0091338HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.171824HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d452SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes39HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes195HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1338HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.65
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.89
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion189SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1704SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.97→2.11 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.238 126 4.51 %
Rwork0.2113 2665 -
all0.2124 2791 -
obs--99.8 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -9.8679 Å / Origin y: -10.6057 Å / Origin z: 11.791 Å
111213212223313233
T-0.215 Å20.0136 Å20.0079 Å2--0.2567 Å20.0625 Å2--0.3702 Å2
L2.2881 °2-0.5015 °2-0.1379 °2-2.29 °20.44 °2--0.7236 °2
S-0.0669 Å °-0.4192 Å °-0.2997 Å °0.4262 Å °0.0401 Å °0.0851 Å °0.1269 Å °0.057 Å °0.0267 Å °
精密化 TLSグループSelection details: CHAIN A

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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