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- PDB-4aey: Crystal structure of FolX from Pseudomonas aeruginosa -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4aey
タイトルCrystal structure of FolX from Pseudomonas aeruginosa
要素D-ERYTHRO-7,8-DIHYDRONEOPTERIN TRIPHOSPHATE EPIMERASE
キーワードISOMERASE / PTERIDINE BIOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


dihydroneopterin triphosphate 2'-epimerase activity / dihydroneopterin aldolase activity / folic acid-containing compound metabolic process / tetrahydrobiopterin biosynthetic process / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dihydroneopterin aldolase/epimerase domain / Dihydroneopterin aldolase / Dihydroneopterin aldolase / GTP Cyclohydrolase I, domain 2 / GTP cyclohydrolase I, C-terminal domain/NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase, N-terminal domain / GTP cyclohydrolase I, C-terminal/NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
D-erythro-7,8-dihydroneopterin triphosphate epimerase
類似検索 - 構成要素
生物種PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Gabrielsen, M. / Beckham, K.S.H. / Roe, A.J.
引用ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2012
タイトル: Folx from Pseudomonas Aeruginosa is Octameric in Both Crystal and Solution.
著者: Gabrielsen, M. / Beckham, K.S.H. / Cogdell, R.J. / Byron, O. / Roe, A.J.
履歴
登録2012年1月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年5月2日Group: Other
改定 1.22012年5月23日Group: Other
改定 1.32012年6月20日Group: Other
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-ERYTHRO-7,8-DIHYDRONEOPTERIN TRIPHOSPHATE EPIMERASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,0121
ポリマ－18,0121
非ポリマー00
水1448
1
A: D-ERYTHRO-7,8-DIHYDRONEOPTERIN TRIPHOSPHATE EPIMERASE
x 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,0948
ポリマ－144,0948
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation15_555y,-x,z1
crystal symmetry operation16_555-y,x,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_556-x,y,-z+11
crystal symmetry operation13_556y,x,-z+11
crystal symmetry operation14_556-y,-x,-z+11
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
Buried area15530 Å2
ΔGint-97.9 kcal/mol
Surface area51170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)133.980, 133.980, 133.980
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number211
Space group name H-MI432

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要素

#1: タンパク質 D-ERYTHRO-7,8-DIHYDRONEOPTERIN TRIPHOSPHATE EPIMERASE / 7 / 8-DIHYDRONEOPTERIN-TRIPHOSPHATE-EPIMERASE


分子量: 18011.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9HYG7
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE PROTEIN HAS AN N-TERMINAL HIS-TAG AND TEV CLEAVAGE SITE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.78 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 40 % (V/V) 1,2-PROPANEDIOL, 100 MM HEPES PH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年2月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→97.74 Å / Num. obs: 4383 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2.5 / 冗長度: 23.7 % / Biso Wilson estimate: 123.56 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 34.3
反射 シェル解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 25.1 % / Rmerge(I) obs: 1.37 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.0精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1B9L

1b9l


解像度: 3→66.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9047 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.878 / SU R Cruickshank DPI: 0.64 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.703 / SU Rfree Blow DPI: 0.393 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.388
詳細: RESIDUES 1-5 AND 47-54 ARE DISORDERED. IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM 1B9L_MONO_CHAINSAW1.PDB
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3107 203 4.6 %RANDOM
Rwork0.283 ---
obs0.2843 4382 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 133.92 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→66.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数754 0 0 8 762
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.01765HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.331039HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d245SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes17HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes116HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it765HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.64
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.53
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion110SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact835SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3→3.35 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3573 58 4.81 %
Rwork0.258 1148 -
all0.2623 1206 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 12.9782 Å / Origin y: 13.4566 Å / Origin z: 52.8251 Å
111213212223313233
T-0.2648 Å2-0.1121 Å2-0.152 Å2--0.304 Å20.152 Å2--0.304 Å2
L0 °2-0.9399 °21.1538 °2-7.4346 °2-1.4956 °2--3.4971 °2
S-0.1098 Å °0.5442 Å °0.2497 Å °-0.5442 Å °-0.3246 Å °-0.2767 Å °-0.5366 Å °0.521 Å °0.4344 Å °
精密化 TLSグループSelection details: (CHAIN A)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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