PDB-4abn: Crystal structure of full length mouse Strap (TTC5)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4abn

タイトル

Crystal structure of full length mouse Strap (TTC5)

要素

TETRATRICOPEPTIDE REPEAT PROTEIN 5

キーワード

GENE REGULATION / P53 COFACTOR / STRESS-RESPONSE / DNA REPAIR

機能・相同性

機能・相同性情報

Regulation of TP53 Activity through Methylation / positive regulation of mRNA catabolic process / cellular response to starvation / ribosome binding / cytoplasmic vesicle / mitochondrial matrix / DNA repair / DNA damage response / chromatin binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II ...
類似検索 - 分子機能

生物種

MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Pike, A.C.W. / Bullock, A.N. / Kleinekofort, W. / Zimmermann, T. / Burgess-Brown, N. / Sharpe, T.D. / Thangaratnarajah, C. / Keates, T. / Ugochukwu, E. / Bunkoczi, G. ...

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: The P53 Cofactor Strap Exhibits an Unexpected Tpr Motif and Oligonucleotide-Binding (Ob)-Fold Structure.
著者: Adams, C.J. / Pike, A.C. / Maniam, S. / Sharpe, T.D. / Coutts, A.S. / Knapp, S. / La Thangue, N.B. / Bullock, A.N.

履歴

登録	2011年12月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年1月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年3月14日	Group: Other
改定 1.2	2012年3月21日	Group: Other
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4abn.cif.gz	346.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4abn.ent.gz	284.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4abn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4abn_validation.pdf.gz	451.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4abn_full_validation.pdf.gz	454.9 KB	表示
XML形式データ	4abn_validation.xml.gz	33.2 KB	表示
CIF形式データ	4abn_validation.cif.gz	48.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ab/4abn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ab/4abn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2xvsC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1958 4zos-d 1lng-d 6to4-1 2vxq-d 5wb1-d 5yef-3 4k7k-1 5vig-1 2480 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (3) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (3) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (2)

登録構造単位

A: TETRATRICOPEPTIDE REPEAT PROTEIN 5

B: TETRATRICOPEPTIDE REPEAT PROTEIN 5

ヘテロ分子

105 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: TETRATRICOPEPTIDE REPEAT PROTEIN 5

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
52.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: TETRATRICOPEPTIDE REPEAT PROTEIN 5

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
52.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.924, 91.570, 138.614
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.06, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper: (Code: given
Matrix: (1, -0.008, -0.014), (-0.007, -0.997, 0.076), (-0.014, -0.076, -0.997)
ベクター: -19.16165, 85.0107, 68.71667)

#1: タンパク質	TETRATRICOPEPTIDE REPEAT PROTEIN 5 / TPR REPEAT PROTEIN 5 / STRESS-RESPONSIVE ACTIVATOR OF P300 分子量: 52408.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3 / 参照: UniProt: Q99LG4
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 383 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	A120T, V256A SEQUENCE CONFLICTS AS DOCUMENTED IN UNIPROT. SEQUENCE VARIANT USED FOR CRYSTALLISATION

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 49 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M TRIS PH 8.5, 25% TERT-BUTANOL

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.97892
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97892 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→55.22 Å / Num. obs: 62502 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 31.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 10.7
反射シェル	解像度: 2.05→2.16 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.6.0117	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
SHELXD	SHELXE	位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.05→55 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / SU B: 9.086 / SU ML: 0.123 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.188 / ESU R Free: 0.168 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED. LOCAL NCS RESTRAINTS USED.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23592	3146	5 %	RANDOM
R_work	0.19305	-	-	-
obs	0.1952	59370	99.83 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.22 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.73 Å²	0 Å²	-0.99 Å²
2-	-	0.67 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.51 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→55 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6486	0	8	383	6877

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	6649
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	4411
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.373	1.966	9012
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.193	3	10863
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.126	5	843
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.978	25.417	288
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.285	15	1145
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.74	15	25
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	1022
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	7398
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	1217
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.22	0.2	1454
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.169	0.2	4156
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	3301
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.088	0.2	3326
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.174	0.2	367
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.126	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.172	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.268	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.197	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.121	3.421	6649
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.701	3.505	4411
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.556	6.253	9012
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.328	208	-
R_work	0.283	4314	-
obs	-	-	98.78 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.1441	0.0261	2.698	5.3123	-1.7063	8.4848	-0.345	-0.4533	0.3595	0.4776	0.1955	0.0332	-0.7219	-0.1794	0.1494	0.1676	0.0659	-0.0438	0.1202	-0.0884	0.2587	26.083	68.1728	25.5423
2	3.8127	-0.8542	1.2566	7.2499	-1.2477	4.1113	-0.0973	-0.423	0.1145	0.2984	0.0631	-0.1819	-0.2674	0.1867	0.0342	0.0253	0.0011	-0.0069	0.1608	0.0106	0.1444	32.7955	56.0608	26.3199
3	4.8097	-0.7035	2.2121	1.1641	-0.86	2.439	0.1898	0.0172	-0.3952	-0.2284	0.035	0.0186	0.3169	-0.0605	-0.2248	0.1009	-0.0301	-0.0207	0.1041	0.0456	0.2032	14.8367	47.817	14.5196
4	2.0217	0.8187	2.6738	1.6516	1.5426	11.4074	-0.1273	0.3667	0.0533	-0.3086	0.0701	-0.0919	-0.1795	0.5959	0.0572	0.2011	-0.0298	0.0081	0.1349	0.0419	0.2175	12.2187	59.6526	-11.5351
5	4.1027	2.2187	0.8312	7.608	-0.1284	4.3224	-0.1562	0.4323	-0.2958	-0.2772	0.3649	-0.0134	0.0896	-0.1167	-0.2086	0.212	-0.0256	-0.0125	0.2115	0.0009	0.1903	3.2114	48.3354	-20.1296
6	2.0277	1.3146	-0.6973	4.1385	-1.2122	3.8561	-0.2476	0.2206	-0.2779	-0.4885	0.0621	-0.2005	0.8875	0.1932	0.1856	0.2659	0.0504	0.0661	0.2384	0.0174	0.2241	8.4405	24.3042	36.5578
7	6.0435	-3.3793	2.9086	5.5787	-1.8704	9.8933	-0.2027	-0.186	0.2865	0.5604	0.0332	0.0939	-0.2246	0.2043	0.1695	0.0645	-0.0161	0.0036	0.1878	0.0558	0.1534	6.3368	38.652	45.2439
8	3.0474	0.6537	-1.3213	1.8185	-1.4184	4.8592	0.1179	-0.0964	0.1012	0.3894	0.0777	-0.0041	-0.304	-0.1654	-0.1956	0.1783	0.0891	0.0021	0.2118	0.0669	0.1428	-9.0587	38.1364	53.3343
9	1.8828	-0.2688	-1.5386	1.2245	0.2018	6.6608	0.1061	-0.3164	0.0947	0.0069	0.0134	0.0317	-0.2147	-0.1152	-0.1195	0.3217	0.0043	-0.0425	0.3116	0.0744	0.2401	-11.5247	27.049	77.7095
10	1.8647	-0.766	-0.2971	5.8333	0.2763	5.2781	-0.0404	-0.3924	0.0848	0.0498	0.3954	0.2248	-0.7368	-0.7055	-0.355	0.5076	0.146	0.0224	0.5789	0.0682	0.1864	-15.4951	32.2538	84.8149

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 61
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	62 - 96
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	97 - 218
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	219 - 298
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	299 - 432
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	0 - 101
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	102 - 129
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	130 - 217
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	218 - 322
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	323 - 429

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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