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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4abm | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of CHMP4B hairpin | ||||||
![]() | CHARGED MULTIVESICULAR BODY PROTEIN 4B | ||||||
![]() | PROTEIN TRANSPORT / CELL CYCLE / HIV-1 | ||||||
機能・相同性 | ![]() ubiquitin-independent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / maintenance of lens transparency / viral budding / multivesicular body-lysosome fusion / amphisome membrane / vesicle fusion with vacuole / late endosome to lysosome transport / ESCRT III complex / kinetochore microtubule / late endosome to vacuole transport via multivesicular body sorting pathway ...ubiquitin-independent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / maintenance of lens transparency / viral budding / multivesicular body-lysosome fusion / amphisome membrane / vesicle fusion with vacuole / late endosome to lysosome transport / ESCRT III complex / kinetochore microtubule / late endosome to vacuole transport via multivesicular body sorting pathway / post-translational protein targeting to endoplasmic reticulum membrane / regulation of centrosome duplication / membrane coat / nuclear membrane reassembly / multivesicular body sorting pathway / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / vesicle budding from membrane / midbody abscission / membrane fission / plasma membrane repair / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / multivesicular body membrane / multivesicular body assembly / regulation of mitotic spindle assembly / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / nervous system process / exit from mitosis / mitotic metaphase chromosome alignment / Macroautophagy / nucleus organization / viral budding via host ESCRT complex / mitotic cytokinesis / autophagosome membrane / protein polymerization / autophagosome maturation / Pyroptosis / nuclear pore / multivesicular body / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / viral budding from plasma membrane / HCMV Late Events / macroautophagy / Late endosomal microautophagy / Budding and maturation of HIV virion / kinetochore / autophagy / cytoplasmic side of plasma membrane / nuclear envelope / protein transport / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / midbody / vesicle / endosome / regulation of autophagy / cadherin binding / lysosomal membrane / protein homodimerization activity / extracellular exosome / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Martinelli, N. / Hartlieb, B. / Usami, Y. / Sabin, C. / Dordor, A. / Ribeiro, E.A. / Gottlinger, H. / Weissenhorn, W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Cc2D1A is a Regulator of Escrt-III Chmp4B. 著者: Martinelli, N. / Hartlieb, B. / Usami, Y. / Sabin, C. / Dordor, A. / Miguet, N. / Avilov, S.V. / Ribeiro, E.A. / Gottlinger, H. / Weissenhorn, W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 142.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 116.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 456.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 463 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9249.646 Da / 分子数: 4 / 断片: CHMP4B HAIRPIN, RESIDUES 23-97 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | FOUR ADDITIONAL | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.19 % / 解説: NONE |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→41.23 Å / Num. obs: 30007 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 4.4 / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.27 / Net I/σ(I): 16.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: NONE 解像度: 1.8→61.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.883 / SU B: 6.462 / SU ML: 0.104 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.162 / ESU R Free: 0.161 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.999 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→61.86 Å
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拘束条件 |
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