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- PDB-4abm: Crystal Structure of CHMP4B hairpin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4abm
タイトルCrystal Structure of CHMP4B hairpin
要素CHARGED MULTIVESICULAR BODY PROTEIN 4B
キーワードPROTEIN TRANSPORT / CELL CYCLE / HIV-1
機能・相同性
機能・相同性情報


ubiquitin-independent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / maintenance of lens transparency / viral budding / multivesicular body-lysosome fusion / amphisome membrane / vesicle fusion with vacuole / late endosome to lysosome transport / ESCRT III complex / kinetochore microtubule / late endosome to vacuole transport via multivesicular body sorting pathway ...ubiquitin-independent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / maintenance of lens transparency / viral budding / multivesicular body-lysosome fusion / amphisome membrane / vesicle fusion with vacuole / late endosome to lysosome transport / ESCRT III complex / kinetochore microtubule / late endosome to vacuole transport via multivesicular body sorting pathway / post-translational protein targeting to endoplasmic reticulum membrane / regulation of centrosome duplication / membrane coat / nuclear membrane reassembly / multivesicular body sorting pathway / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / vesicle budding from membrane / midbody abscission / membrane fission / plasma membrane repair / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / multivesicular body membrane / multivesicular body assembly / regulation of mitotic spindle assembly / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / nervous system process / exit from mitosis / mitotic metaphase chromosome alignment / Macroautophagy / nucleus organization / viral budding via host ESCRT complex / mitotic cytokinesis / autophagosome membrane / protein polymerization / autophagosome maturation / Pyroptosis / nuclear pore / multivesicular body / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / viral budding from plasma membrane / HCMV Late Events / macroautophagy / Late endosomal microautophagy / Budding and maturation of HIV virion / kinetochore / autophagy / cytoplasmic side of plasma membrane / nuclear envelope / protein transport / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / midbody / vesicle / endosome / regulation of autophagy / cadherin binding / lysosomal membrane / protein homodimerization activity / extracellular exosome / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ESAT-6-like / Snf7 family / Snf7 / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Charged multivesicular body protein 4b
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Martinelli, N. / Hartlieb, B. / Usami, Y. / Sabin, C. / Dordor, A. / Ribeiro, E.A. / Gottlinger, H. / Weissenhorn, W.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Cc2D1A is a Regulator of Escrt-III Chmp4B.
著者: Martinelli, N. / Hartlieb, B. / Usami, Y. / Sabin, C. / Dordor, A. / Miguet, N. / Avilov, S.V. / Ribeiro, E.A. / Gottlinger, H. / Weissenhorn, W.
履歴
登録2011年12月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年5月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CHARGED MULTIVESICULAR BODY PROTEIN 4B
B: CHARGED MULTIVESICULAR BODY PROTEIN 4B
C: CHARGED MULTIVESICULAR BODY PROTEIN 4B
D: CHARGED MULTIVESICULAR BODY PROTEIN 4B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,9994
ポリマ－36,9994
非ポリマー00
水2,468137
1
A: CHARGED MULTIVESICULAR BODY PROTEIN 4B
B: CHARGED MULTIVESICULAR BODY PROTEIN 4B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,4992
ポリマ－18,4992
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1740 Å2
ΔGint-15.7 kcal/mol
Surface area10510 Å2
手法PISA
2
C: CHARGED MULTIVESICULAR BODY PROTEIN 4B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,2501
ポリマ－9,2501
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
D: CHARGED MULTIVESICULAR BODY PROTEIN 4B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,2501
ポリマ－9,2501
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.590, 71.430, 123.680
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
CHARGED MULTIVESICULAR BODY PROTEIN 4B / CHROMATIN-MODIFYING PROTEIN 4B / CHMP4B / SNF7 HOMOLOG ASSOCIATED WITH ALIX 1 / SNF7-2 / HSNF7-2 / ...CHROMATIN-MODIFYING PROTEIN 4B / CHMP4B / SNF7 HOMOLOG ASSOCIATED WITH ALIX 1 / SNF7-2 / HSNF7-2 / VACUOLAR PROTEIN SORTING-ASSOCIATED PROTEIN 32-2 / VPS32-2 / HVPS32-2


分子量: 9249.646 Da / 分子数: 4 / 断片: CHMP4B HAIRPIN, RESIDUES 23-97 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9H444
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細FOUR ADDITIONAL RESIDUES AT THE N-TERMINUS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.19 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→41.23 Å / Num. obs: 30007 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 4.4 / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.27 / Net I/σ(I): 16.3
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
iMOSFLMデータスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.8→61.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.883 / SU B: 6.462 / SU ML: 0.104 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.162 / ESU R Free: 0.161 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28517 1588 5 %RANDOM
Rwork0.22765 ---
obs0.23043 30007 99.64 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.999 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å20 Å20 Å2
2--0.06 Å20 Å2
3----0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→61.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2568 0 0 137 2705
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0192720
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8841.9883621
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.313 123 -
Rwork0.268 1954 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2866-1.8317-1.37943.15172.03552.84410.10870.09120.1151-0.1247-0.1057-0.0313-0.1468-0.1732-0.0030.02140.00490.00440.0471-0.0250.1086.47841.442512.7617
25.7206-3.2914-1.43222.85131.04460.5842-0.1989-0.1926-0.23490.19130.08410.16010.09440.09440.11480.07030.00310.00680.05370.01030.033618.657617.38759.5986
31.8288-0.73880.7462.213-2.39534.7011-0.00980.1687-0.010.04820.03350.04560.16280.0899-0.02380.0602-0.00050.00120.0604-0.04710.104724.415237.045420.674
41.3112-0.38471.05945.57012.71523.0753-0.0013-0.05790.0393-0.0922-0.15480.1016-0.0329-0.17170.15610.1443-0.04880.06630.0745-0.01160.050211.225121.074825.4593
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 79
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 79
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 78
4X-RAY DIFFRACTION4D3 - 79

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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