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- PDB-4a9u: CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN CHK2 IN COMPLEX WITH BENZIMIDAZOLE CAR... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4a9u
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN CHK2 IN COMPLEX WITH BENZIMIDAZOLE CARBOXAMIDE INHIBITOR
要素SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE CHK2
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


mitotic DNA damage checkpoint signaling / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in transcription of p21 class mediator / thymocyte apoptotic process / regulation of protein catabolic process / mitotic spindle assembly / replicative senescence / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / signal transduction in response to DNA damage / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex ...mitotic DNA damage checkpoint signaling / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in transcription of p21 class mediator / thymocyte apoptotic process / regulation of protein catabolic process / mitotic spindle assembly / replicative senescence / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / signal transduction in response to DNA damage / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in cell cycle arrest / regulation of signal transduction by p53 class mediator / DNA damage checkpoint signaling / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Stabilization of p53 / protein catabolic process / G2/M DNA damage checkpoint / Regulation of TP53 Activity through Methylation / cellular response to gamma radiation / PML body / G2/M transition of mitotic cell cycle / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / double-strand break repair / Regulation of TP53 Degradation / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / protein autophosphorylation / protein stabilization / non-specific serine/threonine protein kinase / cell division / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ubiquitin protein ligase binding / DNA damage response / regulation of DNA-templated transcription / protein kinase binding / positive regulation of DNA-templated transcription / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Forkhead associated domain / Forkhead-associated (FHA) domain profile. / FHA domain / Forkhead-associated (FHA) domain / SMAD/FHA domain superfamily / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site ...Forkhead associated domain / Forkhead-associated (FHA) domain profile. / FHA domain / Forkhead-associated (FHA) domain / SMAD/FHA domain superfamily / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-A9U / NITRATE ION / Serine/threonine-protein kinase Chk2
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.48 Å
データ登録者Matijssen, C. / Silva-Santisteban, M.C. / Westwood, I.M. / Siddique, S. / Choi, V. / Sheldrake, P. / van Montfort, R.L.M. / Blagg, J.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2012
タイトル: Benzimidazole Inhibitors of the Protein Kinase Chk2: Clarification of the Binding Mode by Flexible Side Chain Docking and Protein-Ligand Crystallography
著者: Matijssen, C. / Silva-Santisteban, M.C. / Westwood, I.M. / Siddique, S. / Choi, V. / Sheldrake, P. / Van Montfort, R.L.M. / Blagg, J.
履歴
登録2011年11月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月24日Group: Database references
改定 1.22012年11月7日Group: Database references
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE CHK2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,20813
ポリマ－37,1121
非ポリマー1,09712
水1,58588
1
A: SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE CHK2
ヘテロ分子

A: SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE CHK2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,41726
ポリマ－74,2242
非ポリマー2,19324
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+2/31
Buried area5890 Å2
ΔGint8.9 kcal/mol
Surface area29230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.070, 91.070, 93.410
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE CHK2 / CHK2 CHECKPOINT HOMOLOG / CDS1 HOMOLOG / HUCDS1 / HCDS1 / CHECKPOINT KINASE 2


分子量: 37111.844 Da / 分子数: 1 / 断片: KINASE DOMAIN, RESIDUES 210-531 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 解説: HUMAN CDNA LIBRARY / プラスミド: PTHREE-E / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA2 PLYSS
参照: UniProt: O96017, non-specific serine/threonine protein kinase

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非ポリマー , 5種, 100分子

#2: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-A9U / 2-{4-[(1-BENZYLPIPERIDIN-4-YL)METHOXY]PHENYL}-1H-BENZIMIDAZOLE-6-CARBOXAMIDE


分子量: 440.537 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H28N4O2
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細2-{4-[(1-BENZYLPIPERIDIN-4-YL)METHOXY]PHENYL} -1H-BENZIMIDAZOLE-6-CARBOXAMIDE IS REPRESENTED BY THE ...2-{4-[(1-BENZYLPIPERIDIN-4-YL)METHOXY]PHENYL} -1H-BENZIMIDAZOLE-6-CARBOXAMIDE IS REPRESENTED BY THE RESIDUE A9U.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.9 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.1 M HEPES PH 7.5, 0.2 M MAGNESIUM NITRATE, 8-16% (W/V) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→60.26 Å / Num. obs: 12692 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 49.13 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WTJ

2wtj


解像度: 2.48→40.931 Å / SU ML: 0.75 / σ(F): 0.29 / 位相誤差: 20.39 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2138 1548 5.1 %
Rwork0.1839 --
obs0.1854 30202 98.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.035 Å2 / ksol: 0.32 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.0915 Å20 Å20 Å2
2--1.0915 Å20 Å2
3----2.1829 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.48→40.931 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2228 0 67 88 2383
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032331
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6133141
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.914852
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043366
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002388
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4801-2.56020.34111640.30982551X-RAY DIFFRACTION97
2.5602-2.65170.28121410.26742599X-RAY DIFFRACTION98
2.6517-2.75780.26191480.23482611X-RAY DIFFRACTION98
2.7578-2.88330.23661510.21822548X-RAY DIFFRACTION98
2.8833-3.03520.23841620.20862625X-RAY DIFFRACTION99
3.0352-3.22530.21341210.19332606X-RAY DIFFRACTION99
3.2253-3.47430.25741290.18492618X-RAY DIFFRACTION99
3.4743-3.82370.22471420.18212632X-RAY DIFFRACTION99
3.8237-4.37640.16041280.15462635X-RAY DIFFRACTION99
4.3764-5.51170.15691410.14422596X-RAY DIFFRACTION99
5.5117-40.93630.21521210.17782633X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.3128-3.0838-0.82142.97181.10420.5854-0.2024-0.1880.18370.04260.1649-0.26780.03570.18780.07560.2285-0.0144-0.00740.22080.00030.204432.9001-35.59619.6312
21.9619-1.044-1.33151.12250.09624.8160.07610.120.4194-0.288-0.0666-0.1696-0.2938-0.19860.01580.27170.0174-0.09260.21450.01940.430515.8287-19.110215.5028
36.7941-2.38460.13173.9491-1.55420.7327-0.19310.3596-0.9674-0.30080.0720.2278-0.0732-0.40510.17090.8857-0.0364-0.08160.6627-0.09290.326821.3028-40.0256-8.0086
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESSEQ 209:378)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESSEQ 379:488)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESSEQ 489:512)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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