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- PDB-4a94: Structure of the carboxypeptidase inhibitor from Nerita versicolo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4a94
タイトルStructure of the carboxypeptidase inhibitor from Nerita versicolor in complex with human CPA4
要素
  • CARBOXYPEPTIDASE A4
  • CARBOXYPEPTIDASE INHIBITOR
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX / CPA4 / NVCI / PCI / LCI
機能・相同性
機能・相同性情報


metalloendopeptidase inhibitor activity / negative regulation of endopeptidase activity / hormone catabolic process / peptide catabolic process / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / metallocarboxypeptidase activity / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Laminin - #90 / : / Carboxypeptidase A, carboxypeptidase domain / Carboxypeptidase, activation peptide / Metallocarboxypeptidase-like, propeptide / Carboxypeptidase activation peptide / Zinc carboxypeptidases, zinc-binding region 2 signature. / Zinc carboxypeptidases, zinc-binding region 1 signature. / Zn_pept / Zinc carboxypeptidase ...Laminin - #90 / : / Carboxypeptidase A, carboxypeptidase domain / Carboxypeptidase, activation peptide / Metallocarboxypeptidase-like, propeptide / Carboxypeptidase activation peptide / Zinc carboxypeptidases, zinc-binding region 2 signature. / Zinc carboxypeptidases, zinc-binding region 1 signature. / Zn_pept / Zinc carboxypeptidase / Peptidase family M14 domain profile. / Peptidase M14, carboxypeptidase A / Zn peptidases / Laminin / Aminopeptidase / Ribbon / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NITRATE ION / Metallocarboxypeptidase inhibitor / Carboxypeptidase A4
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
NERITA VERSICOLOR (サラサアマガイ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Covaleda, G. / Alonso, M. / Chavez, M.A. / Aviles, F.X. / Reverter, D.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Crystal Structure of a Novel Metallo-Carboxypeptidase Inhibitor from the Marine Mollusk Nerita Versicolor in Complex with Human Carboxypeptidase A4.
著者: Covaleda, G. / Alonso Del Rivero, M. / Chavez, M.A. / Aviles, F.X. / Reverter, D.
履歴
登録2011年11月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年2月15日Group: Other
改定 1.22012年3月28日Group: Other
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CARBOXYPEPTIDASE A4
B: CARBOXYPEPTIDASE A4
C: CARBOXYPEPTIDASE INHIBITOR
D: CARBOXYPEPTIDASE INHIBITOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,11812
ポリマ－81,6154
非ポリマー5038
水5,459303
1
A: CARBOXYPEPTIDASE A4
D: CARBOXYPEPTIDASE INHIBITOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0596
ポリマ－40,8082
非ポリマー2514
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2560 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area14110 Å2
手法PISA
2
B: CARBOXYPEPTIDASE A4
C: CARBOXYPEPTIDASE INHIBITOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0596
ポリマ－40,8082
非ポリマー2514
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2590 Å2
ΔGint-38.9 kcal/mol
Surface area13830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.220, 71.980, 79.840
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.84, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 CARBOXYPEPTIDASE A4 / CARBOXYPEPTIDASE A3


分子量: 34851.031 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 112-421 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: KOMAGATAELLA PASTORIS (菌類)
参照: UniProt: Q9UI42, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ
#2: タンパク質 CARBOXYPEPTIDASE INHIBITOR


分子量: 5956.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) NERITA VERSICOLOR (サラサアマガイ)
発現宿主: KOMAGATAELLA PASTORIS (菌類) / 参照: UniProt: P86912*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 303 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.54 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→48.33 Å / Num. obs: 79658 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 17.25 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 16.4
反射 シェル解像度: 1.7→1.9 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.26 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→46.093 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.83 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2346 3979 5 %
Rwork0.2054 --
obs0.2068 79607 97.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.369 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.345 Å2-0 Å2-2.2878 Å2
2---0.5003 Å20 Å2
3----3.8448 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→46.093 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5574 0 26 303 5903
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075758
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0337818
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.0372022
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075820
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051028
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7001-1.76080.30663450.2676317X-RAY DIFFRACTION82
1.7608-1.83130.29733910.24627205X-RAY DIFFRACTION94
1.8313-1.91470.2494060.21717704X-RAY DIFFRACTION100
1.9147-2.01560.25063760.20757742X-RAY DIFFRACTION100
2.0156-2.14190.23653960.20077737X-RAY DIFFRACTION100
2.1419-2.30730.23754490.19937728X-RAY DIFFRACTION100
2.3073-2.53950.23584010.19577722X-RAY DIFFRACTION100
2.5395-2.90690.23274250.21037782X-RAY DIFFRACTION100
2.9069-3.66210.24013990.20887805X-RAY DIFFRACTION100
3.6621-46.10990.18683910.17987886X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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