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- PDB-4a8t: Crystal structure of putrescine transcarbamylase from Enterococcu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4a8t
タイトルCrystal structure of putrescine transcarbamylase from Enterococcus faecalis lacking its C-terminal Helix, with bound N5-(phosphonoacetyl) -L-ornithine
要素PUTRESCINE CARBAMOYLTRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE / TRABNSFERASE PALO / DELTA-N-(PHOSPHONOACETYL)-L-ORNITHINE / AGMATINE DEIMINASE ROUTE / AGMATINE CATABOLISM / AGMATINE FERMENTATION / ORNITHINE / ORNITHINE CARBAMOYLTRANSFERASE / ARGININE DEIMINASE / PHOSPHONOACETYLORNITHINE
機能・相同性
機能・相同性情報


putrescine carbamoyltransferase / putrescine biosynthetic process from arginine via N-carbamoylputrescine / putrescine carbamoyltransferase activity / ornithine carbamoyltransferase activity / citrulline biosynthetic process / L-arginine biosynthetic process via ornithine / amino acid binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Putrescine carbamoyltransferase PtcA / Ornithine/putrescine carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn-binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase superfamily / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding domain / Rossmann fold ...Putrescine carbamoyltransferase PtcA / Ornithine/putrescine carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn-binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase superfamily / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / N-(PHOSPHONOACETYL)-L-ORNITHINE / TRIETHYLENE GLYCOL / Putrescine carbamoyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種ENTEROCOCCUS FAECALIS (乳酸球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.59 Å
データ登録者Polo, L.M. / Gil-Ortiz, F. / Rubio, V.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: New Insight Into the Transcarbamylase Family: The Structure of Putrescine Transcarbamylase, a Key Catalyst for Fermentative Utilization of Agmatine
著者: Polo, L.M. / Gil-Ortiz, F. / Cantin, A. / Rubio, V.
履歴
登録2011年11月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月14日Group: Other
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PUTRESCINE CARBAMOYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,8404
ポリマ－38,3771
非ポリマー4633
水6,972387
1
A: PUTRESCINE CARBAMOYLTRANSFERASE
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)233,04224
ポリマ－230,2646
非ポリマー2,77818
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
crystal symmetry operation10_555-y,-x,-z+1/21
crystal symmetry operation12_545x,x-y-1,-z+1/21
crystal symmetry operation11_655-x+y+1,y,-z+1/21
Buried area20550 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area63030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.990, 89.990, 184.320
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1319-

NI

21A-2036-

HOH

31A-2065-

HOH

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要素

#1: タンパク質 PUTRESCINE CARBAMOYLTRANSFERASE / PTC / PTCASE / AGMATINE CATABOLISM PROTEIN B / PUTRESCINE TRANSCARBAMOYLASE / PUTRESCINE TRANSCARBAMYLASE


分子量: 38377.277 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1-317 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: THE PROTEIN LACKS THE C-TERMINAL HELIX / 由来: (組換発現) ENTEROCOCCUS FAECALIS (乳酸球菌) / 株: SD10 / プラスミド: PNIC28-BSA4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q837U7, putrescine carbamoyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-PAO / N-(PHOSPHONOACETYL)-L-ORNITHINE / N5-(ホスホノアセチル)オルニチン


分子量: 254.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H15N2O6P
#3: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 387 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細Y318 WAS REPLACED WITH A STOP CODON, LACKING THE C- TERMINAL HELIX

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.5 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5
詳細: 0.2 M MAGNESIUM CHLORIDE, 30% POLYETHYLENE GLYCOL 400, 0.1 M HEPES, PH 7.5, 1 MM N5-(PHOSPHONOACETYL)-L-ORNITHINE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.979
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.59→40 Å / Num. obs: 60518 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 10.1 % / Biso Wilson estimate: 14.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 5.7
反射 シェル解像度: 1.59→30 Å / 冗長度: 10.1 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0027精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4A8H

4a8h


解像度: 1.59→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 2.15 / SU ML: 0.036 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.065 / ESU R Free: 0.065 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES 76-78 ARE DISORDERED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18015 3050 5.1 %RANDOM
Rwork0.16218 ---
obs0.16308 57317 99.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.539 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.28 Å2-0.14 Å20 Å2
2---0.28 Å20 Å2
3---0.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.59→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2446 0 27 387 2860
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0222514
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.021658
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1331.9673395
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9263.0044046
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2735315
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.58724.912114
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.66715427
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.8741511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2381
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022808
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02488
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3991.51574
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1021.5649
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.73622522
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.4413940
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.34.5873
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.586→1.627 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.277 212 -
Rwork0.262 4163 -
obs--99.82 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6444-0.16570.19610.68850.07541.07790.0182-0.0803-0.04960.01530.00490.04120.0012-0.0324-0.0230.01880.00330.00570.00970.01080.016429.461-22.82731.454
20.0005-0.00120.00040.0057-0.00080.00140.010.0052-0.0037-0.0540.00180.01240.00630.0193-0.01170.5428-0.0157-0.04850.3979-0.02630.296435.912-33.3214.252
30.9447-1.07960.27472.1957-0.13540.35160.09070.0936-0.1763-0.1878-0.03970.14950.1087-0.0241-0.05090.0571-0.0199-0.00490.0441-0.01020.050327.607-33.79120.041
40.9473-0.1390.20131.2352-0.37270.96020.01570.02380.0532-0.0954-0.01220.0581-0.0557-0.0392-0.00360.01930.007-0.00110.0123-0.00230.012818.167-10.82719.375
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 72
2X-RAY DIFFRACTION2A73 - 82
3X-RAY DIFFRACTION3A83 - 132
4X-RAY DIFFRACTION4A133 - 317

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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