PDB-4a8p: Crystal structure of putrescine transcarbamylase from Enterococcu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4a8p

タイトル

Crystal structure of putrescine transcarbamylase from Enterococcus faecalis with N5-(phosphonoacetyl)-L-ornithine

要素

PUTRESCINE CARBAMOYLTRANSFERASE

キーワード

TRANSFERASE / ORNITHINE AGMATINE DEIMINASE ROUTE

機能・相同性

機能・相同性情報

putrescine carbamoyltransferase / putrescine biosynthetic process from arginine via N-carbamoylputrescine / putrescine carbamoyltransferase activity / ornithine carbamoyltransferase activity / citrulline biosynthetic process / L-arginine biosynthetic process via ornithine / amino acid binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

ENTEROCOCCUS FAECALIS (乳酸球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Polo, L.M. / Gil-Ortiz, F. / Rubio, V.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: New Insight Into the Transcarbamylase Family: The Structure of Putrescine Transcarbamylase, a Key Catalyst for Fermentative Utilization of Agmatine
著者: Polo, L.M. / Gil-Ortiz, F. / Cantin, A. / Rubio, V.

履歴

登録	2011年11月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年2月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年3月14日	Group: Other
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 650

HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4a8p.cif.gz	777.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4a8p.ent.gz	648.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4a8p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4a8p_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4a8p_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
XML形式データ	4a8p_validation.xml.gz	72.2 KB	表示
CIF形式データ	4a8p_validation.cif.gz	99.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a8/4a8p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a8/4a8p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4a8hSC 4a8tC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4a8h-1 4a8h-2 4jqo-d 2otc-2 6yw9-d 2ovy-2 4am8-1 4p1r-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (6)

登録構造単位

A: PUTRESCINE CARBAMOYLTRANSFERASE

B: PUTRESCINE CARBAMOYLTRANSFERASE

C: PUTRESCINE CARBAMOYLTRANSFERASE

D: PUTRESCINE CARBAMOYLTRANSFERASE

E: PUTRESCINE CARBAMOYLTRANSFERASE

F: PUTRESCINE CARBAMOYLTRANSFERASE

ヘテロ分子

243 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PUTRESCINE CARBAMOYLTRANSFERASE

B: PUTRESCINE CARBAMOYLTRANSFERASE

C: PUTRESCINE CARBAMOYLTRANSFERASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
121 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: PUTRESCINE CARBAMOYLTRANSFERASE

E: PUTRESCINE CARBAMOYLTRANSFERASE

F: PUTRESCINE CARBAMOYLTRANSFERASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
121 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.520, 81.710, 82.280
Angle α, β, γ (deg.)	105.43, 102.80, 100.75
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	D
2	3	E
1	4	D
2	4	F

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	5	A	2 - 72
2	1	1	5	B	2 - 72
1	2	1	6	A	73 - 86
2	2	1	6	B	73 - 86
1	3	1	5	A	87 - 225
2	3	1	5	B	87 - 225
1	4	1	6	A	226 - 240
2	4	1	6	B	226 - 240
1	5	1	3	A	241 - 318
2	5	1	3	B	241 - 318
1	6	1	5	A	319 - 400
2	6	1	5	B	319 - 400
1	1	2	5	A	2 - 72
2	1	2	5	C	2 - 72
1	2	2	6	A	73 - 86
2	2	2	6	C	73 - 86
1	3	2	5	A	87 - 225
2	3	2	5	C	87 - 225
1	4	2	6	A	226 - 240
2	4	2	6	C	226 - 240
1	5	2	3	A	241 - 318
2	5	2	3	C	241 - 318
1	6	2	5	A	319 - 400
2	6	2	5	C	319 - 400
1	1	3	3	D	2 - 72
2	1	3	3	E	2 - 72
1	2	3	6	D	73 - 86
2	2	3	6	E	73 - 86
1	3	3	3	D	87 - 180
2	3	3	3	E	87 - 180
1	4	3	6	D	181 - 190
2	4	3	6	E	181 - 190
1	5	3	5	D	191 - 225
2	5	3	5	E	191 - 225
1	6	3	6	D	226 - 240
2	6	3	6	E	226 - 240
1	7	3	3	D	241 - 318
2	7	3	3	E	241 - 318
1	8	3	5	D	319 - 400
2	8	3	5	E	319 - 400
1	1	4	3	D	2 - 72
2	1	4	3	F	2 - 72
1	2	4	6	D	73 - 86
2	2	4	6	F	73 - 86
1	3	4	3	D	87 - 180
2	3	4	3	F	87 - 180
1	4	4	6	D	181 - 190
2	4	4	6	F	181 - 190
1	5	4	5	D	191 - 225
2	5	4	5	F	191 - 225
1	6	4	6	D	226 - 240
2	6	4	6	F	226 - 240
1	7	4	3	D	241 - 318
2	7	4	3	F	241 - 318
1	8	4	5	D	319 - 400
2	8	4	5	F	319 - 400

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.177, -0.237, 0.955), (0.984, -0.048, 0.17), (0.006, 0.97, 0.242)	31.249, -1.463, -19.603
2	given	(-0.178, 0.984, 0.018), (-0.224, -0.059, 0.973), (0.958, 0.169, 0.231)	6.998, 26.125, -25.237
3	given	(-0.746, -0.597, 0.294), (-0.597, 0.406, -0.692), (0.294, -0.692, -0.66)	12.553, -24.725, -54.605
4	given	(-0.425, 0.517, -0.743), (0.514, -0.538, -0.668), (-0.745, -0.666, -0.037)	-19.239, -27.475, -32.86
5	given	(0.591, -0.633, -0.5), (-0.64, -0.745, 0.188), (-0.492, 0.209, -0.845)	-15.018, 1.154, -57.589

#1: タンパク質	PUTRESCINE CARBAMOYLTRANSFERASE / PTC / PTCASE / AGMATINE CATABOLISM PROTEIN B / PUTRESCINE TRANSCARBAMOYLASE / PUTRESCINE TRANSCARBAMYLASE 分子量: 40141.398 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ENTEROCOCCUS FAECALIS (乳酸球菌) / 株: SD10 / プラスミド: PET22 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q837U7, putrescine carbamoyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-PAO / N-(PHOSPHONOACETYL)-L-ORNITHINE / N⁵-(ホスホノアセチル)オルニチン分子量: 254.178 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₅N₂O₆P
#3: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 535 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.2 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 5.5 詳細: 0.2 M AMMONIUM ACETATE, 25% POLYETHYLENE GLYCOL 3350, 0.1 M BIS-TRIS PH 5.5, 1 MM N5- (PHOSPHONOACETYL)-L-ORNITHINE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→30 Å / Num. obs: 114553 / % possible obs: 87.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 1.6 % / B_iso Wilson estimate: 27.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 10.9
反射シェル	解像度: 2→30 Å / 冗長度: 1.6 % / R_merge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 87.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0102	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4A8H

4a8h

解像度: 2→25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / SU B: 11.176 / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.253 / ESU R Free: 0.195 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. DISORDERED RESIDUES ARE, 78-82 FROM CHAIN D, 78-83 CHAIN E, 74-84 CHAIN F, 232-235 CHAIN D AND 230-238 CHAIN F

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23732	5763	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19593	-	-	-
obs	0.198	108160	87.57 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.299 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.59 Å²	-1.12 Å²	-0.94 Å²
2-	-	-0.41 Å²	-1.11 Å²
3-	-	-	-0.42 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15479	0	114	535	16128

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	15860
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.009	1.964	21456
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.762	5	1994
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.733	24.848	724
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.363	15	2680
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.611	15	72
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	2430
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.021	11944
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.223	1.5	9973
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.423	2	15953
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.833	3	5887
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.321	4.5	5503
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	312	tight positional	0.07	0.05
1	2	B	312	tight positional	0.07	0.05
2	1	A	312	tight positional	0.08	0.05
2	2	C	312	tight positional	0.08	0.05
3	1	D	972	tight positional	0.1	0.05
3	2	E	972	tight positional	0.1	0.05
4	1	D	972	tight positional	0.08	0.05
4	2	F	972	tight positional	0.08	0.05
1	1	A	916	medium positional	0.14	0.5
1	2	B	916	medium positional	0.14	0.5
2	1	A	924	medium positional	0.12	0.5
2	2	C	924	medium positional	0.12	0.5
3	1	D	216	medium positional	0.16	0.5
3	2	E	216	medium positional	0.16	0.5
4	1	D	220	medium positional	0.2	0.5
4	2	F	220	medium positional	0.2	0.5
1	1	A	1364	loose positional	0.23	5
1	2	B	1364	loose positional	0.23	5
2	1	A	1380	loose positional	0.21	5
2	2	C	1380	loose positional	0.21	5
3	1	D	1301	loose positional	0.21	5
3	2	E	1301	loose positional	0.21	5
4	1	D	1266	loose positional	0.16	5
4	2	F	1266	loose positional	0.16	5
1	1	A	312	tight thermal	0.41	0.5
1	2	B	312	tight thermal	0.41	0.5
2	1	A	312	tight thermal	0.18	0.5
2	2	C	312	tight thermal	0.18	0.5
3	1	D	972	tight thermal	0.24	0.5
3	2	E	972	tight thermal	0.24	0.5
4	1	D	972	tight thermal	0.29	0.5
4	2	F	972	tight thermal	0.29	0.5
1	1	A	916	medium thermal	0.35	2
1	2	B	916	medium thermal	0.35	2
2	1	A	924	medium thermal	0.23	2
2	2	C	924	medium thermal	0.23	2
3	1	D	216	medium thermal	0.16	2
3	2	E	216	medium thermal	0.16	2
4	1	D	220	medium thermal	0.21	2
4	2	F	220	medium thermal	0.21	2
1	1	A	1364	loose thermal	0.42	10
1	2	B	1364	loose thermal	0.42	10
2	1	A	1380	loose thermal	0.32	10
2	2	C	1380	loose thermal	0.32	10
3	1	D	1301	loose thermal	0.33	10
3	2	E	1301	loose thermal	0.33	10
4	1	D	1266	loose thermal	0.31	10
4	2	F	1266	loose thermal	0.31	10

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.35	424	-
R_work	0.314	7930	-
obs	-	-	87.6 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3769	0.7865	-0.4909	4.3391	-0.4573	1.1112	-0.0225	-0.1486	-0.0399	0.2211	0.0595	-0.0347	0.0906	-0.0378	-0.037	0.0307	0.0145	-0.0129	0.0854	0.0073	0.0164	6.057	5.028	9.175
2	1.9208	0.5229	-0.4009	1.281	0.3549	0.2889	-0.1062	0.2286	-0.133	-0.2463	0.103	-0.0431	-0.0284	-0.0263	0.0032	0.1605	0.0057	-0.0134	0.0838	0.014	0.0819	9.213	6.159	-5.962
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44	1.6901	-1.1819	-0.4568	2.2743	0.5718	1.0681	-0.0638	-0.0181	0.525	0.0656	-0.0113	-0.1754	-0.2343	-0.0254	0.0752	0.1329	0.0335	-0.0888	0.1069	-0.0239	0.3026	-17.496	6.882	-58.21
45	2.1874	0.3505	-0.8738	1.9572	-0.5368	2.3578	-0.0259	-0.3779	0.5213	0.4101	-0.0948	-0.0785	-0.4998	-0.0797	0.1207	0.342	0.1063	-0.1473	0.247	-0.1811	0.5168	-26.404	19.481	-47.726
46	2.8927	-0.9291	-1.6983	4.1409	1.8668	2.2103	-0.0928	-0.5047	0.4764	0.4999	-0.0048	0.3236	0.1501	-0.2577	0.0976	0.2169	0.0848	-0.0103	0.4469	-0.213	0.3355	-31.845	5.827	-44.418
47	7.2892	-0.6587	-7.4505	0.7842	-0.5977	14.0756	-0.1663	0.1942	0.1362	-0.0434	-0.143	-0.081	-0.29	0.039	0.3093	0.0857	0.0128	-0.0487	0.0639	-0.0184	0.1622	-17.1	-4.994	-65.983
48	4.0967	-6.8997	0.9605	16.8	-3.622	4.6907	0.0564	0.2298	0.0364	-0.3457	-0.1974	-0.27	0.3697	-0.0272	0.1411	0.0566	-0.0536	0.0155	0.1389	-0.0267	0.0748	-3.125	-26.519	-76.261

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 38
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	39 - 68
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	69 - 87
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	88 - 148
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	149 - 187
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	188 - 295
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	296 - 315
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	316 - 339
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	1 - 69
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	70 - 88
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	89 - 107
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	108 - 171
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	172 - 235
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	236 - 252
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	253 - 312
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	313 - 339
17	X-RAY DIFFRACTION	17	C	1 - 40
18	X-RAY DIFFRACTION	18	C	41 - 68
19	X-RAY DIFFRACTION	19	C	69 - 87
20	X-RAY DIFFRACTION	20	C	88 - 148
21	X-RAY DIFFRACTION	21	C	149 - 187
22	X-RAY DIFFRACTION	22	C	188 - 295
23	X-RAY DIFFRACTION	23	C	296 - 315
24	X-RAY DIFFRACTION	24	C	316 - 339
25	X-RAY DIFFRACTION	25	D	1 - 44
26	X-RAY DIFFRACTION	26	D	45 - 68
27	X-RAY DIFFRACTION	27	D	69 - 87
28	X-RAY DIFFRACTION	28	D	88 - 182
29	X-RAY DIFFRACTION	29	D	183 - 272
30	X-RAY DIFFRACTION	30	D	273 - 296
31	X-RAY DIFFRACTION	31	D	297 - 315
32	X-RAY DIFFRACTION	32	D	316 - 339
33	X-RAY DIFFRACTION	33	E	1 - 43
34	X-RAY DIFFRACTION	34	E	44 - 68
35	X-RAY DIFFRACTION	35	E	69 - 90
36	X-RAY DIFFRACTION	36	E	91 - 171
37	X-RAY DIFFRACTION	37	E	172 - 249
38	X-RAY DIFFRACTION	38	E	250 - 298
39	X-RAY DIFFRACTION	39	E	299 - 317
40	X-RAY DIFFRACTION	40	E	318 - 337
41	X-RAY DIFFRACTION	41	F	1 - 44
42	X-RAY DIFFRACTION	42	F	45 - 68
43	X-RAY DIFFRACTION	43	F	69 - 87
44	X-RAY DIFFRACTION	44	F	88 - 182
45	X-RAY DIFFRACTION	45	F	183 - 259
46	X-RAY DIFFRACTION	46	F	260 - 296
47	X-RAY DIFFRACTION	47	F	297 - 315
48	X-RAY DIFFRACTION	48	F	316 - 339

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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