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- PDB-4a7x: Crystal structure of uridylate kinase from Helicobacter pylori -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4a7x
タイトルCrystal structure of uridylate kinase from Helicobacter pylori
要素URIDYLATE KINASE
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


UMP kinase / UMP kinase activity / 'de novo' CTP biosynthetic process / UDP biosynthetic process / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Uridylate kinase, bacteria / Uridylate kinase / Carbamate kinase / Acetylglutamate kinase-like / Aspartate/glutamate/uridylate kinase / Acetylglutamate kinase-like superfamily / Amino acid kinase family / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / Uridylate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種HELICOBACTER PYLORI (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Chu, C.H. / Liu, M.H. / Chen, P.C. / Sun, Y.J.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012
タイトル: Structures of Helicobacter Pylori Uridylate Kinase: Insight Into Release of the Product Udp
著者: Chu, C.H. / Chen, P.C. / Liu, M.H. / Li, Y.C. / Hsiao, C.D. / Sun, Y.J.
履歴
登録2011年11月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年7月11日Group: Other
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: URIDYLATE KINASE
B: URIDYLATE KINASE
C: URIDYLATE KINASE
D: URIDYLATE KINASE
E: URIDYLATE KINASE
F: URIDYLATE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,86710
ポリマ－157,2516
非ポリマー1,6174
水7,080393
1
A: URIDYLATE KINASE
B: URIDYLATE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,8213
ポリマ－52,4172
非ポリマー4041
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3640 Å2
ΔGint-36.3 kcal/mol
Surface area19590 Å2
手法PISA
2
C: URIDYLATE KINASE
D: URIDYLATE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,2254
ポリマ－52,4172
非ポリマー8082
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4170 Å2
ΔGint-35.8 kcal/mol
Surface area19610 Å2
手法PISA
3
E: URIDYLATE KINASE
F: URIDYLATE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,8213
ポリマ－52,4172
非ポリマー4041
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3620 Å2
ΔGint-34.1 kcal/mol
Surface area19390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)147.136, 127.627, 93.181
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.46, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
URIDYLATE KINASE / UK / URIDINE MONOPHOSPHATE KINASE / UMP KINASE / UMPK


分子量: 26208.449 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HELICOBACTER PYLORI (ピロリ菌) / 株: 26695 / プラスミド: PQE30 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / Variant (発現宿主): SG13009 / 参照: UniProt: P56106, UMP kinase
#2: 化合物
ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / コメント: UDP*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 393 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→30 Å / Num. obs: 62731 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 58.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 21.3
反射 シェル解像度: 2.45→2.54 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2BND

2bnd


解像度: 2.49→96.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 24.649 / SU ML: 0.246 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.096 / ESU R Free: 0.309 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27571 2994 5 %RANDOM
Rwork0.21311 ---
obs0.2163 56433 98.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 51.522 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.92 Å20 Å2-0.82 Å2
2---0.48 Å20 Å2
3----0.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.49→96.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10464 0 100 393 10957
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.02210675
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2081.97614392
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.73251371
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.78625.138434
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.409151976
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8551554
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.21721
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.027675
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2321.56777
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.236210883
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.74733898
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0494.53509
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.945310675
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.492→2.557 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.374 180 -
Rwork0.286 3969 -
obs--93.22 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2537-0.08060.04820.0875-0.00140.10760.01650.0124-0.01190.0011-0.007-0.00280.0087-0.0003-0.00960.0317-0.002-0.03050.0256-0.00090.0127123.806-0.609964.686
20.25830.09330.02160.0580.00560.10620.0137-0.0092-0.00470.0069-0.0085-0.00080.0126-0.0077-0.00530.0353-0.0054-0.03080.0262-0.00060.011988.485-0.055370.8202
30.11520.00780.06680.10470.02180.220.0077-0.01170.00540.0141-0.0032-0.00010.0196-0.0142-0.00450.0359-0.0044-0.02790.0287-0.00160.009399.737118.09194.2106
40.1418-0.02050.10790.1196-0.02240.30230.00470.02390.0053-0.0097-0.0040.00150.01650.0141-0.00070.0293-0.0027-0.02740.03190.00010.0083112.573318.175441.4483
50.13540.11710.08510.33520.08510.1152-0.01180.00540.016-0.01320.00160.0202-0.01050.00480.01020.0302-0.0063-0.02990.0320.00250.011126.752642.439963.5677
60.1309-0.07960.07050.3756-0.070.1025-0.0029-0.00570.01810.0104-0.0113-0.0124-0.0024-0.00320.01420.02710-0.02870.0313-0.00410.012585.452442.111372.1173
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1D1 - 240
2X-RAY DIFFRACTION2C1 - 240
3X-RAY DIFFRACTION3F1 - 240
4X-RAY DIFFRACTION4A1 - 240
5X-RAY DIFFRACTION5B1 - 240
6X-RAY DIFFRACTION6E1 - 240

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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