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- PDB-4a6g: N-acyl amino acid racemase from Amycalotopsis sp. Ts-1-60: G291D-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4a6g
タイトルN-acyl amino acid racemase from Amycalotopsis sp. Ts-1-60: G291D- F323Y mutant in complex with N-acetyl methionine
要素N-ACYLAMINO ACID RACEMASE
キーワードLYASE / BIOCATALYSIS
機能・相同性
機能・相同性情報


O-succinylbenzoate synthase activity / o-succinylbenzoate synthase / 異性化酵素; ラセマーゼ・エピメラーゼ（光学異性の転換）; アミノ酸類に作用 / menaquinone biosynthetic process / isomerase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
o-Succinylbenzoate synthase, MenC type 2 / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal ...o-Succinylbenzoate synthase, MenC type 2 / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal / Enolase-like, C-terminal domain superfamily / Enolase-like; domain 1 / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-ACETYLMETHIONINE / N-succinylamino acid racemase
類似検索 - 構成要素
生物種AMYCOLATOPSIS SP. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.71 Å
データ登録者Baxter, S. / Royer, S. / Grogan, G. / Holt-Tiffin, K.E. / Taylor, I.N. / Fotheringham, I.G. / Campopiano, D.J.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2012
タイトル: An Improved Racemase/Acylase Biotransformation for the Preparation of Enantiomerically Pure Amino Acids.
著者: Baxter, S. / Royer, S. / Grogan, G. / Brown, F. / Holt-Tiffin, K.E. / Taylor, I.N. / Fotheringham, I.G. / Campopiano, D.J.
履歴
登録2011年11月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月21日Group: Database references
改定 1.22012年12月19日Group: Database references
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-ACYLAMINO ACID RACEMASE
B: N-ACYLAMINO ACID RACEMASE
C: N-ACYLAMINO ACID RACEMASE
D: N-ACYLAMINO ACID RACEMASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,95112
ポリマ－158,0894
非ポリマー8628
水4,774265
1
A: N-ACYLAMINO ACID RACEMASE
C: N-ACYLAMINO ACID RACEMASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,4766
ポリマ－79,0452
非ポリマー4314
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2440 Å2
ΔGint-18.9 kcal/mol
Surface area25480 Å2
手法PISA
2
B: N-ACYLAMINO ACID RACEMASE
D: N-ACYLAMINO ACID RACEMASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,4766
ポリマ－79,0452
非ポリマー4314
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2330 Å2
ΔGint-9.3 kcal/mol
Surface area25260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)216.710, 216.710, 261.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114A1 - 368
2114B1 - 368
3114C1 - 368
4114D1 - 368

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.508797, -0.860006, -0.038915), (-0.859897, -0.509859, 0.024903), (-0.041258, 0.020793, -0.998932)-8.59442, -11.28431, -84.4511
3given(-0.200334, -0.44535, 0.872657), (-0.441462, -0.754131, -0.486207), (0.87463, -0.482649, -0.045527)82.81653, -63.77607, -107.96628
4given(0.25328, 0.404444, -0.878791), (0.450833, 0.754387, 0.477126), (0.85592, -0.517035, 0.008734)15.17345, -10.82645, -106.26589

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要素

#1: タンパク質
N-ACYLAMINO ACID RACEMASE / O-SUCCINYL BENZOATE SYNTHASE


分子量: 39522.305 Da / 分子数: 4 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) AMYCOLATOPSIS SP. (バクテリア) / 株: TS-1-60 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q44244, o-succinylbenzoate synthase
#2: 化合物
ChemComp-AME / N-ACETYLMETHIONINE


タイプ: L-peptide NH3 amino terminus / 分子量: 191.248 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H13NO3S
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 265 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.2 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8
詳細: PROTEIN CONCENTRATION OF 8 MG ML-1 THAT HAD BEEN INCUBATED PREVIOUSLY WITH 10 MM N-ACETYL METHIONINE. CRYSTAL DROPS CONTAINED 100 MM TRIS-HCL (PH 8.0) 15% PEG 4K, 800 MM NA FORMATE

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.71→88.31 Å / Num. obs: 60693 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 4.8 / 冗長度: 10.2 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 18.6
反射 シェル解像度: 2.71→2.79 Å / 冗長度: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0116精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1SJA

1sja


解像度: 2.71→88.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 9.097 / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.36 / ESU R Free: 0.249 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21012 3226 5 %RANDOM
Rwork0.15535 ---
obs0.15816 60693 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 47.754 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.2 Å2-0.1 Å20 Å2
2---0.2 Å20 Å2
3---0.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.71→88.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10897 0 52 265 11214
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.02211165
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0971.9915227
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.89151465
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.30423.01412
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.631151730
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.1851586
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1380.21801
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0218378
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 2683 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Amedium positional0.370.5
2Bmedium positional0.340.5
3Cmedium positional0.370.5
4Dmedium positional0.340.5
1Amedium thermal8.622
2Bmedium thermal5.122
3Cmedium thermal6.272
4Dmedium thermal5.462
LS精密化 シェル解像度: 2.71→2.78 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.373 241 -
Rwork0.258 4296 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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