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- PDB-4a5r: Crystal structure of class A beta-lactamase from Bacillus licheni... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4a5r
タイトルCrystal structure of class A beta-lactamase from Bacillus licheniformis BS3 with tazobactam
要素BETA-LACTAMASE
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-A active site / Beta-lactamase class-A active site. / Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / CARBON DIOXIDE / TRIETHYLENE GLYCOL / TAZOBACTAM INTERMEDIATE / Beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種BACILLUS LICHENIFORMIS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Power, P. / Sauvage, E. / Herman, R. / Kerff, F. / Charlier, P.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Class a Beta-Lactamase from Bacillus Licheniformis Inhibited by Tazobactam
著者: Power, P. / Herman, R. / Kerff, F. / Mercuri, P. / Galleni, M. / Gutkind, G. / Charlier, P. / Sauvage, E.
履歴
登録2011年10月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA-LACTAMASE
B: BETA-LACTAMASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,0628
ポリマ－59,0272
非ポリマー1,0356
水5,080282
1
A: BETA-LACTAMASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1584
ポリマ－29,5131
非ポリマー6453
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: BETA-LACTAMASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9044
ポリマ－29,5131
非ポリマー3903
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.955, 103.550, 63.732
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.77, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 BETA-LACTAMASE / CLASS A BETA-LACTAMASE


分子量: 29513.303 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BACILLUS LICHENIFORMIS (バクテリア) / 株: BS3 / 参照: UniProt: P94458, beta-lactamase

-
非ポリマー , 5種, 288分子

#2: 化合物 ChemComp-TBE / TAZOBACTAM INTERMEDIATE


分子量: 302.307 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N4O5S
#3: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 化合物 ChemComp-CO2 / CARBON DIOXIDE / 二酸化炭素


分子量: 44.010 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 282 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.8 % / 解説: NONE
結晶化pH: 4 / 詳細: pH 4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.9686
検出器タイプ: MARRESEARCH SX-165 / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→36.26 Å / Num. obs: 35366 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2Y91

2y91


解像度: 2.1→34.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.204 / ESU R Free: 0.18 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23344 1764 5 %RANDOM
Rwork0.18208 ---
obs0.18469 33545 99.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.244 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.1 Å20 Å2-0.01 Å2
2--0.44 Å20 Å2
3----0.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→34.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4022 0 69 282 4373
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0224149
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2361.9935607
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0615512
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.05625.213188
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.37415748
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9551528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2646
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0213078
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1091.52564
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.79124134
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.25231585
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.9384.51473
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.33 127 -
Rwork0.267 2462 -
obs--99.58 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.5831-4.5952-1.84343.86640.50875.0554-0.1001-0.42790.14970.30130.038-0.341-0.22930.42470.06210.1087-0.0517-0.04480.2210.00670.248738.7374.1628.233
20.5885-0.2745-0.18150.9782-0.06190.9044-0.01330.0493-0.0090.02370.01130.1211-0.0122-0.00510.00210.20850.00440.0110.1583-0.0010.273715.0643.01223.031
35.1358-0.708-7.92274.7064.899415.5264-0.38580.5115-0.1212-0.5880.2403-0.1060.2607-0.52740.14550.55160.0106-0.03150.13440.01440.207415.38-7.7592.138
41.07750.21540.26641.35390.04811.5446-0.05140.111-0.0186-0.09720.05820.04120.0111-0.0229-0.00670.18670.00620.00790.16080.00330.254515.0052.51413.774
52.3502-0.2956-0.28540.9059-0.11271.5622-0.0107-0.1694-0.18150.17760.00090.06920.0761-0.05370.00980.20720.00920.00790.113-0.00660.270317.897-4.48527.788
62.83540.2663-0.97941.6285-0.55473.11320.0084-0.0052-0.07760.1443-0.0355-0.25570.04890.21660.02720.12820.0007-0.01120.1796-0.00710.278532.183-0.57926.009
70.798-0.16080.51130.92080.01941.7211-0.0670.09160.0583-0.0957-0.0211-0.2026-0.13780.10280.08810.2246-0.02820.00940.11890.01470.255520.92519.58548.109
811.98062.04713.36456.23473.463611.3072-0.38970.0971-0.67280.24850.1970.45490.168-2.12310.19280.0531-0.00830.08870.67060.00170.1509-6.08416.19662.546
92.4642-0.4508-0.26853.05010.03133.9743-0.081-0.2563-0.1574-0.01090.1910.12260.1804-0.8506-0.11010.0777-0.0683-0.01120.25440.0260.18772.6811.84958.287
101.2122-0.0261-0.24660.7564-0.77152.3608-0.0081-0.1831-0.08580.00960.0506-0.0989-0.0073-0-0.04250.221-0.01340.00970.1266-0.00070.248115.57512.18957.463
111.78870.3173-0.06611.7991-0.66262.5806-0.08510.14870.0336-0.23650.10110.183-0.107-0.5338-0.0160.19940.0227-0.03390.13940.00270.22077.19221.19745.009
123.08890.64990.71691.92160.10342.0406-0.0816-0.02080.2645-0.0031-0.0537-0.1726-0.24390.10360.13540.2562-0.0194-0.02750.09260.02280.316720.59127.38650.36
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A30 - 46
2X-RAY DIFFRACTION2A47 - 57
3X-RAY DIFFRACTION2A59 - 83
4X-RAY DIFFRACTION2A86 - 96
5X-RAY DIFFRACTION3A97 - 107
6X-RAY DIFFRACTION4A108 - 192
7X-RAY DIFFRACTION5A193 - 238
8X-RAY DIFFRACTION5A240 - 252
9X-RAY DIFFRACTION5A254 - 257
10X-RAY DIFFRACTION6A258 - 291
11X-RAY DIFFRACTION7B30 - 80
12X-RAY DIFFRACTION7B59 - 83
13X-RAY DIFFRACTION7B86 - 96
14X-RAY DIFFRACTION8B97 - 117
15X-RAY DIFFRACTION9B118 - 155
16X-RAY DIFFRACTION10B156 - 194
17X-RAY DIFFRACTION11B195 - 238
18X-RAY DIFFRACTION11B240 - 252
19X-RAY DIFFRACTION11B254 - 257
20X-RAY DIFFRACTION12B258 - 291

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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