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- PDB-4a5n: Redoxregulator HypR in its reduced form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4a5n
タイトルRedoxregulator HypR in its reduced form
要素UNCHARACTERIZED HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR YYBR
キーワードTRANSCRIPTION / ACTIVATOR / DNA BINDING / MARR-LIKE
機能・相同性
機能・相同性情報


Helix-turn-helix, HxlR type / HxlR-like helix-turn-helix / HxlR-type HTH domain profile. / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / Uncharacterized HTH-type transcriptional regulator YybR
類似検索 - 構成要素
生物種BACILLUS SUBTILIS (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.81 Å
データ登録者Palm, G.J. / Waack, P. / Read, R.J. / Hinrichs, W.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2012
タイトル: Structural Insights Into the Redox-Switch Mechanism of the Marr/Duf24-Type Regulator Hypr
著者: Palm, G.J. / Chi, B.K. / Waack, P. / Gronau, K. / Becher, D. / Albrecht, D. / Hinrichs, W. / Read, R.J. / Antelmann, H.
履歴
登録2011年10月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年1月25日Group: Other
改定 1.22012年5月23日Group: Other
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UNCHARACTERIZED HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR YYBR
B: UNCHARACTERIZED HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR YYBR
C: UNCHARACTERIZED HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR YYBR
D: UNCHARACTERIZED HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR YYBR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,6429
ポリマ－62,2674
非ポリマー3755
水5,747319
1
A: UNCHARACTERIZED HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR YYBR
B: UNCHARACTERIZED HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR YYBR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,2904
ポリマ－31,1342
非ポリマー1562
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3830 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area11720 Å2
手法PISA
2
C: UNCHARACTERIZED HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR YYBR
D: UNCHARACTERIZED HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR YYBR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3525
ポリマ－31,1342
非ポリマー2183
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3310 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area11370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.930, 68.030, 60.420
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.45, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.1711, 0.9725, 0.15804), (0.97198, -0.19285, 0.13442), (0.1612, 0.13061, -0.97824)-13.16228, 20.57441, -28.91028
2given(-0.95478, 0.1511, -0.25607), (-0.14663, -0.98852, -0.03658), (-0.25865, 0.00262, 0.96597)-30.6964, 9.6937, 21.78555
3given(-0.3588, -0.92898, 0.09094), (-0.93075, 0.34872, -0.10999), (0.07046, -0.12411, -0.98976)-4.94594, -8.23238, -53.88907
4given(-0.34284, -0.93628, 0.07642), (-0.93566, 0.3331, -0.11658), (0.08369, -0.11147, -0.99024)-5.30363, -8.35856, -53.78741
5given(-0.95513, 0.15796, -0.25056), (-0.15837, -0.9872, -0.01868), (-0.2503, 0.02184, 0.96792)-30.63178, 10.32915, 21.86682
6given(0.45683, 0.86983, 0.18626), (0.86802, -0.48168, 0.1205), (0.19453, 0.10662, -0.97508)-2.40063, 21.47184, -79.00483

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要素

#1: タンパク質
UNCHARACTERIZED HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR YYBR / REDOX REGULATOR HYPR


分子量: 15566.823 Da / 分子数: 4 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BACILLUS SUBTILIS (枯草菌) / 株: TRPC2 / プラスミド: PDGHYPRC14S / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P37486
#2: 化合物
ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 319 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 14 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, CYS 14 TO SER ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 14 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, CYS 14 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, CYS 14 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, CYS 14 TO SER
非ポリマーの詳細ETHYLENE GLYCOL (EDO): PRECIPITANT COMPONENT 2 MERCAPTO ETHANOL (BME): REDUCTANT
配列の詳細C-TERMINAL HEXA-HIS TAG ADDED

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 31 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5
詳細: 2 UL PROTEIN (20 MM TRIS PH 7.5, 150 MM NACL, 15 MG/ML) AND 2 UL WELL SOLUTION (12% PEG 8000), CRYOPROTECTANT: 20% PEG 4000, 10% PEG 400.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.918
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月25日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.81→60 Å / Num. obs: 5528 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 1.81→1.9 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 96.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
MOSFLM7.0.4データ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2HZT

2hzt


解像度: 1.81→59.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 7.128 / SU ML: 0.112 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.143 / ESU R Free: 0.133 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22287 1952 5 %RANDOM
Rwork0.18337 ---
obs0.18544 37033 96.16 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.72 Å20 Å20.59 Å2
2---1.43 Å20 Å2
3----2.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.81→59.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3412 0 20 319 3751
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0193568
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022582
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5261.9664809
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.94736232
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6175420
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.22322.889180
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.77215663
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.7231536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2508
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0213899
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02777
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.807→1.854 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.361 135 -
Rwork0.28 2553 -
obs--91.18 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.04150.5478-0.82652.6438-2.37484.0741-0.02510.00770.1140.18320.0126-0.0565-0.46220.17290.01240.0916-0.0185-0.00490.0876-0.00590.09390.62713.175-25.486
21.85910.7398-0.04164.2872-1.49433.8711-0.04590.2855-0.001-0.3035-0.0388-0.32-0.15570.34090.08470.0429-0.01420.0290.11490.01380.10597.33111.799-32.259
34.2743-3.3979-2.27156.38223.64074.99480.2396-0.110.3775-0.375-0.068-0.013-0.6675-0.233-0.17160.11950.00230.01580.06930.00340.0806-10.9315.343-17.501
48.7563-2.10865.01916.54122.237619.81050.11130.34490.47990.1658-0.25170.0578-0.5250.7880.14050.13-0.0160.03570.07970.02730.1406-6.26619.539-16.474
51.515-0.03531.0481.74390.56074.02650.0111-0.11140.07660.170.0109-0.1607-0.1860.1896-0.0220.0769-0.03630.02020.0849-0.0140.0706-5.83217.653.112
611.3969-7.1288-3.57088.79743.5064.5179-0.0547-0.22980.30830.12420.1328-0.75340.21920.3533-0.07810.10140.0022-0.01980.07910.02030.09822.5770.846-13.605
71.7425-0.5185-0.8633.0761.5645.2629-0.23820.0322-0.14550.1930.02450.24770.7848-0.35930.21370.1266-0.06230.03680.11040.01060.1256-20.3450.464-55.104
82.2505-0.10080.99452.94271.44646.6769-0.10820.35650.2242-0.3754-0.09990.1033-0.5455-0.07180.20810.1092-0.00480.01030.13050.02070.0803-17.4748.565-59.89
94.5414-4.60861.972419.4884-7.54118.6720.33560.234-0.2184-1.0561-0.5671-0.28710.6520.79430.23150.23230.10350.00520.2273-0.03990.0826-6.973-6.07-42.331
1013.7453.0306-12.01810.6727-2.472519.9101-0.06750.4122-0.3642-0.02260.0625-0.09110.3983-0.83750.00490.51490.0734-0.06510.2403-0.01130.2835-17.103-5.007-42.205
112.69510.3791-1.27882.2828-0.10893.41910.0155-0.0401-0.17590.0289-0.0410.27530.3098-0.32740.02550.0444-0.0329-0.0220.073-0.00530.0879-19.9-3.789-24.28
1210.0222-10.78857.048713.087-7.008710.9377-0.2538-0.27190.04350.11770.07110.5046-0.6627-0.41770.18270.15130.0386-0.04290.1249-0.05320.2195-19.05313.759-40.964
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A14 - 46
2X-RAY DIFFRACTION2A47 - 88
3X-RAY DIFFRACTION3A89 - 116
4X-RAY DIFFRACTION4B13 - 24
5X-RAY DIFFRACTION5B25 - 97
6X-RAY DIFFRACTION6B98 - 117
7X-RAY DIFFRACTION7C14 - 70
8X-RAY DIFFRACTION8C71 - 99
9X-RAY DIFFRACTION9C100 - 110
10X-RAY DIFFRACTION10D14 - 26
11X-RAY DIFFRACTION11D27 - 98
12X-RAY DIFFRACTION12D99 - 113

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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