PDB-4a57: CRYSTAL STRUCTURE OF TOXOPLASMA GONDII NUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DI...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4a57

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF TOXOPLASMA GONDII NUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 3 (NTPDASE3)

要素

NUCLEOSIDE-TRIPHOSPHATASE 1

キーワード

HYDROLASE / NTPDASE

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont-containing vacuole / protein N-linked glycosylation / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / nucleoside-triphosphate phosphatase / Golgi apparatus
類似検索 - 分子機能

生物種

TOXOPLASMA GONDII (トキソプラズマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Krug, U. / Zebisch, M. / Straeter, N.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structural Insight Into the Activation Mechanism of Toxoplasma Gondii Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases by Disulfide Reduction.
著者: Krug, U. / Zebisch, M. / Krauss, M. / Straeter, N.

履歴

登録	2011年10月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年11月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年1月11日	Group: Other
改定 1.2	2012年2月15日	Group: Other
改定 1.3	2013年12月25日	Group: Structure summary

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDBx/mmCIF形式	4a57.cif.gz	924.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4a57_validation.pdf.gz	454.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4a57_full_validation.pdf.gz	464 KB	表示
XML形式データ	4a57_validation.xml.gz	89.3 KB	表示
CIF形式データ	4a57_validation.cif.gz	131.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a5/4a57 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a5/4a57	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4a59C 4a5aC 4a5bC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4a59-d 4jep-1 3agr-1 2xwj-1 3mpj-d 2xwj-3 2xwj-2 1xco-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: NUCLEOSIDE-TRIPHOSPHATASE 1

B: NUCLEOSIDE-TRIPHOSPHATASE 1

C: NUCLEOSIDE-TRIPHOSPHATASE 1

D: NUCLEOSIDE-TRIPHOSPHATASE 1

ヘテロ分子

271 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	88.960, 165.940, 97.510
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.03, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	NUCLEOSIDE-TRIPHOSPHATASE 1 / NTPDASE3 / NTPASE-I / NUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE HYDROLASE 1 / NUCLEOSIDE-TRIPHOSPHATASE I 分子量: 67657.922 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) TOXOPLASMA GONDII (トキソプラズマ) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA PLYSS 参照: UniProt: Q27893, nucleoside-triphosphate phosphatase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1371 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.88 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→40.39 Å / Num. obs: 183360 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): 2.9 / 冗長度: 5.1 % / B_iso Wilson estimate: 25.99 Å² / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 10.1
反射シェル	解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 97.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.8.0	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換・異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2→39.43 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9444 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9307 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=CL. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=19866. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=0. ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2103	1844	1.01 %	RANDOM
R_work	0.1741	-	-	-
obs	0.1745	183317	-	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.27 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.7943 Å²	0 Å²	4.5647 Å²
2-	-	-1.2229 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.5715 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.227 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→39.43 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18408	0	4	1371	19783

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	18886	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.04	25593	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		6700	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		502	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		2754	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		18886	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		0	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	16.06
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		2432	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		22080	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2068	163	1.2 %
R_work	0.1936	13446	-
all	0.1938	13609	-

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.232	-0.4541	-0.9649	1.3497	-1.6715	0.5355	-0.0036	-0.1345	0.0661	0.0176	0.0231	0.0644	-0.0263	-0.0195	-0.0195	-0.1348	-0.0198	-0.0022	0.1759	0.025	-0.0997	8.9383	15.0561	82.5508
2	1.1669	-0.0394	0.648	0.7259	-0.3241	1.0119	-0.1328	-0.0849	0.1788	0.0361	0.0213	-0.0177	-0.1185	-0.0933	0.1115	-0.0756	0.0357	-0.0263	-0.0482	-0.0191	-0.0418	-4.5015	26.7509	39.4406
3	0.209	-0.3068	-0.8345	0.5412	-0.6667	-0.209	-0.0063	0.0011	-0.0028	0.0216	0.0222	0.0028	-0.0302	-0.0175	-0.0159	0.0077	0.1426	0.0945	-0.0427	0.048	0.1465	-4.0897	-12.2953	41.929
4	0.5824	-0.1732	0.1023	0.5639	0.017	0.4993	0.0243	-0.0022	-0.0518	0.0097	-0.0467	0.0539	-0.0078	-0.0179	0.0224	-0.0362	0.0066	0.0081	-0.0366	-0.012	-0.0434	-28.1849	15.0149	26.2768
5	2.6925	-0.4926	-0.3948	3.1409	1.0041	1.8124	0.0474	0.0473	-0.1081	-0.1244	0.0383	-0.2659	-0.082	0.1568	-0.0857	-0.0062	0.0208	-0.0015	0.0188	0.008	-0.0553	-14.0733	18.1967	8.7761
6	0.7125	1.4771	-2.0049	0.9001	0.4773	-0.4907	-0.0016	0.0785	0.0319	-0.0862	-0.0326	-0.0526	-0.0231	0.1447	0.0342	-0.0866	-0.001	0.017	0.1593	0.0973	-0.1201	53.1954	-20.0632	39.5245
7	0.8952	-0.2648	0.6397	1.2911	-0.8655	1.7208	0.1996	0.0538	-0.1706	-0.1928	-0.007	0.2001	0.425	0.0755	-0.1926	-0.0411	0.0395	-0.0861	-0.1089	-0.0058	-0.1033	11.0371	-21.2856	19.6001
8	0.0568	-0.1876	-0.2268	0	1.4834	-0.0567	0.003	0.0263	0.0019	0.0104	0.0354	0.02	-0.0163	-0.0014	-0.0384	0.0464	-0.0431	0.0642	0.0363	-0.1057	-0.0026	19.5204	16.3244	26.5355
9	0.7581	0.2651	0.0901	0.6135	0.0347	1.2132	-0.0413	0.0582	-0.0539	-0.0294	0.0512	-0.0448	0.0173	0.0668	-0.0099	-0.0919	0.0282	0.0005	-0.0536	0.0021	-0.0289	4.332	-3.7059	-2.6249
10	-0.2154	0.382	0.7644	1.4852	1.1703	1.7683	-0.0349	0.063	0.0922	0.1335	-0.0097	0.0558	0.0062	-0.0832	0.0446	-0.0354	0.0331	0.0096	0.0111	0.0021	0.0186	-15.8089	-4.5526	8.4221
11	0.8128	-0.3689	-0.3279	0.0096	-0.5387	-0.0932	-0.0335	-0.0854	0.0482	0.0184	0.056	-0.0149	0.1495	-0.0373	-0.0225	-0.0881	-0.1152	-0.1102	0.0571	0.1389	0.0062	-6.8672	-28.6992	32.2435
12	1.043	-0.1385	0.1936	0.6283	0.0334	1.1595	0.0489	0.0738	-0.078	-0.0785	-0.0077	0.0425	0.0517	0.0385	-0.0412	-0.0296	0.0083	-0.0307	-0.0959	0.0134	-0.0466	32.6978	-28.3757	51.4787
13	0.4853	0.8151	0.3003	0.664	-0.0683	0.0759	-0.0027	-0.016	-0.0452	-0.0068	0.0001	0.0147	-0.0043	0.0025	0.0026	0.0837	0.0134	0.0926	-0.1424	0.0806	0.167	10.029	-0.4794	67.6362
14	0.7595	0.1026	0.3401	0.5257	-0.0355	0.64	0.0241	-0.0463	-0.0331	0.13	-0.0252	-0.0073	-0.0215	-0.0436	0.0012	-0.0155	-0.0111	-0.009	-0.0791	0.0018	-0.047	36.2061	-28.1011	80.1912
15	1.5744	-1.133	-0.7764	4.4036	1.6595	3.1866	0.0543	0.0671	0.1025	-0.1534	0.0342	-0.1478	-0.1968	-0.1028	-0.0885	-0.0408	-0.0391	-0.0378	-0.0502	0.0427	0.025	53.5445	-14.7297	73.5904
16	0.1367	-0.7866	-0.3095	0.3208	-0.1305	0.7324	0.0028	0.0209	0.1142	0.0529	-0.0159	-0.0326	0.0742	0.0102	0.0131	-0.1292	-0.039	-0.0337	0.0835	0.1205	-0.0041	11.1478	34.9519	25.1392
17	1.7513	-0.1125	0.3245	0.4557	-0.2714	1.1848	-0.0633	-0.2459	0.2347	0.0469	-0.0135	-0.0151	-0.1215	-0.0447	0.0768	-0.0751	0.0081	-0.0178	-0.0697	-0.0427	-0.068	24.9257	23.4515	65.1857
18	-0.0134	-0.0482	0.0535	0.6247	0.9639	0.0134	0.0012	-0.0186	-0.0122	-0.0218	0.0005	0.0039	-0.0163	-0.0263	-0.0017	0.1035	-0.0184	-0.0573	-0.1005	-0.1269	0.0941	39.4666	-3.2995	40.015
19	0.5494	0.0569	0.5725	0.5036	0.4043	3.0648	-0.0761	0.0603	0.0067	0.0083	0.0123	-0.0177	-0.2373	0.5558	0.0639	-0.1043	-0.0308	-0.0052	-0.018	0.043	-0.1236	52.1191	15.865	71.0032
20	-0.3837	1.3927	1.4565	1.9353	1.1882	1.6116	0.0104	-0.0051	-0.1176	0.018	-0.0852	0.0338	0.0199	0.0137	0.0748	0.0345	-0.0206	-0.0309	-0.0559	0.0366	-0.0027	41.5719	0.8359	85.0764

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESSEQ 36- 58)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESSEQ 59-256, 586-629)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESSEQ 257-268)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESSEQ 269-394, 425-585)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESSEQ 395-424)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN B AND RESSEQ 36-58)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN B AND RESSEQ 59-256, 586-629)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN B AND RESSEQ 257-268)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN B AND RESSEQ 269-394, 425-585)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN B AND RESSEQ 395-424)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN C AND RESSEQ 40-58)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN C AND RESSEQ 59-256, 586-629)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(CHAIN C AND RESSEQ 257-268)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN C AND RESSEQ 269-394,425-585)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(CHAIN C AND RESSEQ 395-424)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(CHAIN D AND RESSEQ 40-58)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(CHAIN D AND RESSEQ 59-256,586-629)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(CHAIN D AND RESSEQ 257-268)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(CHAIN D AND RESSEQ 269-394, 425-585)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(CHAIN D AND RESSEQ 395-424)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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