PDB-4a4z: CRYSTAL STRUCTURE OF THE S. CEREVISIAE DEXH HELICASE SKI2 BOUND T...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4a4z

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF THE S. CEREVISIAE DEXH HELICASE SKI2 BOUND TO AMPPNP

要素

ANTIVIRAL HELICASE SKI2

キーワード

HYDROLASE / ATPASE / MRNA DEGRADATION / EXOSOME

機能・相同性

機能・相同性情報

mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / Ski complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, non-stop decay / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, 3'-5' exonucleolytic nonsense-mediated decay / mRNA catabolic process / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / regulation of translation / defense response to virus / RNA helicase activity / RNA helicase ...
類似検索 - 分子機能

生物種

SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Halbach, F. / Rode, M. / Conti, E.

引用

ジャーナル: RNA / 年: 2012
タイトル: The Crystal Structure of S. Cerevisiae Ski2, a Dexh Helicase Associated with the Cytoplasmic Functions of the Exosome.
著者: Halbach, F. / Rode, M. / Conti, E.

履歴

登録	2011年10月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年12月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年12月28日	Group: Other
改定 1.2	2019年4月3日	Group: Data collection / Other / Source and taxonomy カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_proc / pdbx_database_status Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.3	2019年11月6日	Group: Data collection / Other / Refinement description / カテゴリ: pdbx_database_status / software / Item: _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.4	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 650

HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4a4z.cif.gz	352.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4a4z.ent.gz	281.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4a4z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4a4z_validation.pdf.gz	759.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4a4z_full_validation.pdf.gz	772.4 KB	表示
XML形式データ	4a4z_validation.xml.gz	32.7 KB	表示
CIF形式データ	4a4z_validation.cif.gz	45.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a4/4a4z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a4/4a4z	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4a4kC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5e02-d 30393 1gm5-d 0903 5ajk-d 5zqk-1 6kr2-2 6ar3-d 4nu9-d 2ax0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#86 - 2007年2月エキソソーム (Exosomes) 類似性 (1) #108 - 2008年12月 Hsp90 (Hsp90) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #182 - 2015年2月インスリン受容体 (Insulin receptor) 類似性 (1) #214 - 2017年10月キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors) 類似性 (1) #238 - 2019年10月リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #73 - 2006年1月トポイソメラーゼ (Topoisomerase) 類似性 (1) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#86 - 2007年2月
エキソソーム (Exosomes)
類似性 (1)
#108 - 2008年12月
Hsp90 (Hsp90)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#182 - 2015年2月
インスリン受容体 (Insulin receptor)
類似性 (1)
#214 - 2017年10月
キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors)
類似性 (1)
#238 - 2019年10月
リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase)
類似性 (1)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)
#50 - 2004年2月
解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#73 - 2006年1月
トポイソメラーゼ (Topoisomerase)
類似性 (1)
#80 - 2006年8月
AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: ANTIVIRAL HELICASE SKI2

ヘテロ分子

115 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.794, 118.551, 129.470
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	ANTIVIRAL HELICASE SKI2 / SKI2 / SUPERKILLER PROTEIN 2 分子量: 113943.875 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 296-1287 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P35207, RNA helicase
#2: 化合物	ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP 分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₆O₁₂P₃ コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.2 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7 詳細: 3% (W/V) PEG3350, 0.1M HEPES PH 7.0, 5% (V/V) ETHYLENE GLYCOL

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.988
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2009年11月24日
放射	プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.988 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→119 Å / Num. obs: 50510 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 3.1 / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 17
反射シェル	解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 5.6 % / R_merge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE: 1.7.1_743)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHENIX		位相決定
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.4→39.43 Å / SU ML: 0.76 / σ(F): 0 / 位相誤差: 27.08 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2754	2563	5.1 %
R_work	0.2384	-	-
obs	0.2402	50434	99.79 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.89 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 46.08 Å² / k_sol: 0.375 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	24.0113 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.8373 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.0356 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→39.43 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6503	0	47	133	6683

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	6665
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.635	9059
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.872	2340
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.038	1070
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	1160

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4-2.4462	0.3624	136	0.3025	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4462-2.4961	0.3084	126	0.2962	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4961-2.5504	0.3286	126	0.2806	2629	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5504-2.6097	0.3151	150	0.2761	2607	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6097-2.6749	0.3084	151	0.2648	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6749-2.7472	0.3183	147	0.2715	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7472-2.828	0.304	148	0.2477	2614	X-RAY DIFFRACTION	100
2.828-2.9193	0.2873	151	0.2491	2612	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9193-3.0236	0.3165	149	0.2578	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0236-3.1446	0.3322	142	0.2612	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1446-3.2877	0.3309	143	0.2573	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2877-3.4609	0.2685	146	0.2527	2635	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4609-3.6776	0.2874	150	0.2542	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6776-3.9613	0.2667	136	0.2263	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9613-4.3595	0.2127	141	0.1986	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3595-4.9892	0.2197	129	0.1905	2716	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9892-6.2818	0.2897	145	0.2654	2721	X-RAY DIFFRACTION	100
6.2818-39.4358	0.2581	147	0.225	2812	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9659	1.4779	-0.0607	4.213	0.0328	3.4831	-0.1123	-0.2461	0.2346	-0.2681	0.1962	0.8202	-0.5401	-0.6312	-0.1139	0.4098	0.1842	-0.1118	0.4228	0.1008	0.5738	55.3271	13.6043	36.9404
2	2.1965	2.1444	-0.7355	4.5026	-1.5096	2.6752	-0.3104	0.0782	0.0328	-0.506	0.2377	-0.1747	0.0282	0.0458	0.0326	0.1835	-0.0705	0.0396	0.2037	0.015	0.161	78.64	13.8146	56.6543
3	1.1352	0.7413	-0.1148	2.6537	0.6247	1.5341	-0.2127	0.1347	0.2695	-0.3175	0.1839	0.1662	-0.7141	0.1038	0.0425	0.5044	0.0165	-0.0863	0.3781	0.0199	0.3377	62.7096	-0.819	22.4752
4	5.9751	0.223	-0.8091	2.0272	0.3001	0.1644	-0.0848	1.0822	0.308	-0.2668	0.0466	-0.6528	-0.1386	0.1343	-0.0193	0.1107	-0.0612	-0.0708	1.4419	0.1929	0.8973	78.2214	15.7859	0.6607
5	1.8251	0.0024	-0.4835	1.4904	-0.0674	0.7635	-0.4017	0.7045	-0.1658	0.3221	0.1909	-0.2727	-0.1692	-0.4519	-0.1917	0.555	0.6447	0.6855	1.0899	0.3777	1.2783	113.4375	13.0848	11.3395
6	4.3115	0.4902	0.4908	2.9068	0.9204	0.3185	-0.1749	0.3563	-0.418	-0.4112	-0.1573	-0.1264	0.5023	0.1218	0.2744	0.6334	0.1209	0.0407	2.1731	0.1613	0.59	86.6142	10.7584	2.4502
7	1.2645	0.5395	1.1054	2.0203	1.6361	5.5156	0.3388	0.0186	-0.2195	0.221	0.0342	-0.1445	0.6835	0.0539	-0.2336	0.195	-0.0049	-0.013	0.1512	0.0299	0.2494	67.7261	-18.2667	41.9381
8	0.0832	-0.1109	-0.0142	0.1523	0.0229	0.0055	-0.0684	-0.0609	0.0072	0.0501	-0.0684	0.0884	0.0035	0.0502	-0.0709	1.1718	0.3333	0.1922	0.6685	-0.0392	1.0418	62.3079	21.9019	47.4398

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 299:503)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 504:797)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 798:840)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 841:856)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 869:1049)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN A AND RESID 1063:1078)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN A AND RESID 1087:1287)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN A AND RESID 2288)

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)