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- PDB-4a4k: Crystal structure of the S. cerevisiae Ski2 insertion domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4a4k
タイトルCrystal structure of the S. cerevisiae Ski2 insertion domain
要素ANTIVIRAL HELICASE SKI2
キーワードHYDROLASE / DEXH HELICASE / RNA DEGRADATION / EXOSOME
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / Ski complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, 3'-5' exonucleolytic nonsense-mediated decay / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, non-stop decay / mRNA catabolic process / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / regulation of translation / defense response to virus / RNA helicase activity / RNA helicase ...mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / Ski complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, 3'-5' exonucleolytic nonsense-mediated decay / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, non-stop decay / mRNA catabolic process / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / regulation of translation / defense response to virus / RNA helicase activity / RNA helicase / mRNA binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
SH3 type barrels. - #1160 / YheA-like fold - #20 / YheA-like fold / : / Ski2, beta-barrel domain / Ski2, N-terminal domain / Ski2 N-terminal region / ATP-dependent RNA helicase Ski2, C-terminal / ATP-dependent RNA helicase Ski2-like / : ...SH3 type barrels. - #1160 / YheA-like fold - #20 / YheA-like fold / : / Ski2, beta-barrel domain / Ski2, N-terminal domain / Ski2 N-terminal region / ATP-dependent RNA helicase Ski2, C-terminal / ATP-dependent RNA helicase Ski2-like / : / DSHCT (NUC185) domain / Exosome RNA helicase MTR4-like, stalk / DSHCT / : / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / SH3 type barrels. / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Roll / Up-down Bundle / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Antiviral helicase SKI2
類似検索 - 構成要素
生物種SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.25 Å
データ登録者Halbach, F. / Rode, M. / Conti, E.
引用ジャーナル: RNA / 年: 2012
タイトル: The Crystal Structure of S. Cerevisiae Ski2, a Dexh Helicase Associated with the Cytoplasmic Functions of the Exosome.
著者: Halbach, F. / Rode, M. / Conti, E.
履歴
登録2011年10月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年12月28日Group: Other
改定 1.22019年11月6日Group: Data collection / Other / Refinement description / カテゴリ: pdbx_database_status / software / Item: _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ANTIVIRAL HELICASE SKI2
C: ANTIVIRAL HELICASE SKI2
E: ANTIVIRAL HELICASE SKI2
G: ANTIVIRAL HELICASE SKI2
I: ANTIVIRAL HELICASE SKI2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,87610
ポリマ－148,5495
非ポリマー3275
水00
1
A: ANTIVIRAL HELICASE SKI2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7752
ポリマ－29,7101
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
C: ANTIVIRAL HELICASE SKI2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7752
ポリマ－29,7101
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
E: ANTIVIRAL HELICASE SKI2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7752
ポリマ－29,7101
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
G: ANTIVIRAL HELICASE SKI2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7752
ポリマ－29,7101
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
I: ANTIVIRAL HELICASE SKI2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7752
ポリマ－29,7101
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)230.463, 123.139, 153.201
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 131.05, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
51

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111CHAIN A AND (RESSEQ 838:1080 )
211CHAIN C AND (RESSEQ 838:1080 )
311CHAIN E AND (RESSEQ 838:1080 )
411CHAIN E AND (RESSEQ 838:1080 )
511CHAIN I AND (RESSEQ 838:1080 )

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.0133, 0.3863, 0.9223), (0.3772, -0.8561, 0.3531), (0.926, 0.3432, -0.1571)-57.2039, -21.5246, 72.1635
2given(-0.5868, 0.704, 0.4001), (0.7103, 0.2104, 0.6717), (0.3887, 0.6784, -0.6235)-74.5246, -9.8816, 97.6431
3given(0.6433, -0.6925, -0.3266), (0.6983, 0.3557, 0.6211), (-0.3139, -0.6276, 0.7124)-28.6697, -6.5261, 15.3845
4given(-0.0165, -0.4606, 0.8874), (-0.4666, -0.7814, -0.4143), (0.8843, -0.4209, -0.202)-46.4232, -20.792, 40.687

-
要素

#1: タンパク質
ANTIVIRAL HELICASE SKI2 / SKI2 / SUPERKILLER PROTEIN 2


分子量: 29709.832 Da / 分子数: 5 / 断片: RESIDUES 835-1085 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): GOLD PLYSS / 参照: UniProt: P35207, RNA helicase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 5.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.3 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5 / 詳細: 3.5 M SODIUM FORMATE, 0.1 M MES PH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.999
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.25→96 Å / Num. obs: 50807 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 98.25 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 3.25→3.43 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 3.25→57.159 Å / SU ML: 0.94 / σ(F): 0 / 位相誤差: 27.41 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2565 2577 5.1 %
Rwork0.2359 --
obs0.237 50773 99.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 89.779 Å2 / ksol: 0.343 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 113 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.4347 Å20 Å2-22.0356 Å2
2--4.3694 Å20 Å2
3----0.7124 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.25→57.159 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9084 0 5 0 9089
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0019272
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.35412666
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.2333205
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0241513
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021658
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A9104X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12C9104X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.19
13E3856X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.34
14E9104X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.15
15I9104X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.15
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.25-3.31250.38191410.36272663X-RAY DIFFRACTION99
3.3125-3.38010.35511360.33862688X-RAY DIFFRACTION100
3.3801-3.45360.33871380.31772679X-RAY DIFFRACTION100
3.4536-3.53390.34361380.31442690X-RAY DIFFRACTION100
3.5339-3.62230.29671350.29342681X-RAY DIFFRACTION100
3.6223-3.72020.33161450.27982663X-RAY DIFFRACTION100
3.7202-3.82970.29681430.27062676X-RAY DIFFRACTION100
3.8297-3.95330.27461420.27932679X-RAY DIFFRACTION100
3.9533-4.09450.2631410.23662690X-RAY DIFFRACTION100
4.0945-4.25840.23441540.2192672X-RAY DIFFRACTION100
4.2584-4.45210.20811420.19342655X-RAY DIFFRACTION100
4.4521-4.68680.22831380.19282687X-RAY DIFFRACTION100
4.6868-4.98020.22251530.1972670X-RAY DIFFRACTION100
4.9802-5.36450.2581540.22452666X-RAY DIFFRACTION100
5.3645-5.90390.26791510.25452697X-RAY DIFFRACTION100
5.9039-6.7570.2861490.26932665X-RAY DIFFRACTION99
6.757-8.50860.23911350.20562696X-RAY DIFFRACTION99
8.5086-57.16820.20891420.19822679X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.3376-0.9991-1.79992.33341.47311.6473-0.032-0.4547-0.3340.07120.00180.20240.4988-0.0277-0.08370.5283-0.0166-0.05950.68970.09160.5408-19.0098-13.659163.7978
21.97211.94981.30633.17981.89213.194-0.0241-0.16620.06480.255-0.1074-0.3030.24490.1840.09870.616-0.0663-0.06851.00950.08740.6903-25.02254.516582.0649
33.6076-0.10810.09541.41120.61612.634-0.0953-0.1913-0.18020.6033-0.1508-0.00330.8781-0.31030.09150.74780.03580.07610.69680.15680.5807-27.3726-12.06671.4745
41.8713-0.6723-0.96642.65621.03342.9338-0.0483-0.2245-0.0713-0.5354-0.09110.6311-0.49960.60730.15450.5758-0.0007-0.1480.5538-0.00080.62-5.72257.974841.5577
51.65760.24831.35144.55961.16812.67810.0440.01540.11950.33050.2585-0.66720.08320.3513-0.24640.6592-0.0351-0.02750.7289-0.15070.572718.1943-6.485836.5496
61.85020.6198-0.16552.45410.21391.5694-0.23140.46930.6051-0.97490.10080.1739-0.47720.0094-0.06990.7243-0.10430.16030.5495-0.10090.41814.10143.473331.1564
74.6086-1.41290.69420.64910.18710.70550.57660.78161.1439-0.2235-0.253-0.3505-0.0387-0.36140.01630.67130.0748-0.03090.8630.25310.9716-39.76316.079139.4695
83.2583-1.35060.44841.87441.64172.6036-0.46630.51562.2695-0.46760.4207-0.0448-0.8553-0.2154-0.07671.02320.04110.06830.88570.37412.0366-26.553628.500739.3577
93.8398-0.7481-1.53931.85750.40521.0526-0.41241.19970.7222-0.87840.31910.3705-0.1207-0.709-0.04210.55310.1664-0.11521.20390.32170.6871-39.203115.459233.5798
106.65244.165-1.16617.9968-1.54925.7253-0.76370.2614-0.064-0.65160.4071-0.53330.8770.8059-0.19851.04650.0008-0.18550.64450.04060.4726-2.905-39.0316.3353
111.2141-0.89640.70391.6259-1.24232.66340.04810.1522-0.3513-0.0320.07510.00750.6742-0.4097-0.10420.6428-0.02470.07150.6810.04580.7931-13.1875-40.553649.5221
122.4185-0.8605-1.66333.25531.44064.66460.15650.55-0.6967-0.39260.05970.69350.895-1.2214-0.34460.7039-0.086-0.01430.7293-0.06610.6819-20.6388-37.572734.9457
132.5067-0.05080.36481.18230.09683.4321-0.4684-0.48480.284-0.1263-0.07440.0049-0.19750.82940.44640.7030.058-0.0840.6214-0.00520.623917.27-27.555420.3444
142.1939-0.5890.77863.8483-0.61674.06990.23050.0638-0.1694-0.122-0.071-0.15560.68720.584-0.09320.79890.1111-0.07140.82580.11920.616524.2447-44.5701-0.6997
151.0121-0.07550.08410.5789-1.54714.9525-0.22690.34750.32880.373-0.0122-0.5432-0.43460.30630.34490.5999-0.0703-0.15480.7013-0.00340.476822.1836-27.211311.8606
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 837:888)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 889:1016)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 1017:1082)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN C AND RESID 837:880)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN C AND RESID 881:1014)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN C AND RESID 1015:1082)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN E AND RESID 838:907)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN E AND RESID 908:1014)
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN E AND RESID 1015:1081)
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN G AND RESID 837:857)
11X-RAY DIFFRACTION11(CHAIN G AND RESID 858:1020)
12X-RAY DIFFRACTION12(CHAIN G AND RESID 1021:1082)
13X-RAY DIFFRACTION13(CHAIN I AND RESID 838:880)
14X-RAY DIFFRACTION14(CHAIN I AND RESID 881:1033)
15X-RAY DIFFRACTION15(CHAIN I AND RESID 1034:1082)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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