PDB-4a4f: Solution structure of SPF30 Tudor domain in complex with symmetri...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4a4f

タイトル

Solution structure of SPF30 Tudor domain in complex with symmetrically dimethylated arginine

要素

SURVIVAL OF MOTOR NEURON-RELATED-SPLICING FACTOR 30

キーワード

RNA BINDING PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA splicing, via transesterification reactions / Cajal body / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / mRNA processing / nuclear speck / apoptotic process / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Tripsianes, K. / Madl, T. / Machyna, M. / Fessas, D. / Englbrecht, C. / Fischer, U. / Neugebauer, K.M. / Sattler, M.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Structural Basis for Dimethyl-Arginine Recognition by the Tudor Domains of Human Smn and Spf30 Proteins
著者: Tripsianes, K. / Madl, T. / Machyna, M. / Fessas, D. / Englbrecht, C. / Fischer, U. / Neugebauer, K.M. / Sattler, M.

履歴

登録	2011年10月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年11月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年12月14日	Group: Database references
改定 1.2	2011年12月28日	Group: Other
改定 2.0	2018年4月11日	Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations カテゴリ: atom_site / pdbx_nonpoly_scheme ...atom_site / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_sheet_hbond / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range / struct_site Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id / _struct_sheet.id / _struct_sheet_order.sheet_id / _struct_sheet_range.sheet_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.1	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_spectrometer.model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4a4f.cif.gz	375.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4a4f.ent.gz	313.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4a4f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4a4f_validation.pdf.gz	415.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4a4f_full_validation.pdf.gz	504.3 KB	表示
XML形式データ	4a4f_validation.xml.gz	20.7 KB	表示
CIF形式データ	4a4f_validation.cif.gz	36.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a4/4a4f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a4/4a4f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4a4eC 4a4gC 4a4hC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6wxk-4 6csl-d 5ix9-d 2k85-d 3nkj-d 1n0z-d 6if4-2 2m2p-d 3a03-d 1oks-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 18006

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1) #65 - 2005年5月自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: SURVIVAL OF MOTOR NEURON-RELATED-SPLICING FACTOR 30

ヘテロ分子

7.14 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 200	LOWEST ENERGY
代表モデル	モデル #1

#1: タンパク質	SURVIVAL OF MOTOR NEURON-RELATED-SPLICING FACTOR 30 / SPF30 / KDA SPLICING FACTOR SMNRP / SMN-RELATED PROTEIN / SURVIVAL MOTOR NEURON DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 1 分子量: 6935.511 Da / 分子数: 1 / 断片: TUDOR DOMAIN, RESIDUES 65-128 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: O75940
#2: 化合物	ChemComp-2MR / N3, N4-DIMETHYLARGININE / SDMA タイプ: L-peptide linking / 分子量: 202.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₄O₂

#1: タンパク質

SURVIVAL OF MOTOR NEURON-RELATED-SPLICING FACTOR 30 / SPF30 / KDA SPLICING FACTOR SMNRP / SMN-RELATED PROTEIN / SURVIVAL MOTOR NEURON DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 1

分子量: 6935.511 Da / 分子数: 1 / 断片: TUDOR DOMAIN, RESIDUES 65-128 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: O75940

#2: 化合物

ChemComp-2MR / N3, N4-DIMETHYLARGININE / SDMA

タイプ: L-peptide linking / 分子量: 202.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₄O₂

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	15N-EDITED 3D NOESY
2	2	1	F1 15N/13C FILTERED
2	3	1	15N- EDITED 3D NOESY
3	4	1	13C- EDITED 3D NOESY (ALIPHATICS)
4	5	1	F1 15N/13C FILTERED
4	6	1	13C-EDITED 3D NOESY (ALIPHATICS)
5	7	1	13C- EDITED 3D NOESY (AROMATICS)
6	8	1	F1 15N/13C FILTERED
6	9	1	13C-EDITED 3D NOESY (AROMATICS)

NMR実験の詳細

Text: NONE

-
試料調製

詳細

内容: 93% WATER/7% D2O

試料状態

Conditions-ID	イオン強度	pH	圧 (kPa)	温度 (K)
1	50 mM	6.5	1.0 atm	298.0 K
2	50 mM	6.5	1.0 atm	298.0 K
3	50 mM	6.5	1.0 atm	298.0 K
4	50 mM	6.5	1.0 atm	298.0 K
5	50 mM	6.5	1.0 atm	298.0 K
6	50 mM	6.5	1.0 atm	298.0 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 750 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
CNS	BRUNGER,ADAMS,CLORE,DELANO,GROS,GROSSE- KUNSTLEVE,JIANG,KUSZEWSKI,NILGES,PANNU,READ, RICE,SIMONSON,WARREN	精密化
TALOS		構造決定
CYANA		構造決定
CNS		構造決定

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: THE SET OF NOE DISTANCE RESTRAINTS DERIVED FROM CYANA, TOGETHER WITH PHI AND PSI BACKBONE DIHEDRAL ANGLE RESTRAINTS DERIVED FROM TALOS BASED ON THE CHEMICAL SHIFTS WERE USED FOR WATER REFINEMENT USING CNS.

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: LOWEST ENERGY / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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