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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4a3x | |||||||||
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タイトル | Structure of the N-terminal domain of the Epa1 adhesin (Epa1-Np) from the pathogenic yeast Candida glabrata, in complex with calcium and lactose | |||||||||
要素 | EPA1P | |||||||||
キーワード | CELL ADHESION | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | CANDIDA GLABRATA (菌類) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å | |||||||||
データ登録者 | Ielasi, F.S. / Decanniere, K. / Willaert, R.G. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012 タイトル: The Epithelial Adhesin 1 (Epa1P) from the Human-Pathogenic Yeast Candida Glabrata : Structural and Functional Study of the Carbohydrate-Binding Domain 著者: Ielasi, F.S. / Decanniere, K. / Willaert, R.G. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4a3x.cif.gz | 65.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4a3x.ent.gz | 45.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4a3x.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a3/4a3x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a3/4a3x | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 2xjpS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25705.645 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 40-266 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) CANDIDA GLABRATA (菌類) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / Variant (発現宿主): ORIGAMI 2 / 参照: UniProt: Q6VBJ0 | ||
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#2: 多糖 | beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-lactose | ||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.32 % |
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結晶化 | pH: 7.4 詳細: 50 MM TRIS-HCL, 200 MM NACL, 10 MM CACL2, 20 MM LACTOSE, 100 MM HEPES PH 7.5, 22.5% PEG8000. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.65→42 Å / Num. obs: 33625 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 22.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 20 |
反射 シェル | 解像度: 1.65→1.69 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 87.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2XJP 解像度: 1.65→42.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 1.505 / SU ML: 0.052 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.082 / ESU R Free: 0.087 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY. 6 ONLY GAL RING FROM LACTOSE LIGAND MODELED IN THE ELECTRON DENSITY.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.666 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.65→42.02 Å
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拘束条件 |
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