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- PDB-4a3h: 2',4' DINITROPHENYL-2-DEOXY-2-FLURO-B-D-CELLOBIOSIDE COMPLEX OF T... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4a3h
タイトル2',4' DINITROPHENYL-2-DEOXY-2-FLURO-B-D-CELLOBIOSIDE COMPLEX OF THE ENDOGLUCANASE CEL5A FROM BACILLUS AGARADHAERENS AT 1.6 A RESOLUTION
要素PROTEIN (ENDOGLUCANASE)
キーワードHYDROLASE / CELLULOSE DEGRADATION / ENDOGLUCANASE / GLYCOSIDE HYDROLASE FAMILY 5 / MICHAELIS COMPLEX. SKEW-BOAT / DISTORTION
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulase / cellulase activity / cellulose catabolic process / carbohydrate binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Carbohydrate-binding module family 5/12 / Chitin-binding domain type 3 / Carbohydrate-binding module family 5/12 / Carbohydrate-binding module superfamily 5/12 / Glycoside hydrolase, family 5, conserved site / Glycosyl hydrolases family 5 signature. / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily ...Carbohydrate-binding module family 5/12 / Chitin-binding domain type 3 / Carbohydrate-binding module family 5/12 / Carbohydrate-binding module superfamily 5/12 / Glycoside hydrolase, family 5, conserved site / Glycosyl hydrolases family 5 signature. / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DCB / Endoglucanase 5A / Endoglucanase B
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus agaradhaerens (バクテリア)
手法X線回折 / ISOMORPHOUS WITH NATIVE STRUCTURE / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Davies, G.J. / Brzozowski, A.M. / Andersen, K. / Schulein, M. / Mackenzie, L. / Withers, S.G.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: Snapshots along an enzymatic reaction coordinate: analysis of a retaining beta-glycoside hydrolase.
著者: Davies, G.J. / Mackenzie, L. / Varrot, A. / Dauter, M. / Brzozowski, A.M. / Schulein, M. / Withers, S.G.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: Structure of the Bacillus Agaradherans Family 5 Endoglucanase at 1.6 A and its Cellobiose Complex at 2.0 A Resolution
著者: Davies, G.J. / Dauter, M. / Brzozowski, A.M. / Bjornvad, M.E. / Andersen, K.V. / Schulein, M.
履歴
登録1998年7月22日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年7月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (ENDOGLUCANASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5082
ポリマ－33,9981
非ポリマー5101
水7,512417
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.710, 69.570, 77.040
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (ENDOGLUCANASE) / E.C.3.2.1.4 HYDROLASE / CELLULASE


分子量: 33998.023 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC CORE DOMAIN ONLY / 由来タイプ: 組換発現
詳細: THIS IS A COMPLEX WITH 2,4-DINITROPHENYL, 2-FLUOROCELLOBIOSEOUND IN THE -1, -2 AND +1 SITES OF THE ENZYME
由来: (組換発現) Bacillus agaradhaerens (バクテリア)
株: AC13 (NCIMB 40482) / プラスミド: THERMAMYL-AMYLASE PROMOTER SYSTEM / 発現宿主: Bacillus subtilis (枯草菌) / 株 (発現宿主): PL2306 / 参照: UniProt: P06565, UniProt: O85465*PLUS, cellulase
#2: 化合物 ChemComp-DCB / 2,4-DINITROPHENYL-2-DEOXY-2-FLUORO-BETA-D-CELLOBIOSIDE / 2',4'-DINITROPHENYL-2DEOXY-2-FLURO-B-D-CELLOBIOSIDE


分子量: 510.379 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H23FN2O14
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 417 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細CEL5A IS A MEMBER OF GLYCOSIDE HYDROLASE FAMILY 5 THIS IS ONE OF THE GH-A CLAN MEMBERS
非ポリマーの詳細HET ID DCB THE CELLOBIOSE MOEITY IS BOUND IN THE -2 AND -1 SUBSITES WITH THE UNHYDROLYSED DNP GROUP IN +1.
配列の詳細REFERENCE: SEQUENCE NOT DEPOSITED.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.94 %
結晶化pH: 5.5
詳細: PROTEIN (20MGML-1) WAS CRYSTALLISED FROM 1.0M AMMONIUM SULPHATE AS BOTH BUFFER AND PRECIPITANT AT PH 4.5 IN THE PRESENCE OF 15% (W/V) GLYCEROL, pH 5.5 THIS STRUCTURE WAS OBTAINED BY SOAKING ...詳細: PROTEIN (20MGML-1) WAS CRYSTALLISED FROM 1.0M AMMONIUM SULPHATE AS BOTH BUFFER AND PRECIPITANT AT PH 4.5 IN THE PRESENCE OF 15% (W/V) GLYCEROL, pH 5.5 THIS STRUCTURE WAS OBTAINED BY SOAKING THE CRYSTALS IN 10MM 2",4" DINITROPHENYL-2-DEOXY-2-FLUORO-B-D-CELLOBIOSIDE FOR 12 H PRIOR TO DATA COLLECTION.
結晶化
*PLUS
pH: 4.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Davies, G.J., (1998) Biochemistry, 37, 1926.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
10.8-1.2 Mammonium sulfate1reservoir
215 %(v/v)glycerol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年5月15日 / 詳細: LONG FOCUSSING MIRRORS (MSC)
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→20 Å / Num. obs: 35964 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 14.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rsym value: 0.046 / Net I/σ(I): 22.6
反射 シェル解像度: 1.65→1.71 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.176 / Mean I/σ(I) obs: 13.4 / Rsym value: 0.176 / % possible all: 99.9
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.8 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
CCP4モデル構築
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: ISOMORPHOUS WITH NATIVE STRUCTURE / 解像度: 1.65→15 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.172 1832 5 %RANDOM
Rwork0.142 ---
obs-35910 99.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 15.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2377 0 35 417 2829
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.010.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0260.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0310.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.63
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.15
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it3.14
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it4.56
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0120.04
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.130.11
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1740.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2450.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.1690.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor4.57
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor13.215
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor29.220
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 15 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.14
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 15.8 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal targetDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.11
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.6
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it3.1
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.1
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it4.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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