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万見
- PDB-4a39: Metallo-carboxypeptidase from Pseudomonas Aeruginosa in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4a39
タイトルMetallo-carboxypeptidase from Pseudomonas Aeruginosa in complex with (2-guanidinoethylmercapto)succinic acid
要素METALLO-CARBOXYPEPTIDASE
キーワードHYDROLASE / METALLO-PEPTIDASE
機能・相同性
機能・相同性情報


metallocarboxypeptidase activity / proteolysis / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #3120 / Cytosolic carboxypeptidase, N-terminal / Cytosolic carboxypeptidase N-terminal domain / Peptidase M14, carboxypeptidase A / Zinc carboxypeptidase / Zn peptidases / Aminopeptidase / Immunoglobulin-like / Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich ...Immunoglobulin-like - #3120 / Cytosolic carboxypeptidase, N-terminal / Cytosolic carboxypeptidase N-terminal domain / Peptidase M14, carboxypeptidase A / Zinc carboxypeptidase / Zn peptidases / Aminopeptidase / Immunoglobulin-like / Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(2-GUANIDINOETHYLMERCAPTO)SUCCINIC ACID / Peptidase M14 carboxypeptidase A domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Otero, A. / Rodriguez de la Vega, M. / Tanco, S.M. / Lorenzo, J. / Aviles, F.X. / Reverter, D.
引用ジャーナル: Faseb J. / 年: 2012
タイトル: The Novel Structure of a Cytosolic M14 Metallocarboxypeptidase (Ccp) from Pseudomonas Aeruginosa: A Model for Mammalian Ccps.
著者: Otero, A. / Rodriguez De La Vega, M. / Tanco, S.M. / Lorenzo, J. / Aviles, F.X. / Reverter, D.
履歴
登録2011年9月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年5月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月15日Group: Database references
改定 1.22012年9月19日Group: Database references
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: METALLO-CARBOXYPEPTIDASE
B: METALLO-CARBOXYPEPTIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,2635
ポリマ－88,8972
非ポリマー3663
水4,990277
1
A: METALLO-CARBOXYPEPTIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7493
ポリマ－44,4491
非ポリマー3012
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: METALLO-CARBOXYPEPTIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,5142
ポリマ－44,4491
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.210, 83.730, 105.570
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.77, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 METALLO-CARBOXYPEPTIDASE


分子量: 44448.602 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9I012
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-GEM / (2-GUANIDINOETHYLMERCAPTO)SUCCINIC ACID / 2-GUANIDINOETHYLTHIO)SUCCINIC ACID / GUANIDINOETHYL MERCAPTOSUCCINIC ACID / GEMSA


分子量: 235.261 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H13N3O4S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 277 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.89 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→44.09 Å / Num. obs: 98549 / % possible obs: 88.4 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 11.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル解像度: 1.5→1.58 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.23 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 72.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.2精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→44.09 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 1664530.4 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.228 4248 5 %RANDOM
Rwork0.211 ---
obs0.211 84517 91.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 35.8122 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 10.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.53 Å20 Å21.46 Å2
2---0.63 Å20 Å2
3----0.9 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.21 Å0.19 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.1 Å0.01 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→44.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6060 0 17 277 6354
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.51
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: NONE
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.261 745 5.3 %
Rwork0.223 13353 -
obs--91.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION5LIGAND.PARAMLIGAND.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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