[日本語] English
万見
- PDB-4a2u: CRP(CAP) from Myco. Tuberculosis, with cAMP -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4a2u
タイトルCRP(CAP) from Myco. Tuberculosis, with cAMP
要素PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN (PROBABLY CRP/ FNR-FAMILY)
キーワードTRANSCRIPTION / CYCLIC AMP RECEPTOR / TRANSCRIPTION REGULATION / CATABOLITE GENE ACTIVATOR PROTEIN / ALLOSTERY / DNA-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


cell wall / cAMP binding / peptidoglycan-based cell wall / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / helix_turn_helix, cAMP Regulatory protein / Crp-like helix-turn-helix domain / Crp-type HTH domain profile. / Crp-type HTH domain / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily ...: / helix_turn_helix, cAMP Regulatory protein / Crp-like helix-turn-helix domain / Crp-type HTH domain profile. / Crp-type HTH domain / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Jelly Rolls / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / CRP-like cAMP-activated global transcriptional regulator / CRP-like cAMP-activated global transcriptional regulator
類似検索 - 構成要素
生物種MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.63 Å
データ登録者Gallagher, D.T. / Reddy, P.T.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: A New Crystal Form of Crp from M. Tuberculosis and Conformational Effects of Crystal Packing
著者: Kim, S.-K. / Robinson, H. / Reddy, P.T. / Gallagher, D.T.
履歴
登録2011年9月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN (PROBABLY CRP/ FNR-FAMILY)
B: PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN (PROBABLY CRP/ FNR-FAMILY)
C: PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN (PROBABLY CRP/ FNR-FAMILY)
D: PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN (PROBABLY CRP/ FNR-FAMILY)
E: PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN (PROBABLY CRP/ FNR-FAMILY)
F: PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN (PROBABLY CRP/ FNR-FAMILY)
G: PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN (PROBABLY CRP/ FNR-FAMILY)
H: PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN (PROBABLY CRP/ FNR-FAMILY)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)203,50316
ポリマ－200,8698
非ポリマー2,6348
水1,17165
1
A: PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN (PROBABLY CRP/ FNR-FAMILY)
B: PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN (PROBABLY CRP/ FNR-FAMILY)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,8764
ポリマ－50,2172
非ポリマー6582
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5140 Å2
ΔGint-20.9 kcal/mol
Surface area20280 Å2
手法PISA
2
C: PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN (PROBABLY CRP/ FNR-FAMILY)
D: PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN (PROBABLY CRP/ FNR-FAMILY)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,8764
ポリマ－50,2172
非ポリマー6582
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5130 Å2
ΔGint-24.2 kcal/mol
Surface area20740 Å2
手法PISA
3
E: PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN (PROBABLY CRP/ FNR-FAMILY)
F: PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN (PROBABLY CRP/ FNR-FAMILY)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,8764
ポリマ－50,2172
非ポリマー6582
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5060 Å2
ΔGint-22.2 kcal/mol
Surface area20810 Å2
手法PISA
4
G: PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN (PROBABLY CRP/ FNR-FAMILY)
H: PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN (PROBABLY CRP/ FNR-FAMILY)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,8764
ポリマ－50,2172
非ポリマー6582
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4920 Å2
ΔGint-21.1 kcal/mol
Surface area20530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.328, 67.801, 104.877
Angle α, β, γ (deg.)84.41, 83.46, 80.14
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細THIS ENTRY CONTAINS FOUR DIMERS: REPRESENTED BY THE PAIRS OF CHAINS AB, CD, EF, AND GH.

-
要素

#1: タンパク質
PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN (PROBABLY CRP/ FNR-FAMILY) / CRP / TRANSCRIPTIONAL REGULATOR\ / CRP/FNR FAMILY


分子量: 25108.621 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
株: H37RV / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O69644, UniProt: P9WMH3*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-CMP / ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / CYCLIC AMP / CAMP / cAMP


分子量: 329.206 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12N5O6P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細D CHAIN LACKS RESIDUES 1-16 (DISORDER). ALL 8 CHAINS HAVE A 3-RESIDUE (SEQUENCE GSH) N-TERMINAL ...D CHAIN LACKS RESIDUES 1-16 (DISORDER). ALL 8 CHAINS HAVE A 3-RESIDUE (SEQUENCE GSH) N-TERMINAL EXPRESSION ARTIFACT. IN THE F AND H CHAINS IT IS PARTLY ORDERED.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.3 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.8
詳細: 8 MG PER ML PROTEIN, 25 MM CAMP, 40 MM NA CL, 10% PEG 8K, 75 MM CA ACETATE, 50 MM NA MES., pH 5.8

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.98
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.63→30 Å / Num. obs: 50716 / % possible obs: 93.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 2.63→2.75 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 64.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
DENZOデータ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.63→16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 15.389 / SU ML: 0.333 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.458 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28767 2349 5.1 %RANDOM
Rwork0.18308 ---
obs0.18853 43985 86.07 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 67.409 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.56 Å2-0.65 Å2-1.47 Å2
2---0.64 Å22.42 Å2
3----1.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.63→16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13864 0 176 65 14105
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01914261
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6631.9919295
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.27851770
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.16122.114667
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.685152509
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.05915207
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.22193
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02110758
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.63→2.696 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.328 99 -
Rwork0.244 1581 -
obs--43.05 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る