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- PDB-4a2l: Structure of the periplasmic domain of the heparin and heparan su... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4a2l
タイトルStructure of the periplasmic domain of the heparin and heparan sulphate sensing hybrid two component system BT4663 in apo and ligand bound forms
要素TWO-COMPONENT SYSTEM SENSOR HISTIDINE KINASE/RESPONSE
キーワードTRANSCRIPTION / BETA-PROPELLER
機能・相同性
機能・相同性情報


histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Two component regulator propeller / Two component regulator three Y / Two component regulator propeller / Y_Y_Y domain / Protein of unknown function DUF5074 / Domain of unknown function (DUF5074) / DNA binding HTH domain, AraC-type / Helix-turn-helix domain / Bacterial regulatory proteins, araC family DNA-binding domain profile. / helix_turn_helix, arabinose operon control protein ...Two component regulator propeller / Two component regulator three Y / Two component regulator propeller / Y_Y_Y domain / Protein of unknown function DUF5074 / Domain of unknown function (DUF5074) / DNA binding HTH domain, AraC-type / Helix-turn-helix domain / Bacterial regulatory proteins, araC family DNA-binding domain profile. / helix_turn_helix, arabinose operon control protein / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / CheY-like superfamily / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Homeobox-like domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
OXALOACETATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / histidine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種BACTEROIDES THETAIOTAOMICRON (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Lowe, E.C. / Basle, A. / Czjzek, M. / Firbank, S.J. / Bolam, D.N.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: A Scissor Blade-Like Closing Mechanism Implicated in Transmembrane Signaling in a Bacteroides Hybrid Two-Component System.
著者: Lowe, E.C. / Basle, A. / Czjzek, M. / Firbank, S.J. / Bolam, D.N.
履歴
登録2011年9月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年5月23日Group: Other
改定 1.22014年11月19日Group: Data collection
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: TWO-COMPONENT SYSTEM SENSOR HISTIDINE KINASE/RESPONSE
B: TWO-COMPONENT SYSTEM SENSOR HISTIDINE KINASE/RESPONSE
C: TWO-COMPONENT SYSTEM SENSOR HISTIDINE KINASE/RESPONSE
D: TWO-COMPONENT SYSTEM SENSOR HISTIDINE KINASE/RESPONSE
E: TWO-COMPONENT SYSTEM SENSOR HISTIDINE KINASE/RESPONSE
F: TWO-COMPONENT SYSTEM SENSOR HISTIDINE KINASE/RESPONSE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)546,96835
ポリマ－543,1526
非ポリマー3,81629
水5,423301
1
A: TWO-COMPONENT SYSTEM SENSOR HISTIDINE KINASE/RESPONSE
B: TWO-COMPONENT SYSTEM SENSOR HISTIDINE KINASE/RESPONSE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)182,28912
ポリマ－181,0512
非ポリマー1,23810
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
C: TWO-COMPONENT SYSTEM SENSOR HISTIDINE KINASE/RESPONSE
D: TWO-COMPONENT SYSTEM SENSOR HISTIDINE KINASE/RESPONSE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)182,78915
ポリマ－181,0512
非ポリマー1,73913
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
E: TWO-COMPONENT SYSTEM SENSOR HISTIDINE KINASE/RESPONSE
F: TWO-COMPONENT SYSTEM SENSOR HISTIDINE KINASE/RESPONSE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)181,8898
ポリマ－181,0512
非ポリマー8396
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)342.468, 342.468, 97.852
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114A28 - 327
2114B28 - 327
3114C28 - 327
4114D28 - 327
5114E28 - 327
6114F28 - 327
1214A375 - 635
2214B375 - 635
3214C375 - 635
4214D375 - 635
5214E375 - 635
6214F375 - 635
1314A687 - 784
2314B687 - 784
3314C687 - 784
4314D687 - 784
5314E687 - 784
6314F687 - 784

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.647943, -0.021079, 0.761397), (-0.009868, -0.999301, -0.036062), (0.761625, -0.03088, 0.647282)76.18772, 86.26371, -34.20935
3given(0.407483, -0.913192, -0.006189), (-0.913118, -0.407529, 0.011618), (-0.013132, 0.000917, -0.999913)21.78255, 193.91292, 41.45382
4given(-0.24148, 0.603253, -0.760114), (0.912216, 0.408278, 0.034223), (0.330983, -0.685124, -0.648888)87.52747, -109.76499, 3.34558
5given(0.636864, -0.090238, 0.765677), (0.171406, 0.984844, -0.026502), (-0.751681, 0.148119, 0.642679)-55.21972, -37.89225, 54.60938
6given(-0.986301, 0.164835, -0.006325), (-0.164722, -0.986218, -0.015522), (-0.008796, -0.014267, 0.99986)153.60167, 124.57809, -38.01571

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
TWO-COMPONENT SYSTEM SENSOR HISTIDINE KINASE/RESPONSE / BT_4663


分子量: 90525.250 Da / 分子数: 6 / 断片: PERIPLASMIC DOMAIN, RESIDUES 1-787 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) BACTEROIDES THETAIOTAOMICRON (バクテリア)
株: VPI-5482 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q89YR8

-
非ポリマー , 8種, 330分子

#2: 化合物
ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-OAA / OXALOACETATE ION


分子量: 131.064 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H3O5
#8: 化合物 ChemComp-2PE / NONAETHYLENE GLYCOL / 3,6,9,12,15,18,21,24-オクタオキサヘキサコサン-1,26-ジオ-ル


分子量: 414.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H38O10 / コメント: 沈殿剤*YM
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 301 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.1 M MMT BUFFER PH 8.0, 25 % PEG 1500

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9796
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→71.12 Å / Num. obs: 190851 / % possible obs: 95.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 59.026 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 75.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHELXCDE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.6→296.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 19.836 / SU ML: 0.197 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.487 / ESU R Free: 0.277 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. DISORDERED ATOMS WERE REMOVED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23124 9606 5 %RANDOM
Rwork0.18557 ---
obs0.18787 181114 94.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 43.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.82 Å20.41 Å20 Å2
2--0.82 Å20 Å2
3----1.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→296.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数35314 0 224 301 35839
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0236336
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0224004
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3921.93849348
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.892358407
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5254460
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.49124.6511774
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.553155750
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.65315177
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.25431
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0240867
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.027654
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 8154 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Amedium positional0.50.5
2Bmedium positional0.510.5
3Cmedium positional0.50.5
4Dmedium positional0.50.5
5Emedium positional0.480.5
6Fmedium positional0.540.5
1Amedium thermal3.662
2Bmedium thermal3.342
3Cmedium thermal3.192
4Dmedium thermal3.182
5Emedium thermal2.962
6Fmedium thermal3.862
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.668 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.339 523 -
Rwork0.311 10047 -
obs--72.54 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.63030.07780.18540.67370.50981.5585-0.02370.04380.1027-0.132-0.04190.0402-0.171-0.04480.06560.0310.0021-0.01330.06720.03260.030865.562451.765316.0473
21.1486-0.88460.280.9294-0.20410.5268-0.0155-0.0648-0.1248-0.0334-0.00120.05590.1637-0.18360.01670.1029-0.0170.04170.13480.01630.032345.140333.120425.5533
30.9411-0.0580.54030.60280.16461.2150.0389-0.0925-0.0184-0.005-0.09620.070.0368-0.1310.05720.04130.00220.01390.0308-0.00670.024148.22217.888424.0242
42.185-0.8369-0.21140.57020.13830.35170.1060.06190.0894-0.0659-0.0973-0.087-0.13630.025-0.00870.1297-0.0134-0.010.08940.06670.054156.724244.218914.1062
50.8027-0.8697-0.22111.40590.13020.3428-0.0805-0.11420.08670.07150.1047-0.0791-0.02860.1662-0.02420.13930.0165-0.06230.13430.00380.0529121.557171.796665.1851
60.6359-0.0408-0.2740.5339-0.27041.2615-0.0729-0.0026-0.0617-0.0913-0.0281-0.01260.1673-0.00130.1010.0444-0.00920.01110.02390.00720.033798.353756.796155.1994
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A28 - 327
2X-RAY DIFFRACTION1A328 - 374
3X-RAY DIFFRACTION1A375 - 635
4X-RAY DIFFRACTION1A636 - 686
5X-RAY DIFFRACTION1A687 - 784
6X-RAY DIFFRACTION2B28 - 327
7X-RAY DIFFRACTION2B328 - 374
8X-RAY DIFFRACTION2B375 - 635
9X-RAY DIFFRACTION2B636 - 686
10X-RAY DIFFRACTION2B687 - 784
11X-RAY DIFFRACTION3C28 - 327
12X-RAY DIFFRACTION3C328 - 374
13X-RAY DIFFRACTION3C375 - 635
14X-RAY DIFFRACTION3C636 - 686
15X-RAY DIFFRACTION3C687 - 784
16X-RAY DIFFRACTION4D28 - 327
17X-RAY DIFFRACTION4D328 - 374
18X-RAY DIFFRACTION4D375 - 635
19X-RAY DIFFRACTION4D636 - 686
20X-RAY DIFFRACTION4D687 - 784
21X-RAY DIFFRACTION5E28 - 327
22X-RAY DIFFRACTION5E328 - 374
23X-RAY DIFFRACTION5E375 - 635
24X-RAY DIFFRACTION5E636 - 686
25X-RAY DIFFRACTION5E687 - 784
26X-RAY DIFFRACTION6F28 - 327
27X-RAY DIFFRACTION6F328 - 374
28X-RAY DIFFRACTION6F375 - 635
29X-RAY DIFFRACTION6F636 - 686
30X-RAY DIFFRACTION6F687 - 784

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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