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- PDB-4a22: Structure of Mycobacterium tuberculosis fructose 1,6-bisphosphate... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4a22
タイトルStructure of Mycobacterium tuberculosis fructose 1,6-bisphosphate aldolase bound to N-(4-hydroxybutyl)- glycolohydroxamic acid bis- phosphate
要素FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE
キーワードLYASE / LYASE-INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


cell wall / fructose-bisphosphate aldolase / fructose-bisphosphate aldolase activity / zymogen binding / peptidoglycan-based cell wall / glycolytic process / extracellular region / zinc ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Fructose-bisphosphate aldolase, class II, yeast/E. coli subtype / Fructose-bisphosphate aldolase class-II signature 1. / Fructose-bisphosphate aldolase class-II signature 2. / Fructose-bisphosphate aldolase, class-II / Fructose-bisphosphate aldolase class-II / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-TD4 / Fructose-bisphosphate aldolase / Fructose-bisphosphate aldolase
類似検索 - 構成要素
生物種MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Coincon, M. / De la Paz Santangelo, M. / Gest, P.M. / Guerin, M.E. / Pham, H. / Ryan, G. / Puckett, S.E. / Spencer, J.S. / Gonzalez-Juarrero, M. / Daher, R. ...Coincon, M. / De la Paz Santangelo, M. / Gest, P.M. / Guerin, M.E. / Pham, H. / Ryan, G. / Puckett, S.E. / Spencer, J.S. / Gonzalez-Juarrero, M. / Daher, R. / Lenaerts, A.J. / Schnappinger, D. / Therisod, M. / Ehrt, S. / Jackson, M. / Sygusch, J.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / : 2011
タイトル: Glycolytic and non-glycolytic functions of Mycobacterium tuberculosis fructose-1,6-bisphosphate aldolase, an essential enzyme produced by replicating and non-replicating bacilli.
著者: de la Paz Santangelo, M. / Gest, P.M. / Guerin, M.E. / Coincon, M. / Pham, H. / Ryan, G. / Puckett, S.E. / Spencer, J.S. / Gonzalez-Juarrero, M. / Daher, R. / Lenaerts, A.J. / Schnappinger, D. ...著者: de la Paz Santangelo, M. / Gest, P.M. / Guerin, M.E. / Coincon, M. / Pham, H. / Ryan, G. / Puckett, S.E. / Spencer, J.S. / Gonzalez-Juarrero, M. / Daher, R. / Lenaerts, A.J. / Schnappinger, D. / Therisod, M. / Ehrt, S. / Sygusch, J. / Jackson, M.
履歴
登録2011年9月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年10月26日Group: Atomic model
改定 1.22011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.32011年11月30日Group: Database references
改定 2.02018年11月21日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / citation ...atom_site / citation / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
Item: _atom_site.label_alt_id / _citation.journal_abbrev ..._atom_site.label_alt_id / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_1
改定 2.12024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "CA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "DA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE
B: FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE
C: FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE
D: FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,02522
ポリマ-146,3424
非ポリマー1,68418
18,8441046
1
A: FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE
B: FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,42414
ポリマ-73,1712
非ポリマー1,25312
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6360 Å2
ΔGint-134.8 kcal/mol
Surface area23670 Å2
手法PISA
2
C: FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE
D: FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,6018
ポリマ-73,1712
非ポリマー4306
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6410 Å2
ΔGint-131.1 kcal/mol
Surface area23570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)335.386, 42.977, 102.601
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.39, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE / FBP ALDOLASE / FBPA / FRUCTOSE-1 / 6-BISPHOSPHATE ALDOLASE


分子量: 36585.379 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P67475, UniProt: P9WQA3*PLUS, fructose-bisphosphate aldolase

-
非ポリマー , 5種, 1064分子

#2: 化合物 ChemComp-TD4 / 4-{hydroxy[(phosphonooxy)acetyl]amino}butyl dihydrogen phosphate


分子量: 323.132 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C6H15NO10P2
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / : Na
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : Zn
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / : SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1046 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.65 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 20% PEG 8000, 1.8 M LI2SO4, 50 MM TRIS/HOAC PH 7.5.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9795
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→47.9 Å / Num. obs: 114281 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 20.11 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 10

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (PHENIX.REFINE) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 1.9→45.415 Å / SU ML: 0.46 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.64 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2206 8852 7.8 %
Rwork0.1793 --
obs0.1825 114263 99.27 %
溶媒の処理減衰半径: 0.17 Å / VDWプローブ半径: 0.4 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.032 Å2 / ksol: 0.441 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 17.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.4473 Å20 Å20.7719 Å2
2--3.9552 Å20 Å2
3----4.4025 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→45.415 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9808 0 86 1046 10940
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00810072
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.18813646
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3193618
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.081524
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071770
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.92160.37133040.34993490X-RAY DIFFRACTION100
1.9216-1.94420.35112750.3073542X-RAY DIFFRACTION99
1.9442-1.96790.34833120.29963471X-RAY DIFFRACTION99
1.9679-1.99280.2983100.26513425X-RAY DIFFRACTION99
1.9928-2.0190.29333120.2323492X-RAY DIFFRACTION100
2.019-2.04670.26462870.21813530X-RAY DIFFRACTION100
2.0467-2.07590.26913060.2163442X-RAY DIFFRACTION100
2.0759-2.10690.25192870.19943513X-RAY DIFFRACTION100
2.1069-2.13990.23983140.19293553X-RAY DIFFRACTION100
2.1399-2.17490.23863150.18593431X-RAY DIFFRACTION100
2.1749-2.21240.2222810.18063476X-RAY DIFFRACTION100
2.2124-2.25270.24882940.17163569X-RAY DIFFRACTION100
2.2527-2.2960.24413160.17963435X-RAY DIFFRACTION100
2.296-2.34290.22312680.16763536X-RAY DIFFRACTION100
2.3429-2.39380.22722760.16893600X-RAY DIFFRACTION100
2.3938-2.44950.21172660.16683455X-RAY DIFFRACTION100
2.4495-2.51070.24193390.17483537X-RAY DIFFRACTION100
2.5107-2.57860.22862960.16443497X-RAY DIFFRACTION100
2.5786-2.65450.21293010.16373528X-RAY DIFFRACTION100
2.6545-2.74010.22562790.1823498X-RAY DIFFRACTION99
2.7401-2.83810.24193010.17793528X-RAY DIFFRACTION100
2.8381-2.95170.2252650.17573521X-RAY DIFFRACTION99
2.9517-3.0860.2143150.17313541X-RAY DIFFRACTION99
3.086-3.24860.20942740.17763487X-RAY DIFFRACTION98
3.2486-3.45210.19592670.16513515X-RAY DIFFRACTION98
3.4521-3.71850.16992830.15133494X-RAY DIFFRACTION98
3.7185-4.09250.17692570.14063552X-RAY DIFFRACTION98
4.0925-4.68420.16112990.13923508X-RAY DIFFRACTION97
4.6842-5.89960.19343120.16333552X-RAY DIFFRACTION98
5.8996-45.42840.21783410.20593693X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0484-0.0399-0.02460.03390.01430.02780.08510.0150.0288-0.0385-0.0262-0.1264-0.01350.01440.00840.07-0.002-0.01870.0772-0.01260.19364.547-58.4901-43.1506
20.02990.014-0.0262-0.009-0.00230.0614-0.06340.01280.03710.01750.0465-0.0181-0.0925-0.0798-0.01160.07650.0115-0.00640.061-0.0150.1231-9.3491-53.9571-40.7255
30.0093-0.0078-0.00050.01-0.00020.0021-0.00990.0011-0.0597-0.0122-0.07460.06490.0495-0.0634-0.00010.10270.00090.02950.14920.00840.1937-24.2173-67.4725-43.4513
40.0189-0.00170.02650.0097-0.00210.0229-0.02560.0018-0.07070.0147-0.0424-0.01660.10280.043400.0983-0.00250.01420.0996-0.00160.1568-14.1002-60.5997-50.7496
50.0499-0.00910.04380.0152-0.00250.03240.01850.0613-0.09930.11790.00310.06950.0225-0.028600.1427-0.01310.01210.0992-0.01470.1799-10.2432-66.9658-41.4238
60.02070.0212-0.01750.0222-0.01760.03830.05590.0096-0.0558-0.05040.00220.0070.00550.06210.00740.12930.0044-0.0060.1216-0.05290.1899-7.0915-73.6553-51.316
70.03730.00790.02070.0345-0.04240.11150.00550.0472-0.1310.0380.0449-0.0189-0.0306-0.03870.03410.06690.00280.02350.0634-0.0160.12-6.0677-71.0739-42.0076
80.0563-0.01770.02460.0082-0.00740.01370.0956-0.0047-0.07430.1435-0.0116-0.1830.0553-0.00690.05890.1641-0.0249-0.0543-0.0503-0.01540.3281-1.0496-79.5123-37.716
90.2202-0.08770.05450.06250.01250.0789-0.0151-0.1041-0.04750.07250.14150.0114-0.0139-0.05730.10190.09730.03150.0050.0186-0.01110.1802-4.4517-69.9199-33.7234
100.05870.052-0.02170.0934-0.01590.01120.1017-0.0421-0.01310.1959-0.0519-0.06640.01520.02690.0060.237-0.0085-0.11860.03250.09270.28594.1668-75.3937-24.5923
110.1225-0.0490.06560.0209-0.02840.04640.06820.04260.010.03330.0185-0.0799-0.02750.0989-0.00450.10010.0004-0.01550.0595-0.02480.22736.1802-71.7172-37.1899
120.0002-0.0013-0.00250.0242-0.04460.09810.0455-0.10040.04740.1160.00340.1396-0.155-0.08350.04060.3291-0.04460.04410.1872-0.10570.2045-9.6558-60.9548-19.9444
130.08060.0343-0.11810.0787-0.12870.30230.1116-0.0241-0.03580.13570.094-0.0612-0.03480.09140.06110.1408-0.0284-0.07640.1296-0.01920.203110.6722-67.2122-25.4036
140.05240.0414-0.01120.0306-0.00080.0538-0.1281-0.0332-0.02980.12070.0853-0.0277-0.0162-0.06090.01930.10860.0219-0.01880.079-0.02410.112-11.1362-53.5538-29.1861
150.1156-0.0451-0.10620.19620.05340.29930.1360.14810.0327-0.0307-0.092-0.0457-0.0338-0.10020.01880.11810.02860.00130.0959-0.01040.11-22.5287-45.0475-39.4857
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36X-RAY DIFFRACTION36CHAIN C AND (RESSEQ 205:223)
37X-RAY DIFFRACTION37CHAIN C AND (RESSEQ 224:248)
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50X-RAY DIFFRACTION50CHAIN D AND (RESSEQ 224:276)
51X-RAY DIFFRACTION51CHAIN D AND (RESSEQ 277:343)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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