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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4a1r | ||||||
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タイトル | The Structure of Serratia marcescens Lip, a membrane bound component of the Type VI Secretion System. | ||||||
![]() | LIP | ||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / T6SS / BETA-SANDWICH | ||||||
機能・相同性 | Type VI secretion system, lipoprotein SciN / Type VI secretion system, lipoprotein SciN / Type VI secretion protein SciN-like superfamily / Type VI secretion lipoprotein, VasD, EvfM, TssJ, VC_A0113 / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / LIP![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Rao, V.A. / Shepherd, S.M. / English, G. / Coulthurst, S.J. / Hunter, W.N. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The Structure of Serratia Marcescens Lip, a Membrane-Bound Component of the Type Vi Secretion System 著者: Rao, V.A. / Shepherd, S.M. / English, G. / Coulthurst, S.J. / Hunter, W.N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 129.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 101.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 469.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 479.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 26.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 37.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16340.404 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-NA / | #3: 化合物 | ChemComp-EDO / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 非ポリマーの詳細 | ETHAN-1,2-DIOL (EDO): EDO D1176 | 配列の詳細 | GENOME IS NOT YET IN ANY DATABASE | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 % 解説: THE MODEL USED FOR MOLECULAR REPLACEMENT WAS INITIALLY SOLVED USING SAD. STRUCTURE NOT DEPOSITED IN PDB. |
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結晶化 | 詳細: 15 % PEG 3350, 200 MM NACL. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 86 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月13日 |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.007 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.92→40 Å / Num. obs: 43478 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 32.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 20.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.92→2.02 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 95.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: MODEL FROM SAD EXPERIMENT 解像度: 1.92→39.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 5.853 / SU ML: 0.167 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.201 / ESU R Free: 0.195 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE FOLLOWING RESIDUES ARE DISORDERED. C,51-52, D,51-54, B,143-146, C,144-146. RESIDUES WITH WEAK SIDE CHAIN ELECTRON DENSITY HAVE OCCUPANCY SET TO 0.01.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 46.759 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.92→39.82 Å
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拘束条件 |
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