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万見
- PDB-4a1n: Human Mitochondrial endo-exonuclease -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4a1n
タイトルHuman Mitochondrial endo-exonuclease
要素NUCLEASE EXOG, MITOCHONDRIAL
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リボ核酸またはデオキシリボ核酸に作用する、5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / apoptotic DNA fragmentation / single-stranded DNA endodeoxyribonuclease activity / 5'-3' exonuclease activity / RNA endonuclease activity / endonuclease activity / nucleic acid binding / mitochondrial inner membrane / protein-containing complex / mitochondrion ...加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リボ核酸またはデオキシリボ核酸に作用する、5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / apoptotic DNA fragmentation / single-stranded DNA endodeoxyribonuclease activity / 5'-3' exonuclease activity / RNA endonuclease activity / endonuclease activity / nucleic acid binding / mitochondrial inner membrane / protein-containing complex / mitochondrion / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1250 / EXOG, C-terminal / Endo/exonuclease (EXOG) C-terminal domain / Non-specific endonuclease / Extracellular Endonuclease; Chain A / Extracellular Endonuclease, subunit A / Extracellular Endonuclease, subunit A / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1250 / EXOG, C-terminal / Endo/exonuclease (EXOG) C-terminal domain / Non-specific endonuclease / Extracellular Endonuclease; Chain A / Extracellular Endonuclease, subunit A / Extracellular Endonuclease, subunit A / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease / DNA/RNA non-specific endonuclease superfamily / His-Me finger superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Nuclease EXOG, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Welin, M. / Moche, M. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Bountra, C. / Collins, R. / Edwards, A.M. / Flodin, S. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. ...Welin, M. / Moche, M. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Bountra, C. / Collins, R. / Edwards, A.M. / Flodin, S. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. / Johansson, I. / Karlberg, T. / Kotenyova, T. / Nyman, T. / Persson, C. / Schuler, H. / Thorsell, A.G. / Tresaugues, L. / Weigelt, J. / Nordlund, P.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Human Mitochondrial Endo-Exonuclease
著者: Welin, M. / Moche, M. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Bountra, C. / Collins, R. / Edwards, A.M. / Flodin, S. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. / Johansson, I. / Karlberg, T. / Kotenyova, T. ...著者: Welin, M. / Moche, M. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Bountra, C. / Collins, R. / Edwards, A.M. / Flodin, S. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. / Johansson, I. / Karlberg, T. / Kotenyova, T. / Nyman, T. / Persson, C. / Schuler, H. / Thorsell, A.G. / Tresaugues, L. / Weigelt, J. / Nordlund, P.
履歴
登録2011年9月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年2月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NUCLEASE EXOG, MITOCHONDRIAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,1005
ポリマ－37,9821
非ポリマー1184
水1,20767
1
A: NUCLEASE EXOG, MITOCHONDRIAL
ヘテロ分子

A: NUCLEASE EXOG, MITOCHONDRIAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,20010
ポリマ－75,9642
非ポリマー2368
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+1/31
Buried area6230 Å2
ΔGint-109.9 kcal/mol
Surface area26130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.180, 103.180, 83.890
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 NUCLEASE EXOG, MITOCHONDRIAL / ENDONUCLEASE G-LIKE 1 / ENDO G-LIKE 1 / ENDO-EXO NUCLEASE


分子量: 37981.941 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 42-368 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: CLONING ARTIFACT GLU330VAL / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PNIC-CH2 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3 PRARE
参照: UniProt: Q9Y2C4, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リボ核酸またはデオキシリボ核酸に作用する、5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THERE IS A GLU330VAL MUTATION IN THE PROTEIN SEQUENCE. THE SIDE CHAIN WAS NOT VISIBLE IN THE ...THERE IS A GLU330VAL MUTATION IN THE PROTEIN SEQUENCE. THE SIDE CHAIN WAS NOT VISIBLE IN THE ELECTRON DENSITY. WE BELIEVE THIS IS A CLONING ARTIFACT.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.76 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→44.7 Å / Num. obs: 13052 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11 % / Biso Wilson estimate: 51.36 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 13.8
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 11.2 % / Rmerge(I) obs: 0.69 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.1精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3ISM

3ism


解像度: 2.8→44.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9278 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8949 / SU R Cruickshank DPI: 0.401 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.411 / SU Rfree Blow DPI: 0.266 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.268
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=MG CL NA. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=2375. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=2. ...詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=MG CL NA. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=2375. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=2. NUMBER TREATED BY BAD NON-BONDED CONTACTS=2.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2249 653 5 %RANDOM
Rwork0.1752 ---
obs0.1776 13052 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 37.17 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.2868 Å20 Å20 Å2
2--0.2868 Å20 Å2
3----0.5737 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.283 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→44.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2299 0 4 67 2370
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012364HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.143207HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1083SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes59HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes343HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2364HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.45
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.1
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion303SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2745SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.8→3.02 Å / Total num. of bins used: 7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2439 133 5 %
Rwork0.1927 2528 -
all0.1954 2661 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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