PDB-4a0g: Structure of bifunctional DAPA aminotransferase-DTB synthetase fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4a0g

タイトル

Structure of bifunctional DAPA aminotransferase-DTB synthetase from Arabidopsis thaliana in its apo form.

要素

ADENOSYLMETHIONINE-8-AMINO-7-OXONONANOATE AMINOTRANSFERASE

キーワード

TRANSFERASE / BIO3-BIO1 / BIOTIN SYNTHESIS

機能・相同性

機能・相同性情報

adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate transaminase / dethiobiotin synthase / dethiobiotin synthase activity / S-adenosyl-L-methionine:8-amino-7-oxononanoate transaminase activity / biotin biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / mitochondrial matrix / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / mitochondrion / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.502 Å

データ登録者

Cobessi, D. / Dumas, R. / Pautre, V. / Meinguet, C. / Ferrer, J.L. / Alban, C.

引用

ジャーナル: Plant Cell / 年: 2012
タイトル: Biochemical and Structural Characterization of the Arabidopsis Bifunctional Enzyme Dethiobiotin Synthetase-Diaminopelargonic Acid Aminotransferase: Evidence for Substrate Channeling in Biotin Synthesis.
著者: Cobessi, D. / Dumas, R. / Pautre, V. / Meinguet, C. / Ferrer, J.L. / Alban, C.

履歴

登録	2011年9月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年6月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4a0g.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4a0g.ent.gz	934.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4a0g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a0/4a0g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a0/4a0g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4a0fSC 4a0hC 4a0rC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4a0r-d 4a0f-d 4y2p-1 1vj5-1 5aib-1 5am4-1 3wke-1 6q0r-d 3ntd-d 4a0h-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ADENOSYLMETHIONINE-8-AMINO-7-OXONONANOATE AMINOTRANSFERASE

B: ADENOSYLMETHIONINE-8-AMINO-7-OXONONANOATE AMINOTRANSFERASE

C: ADENOSYLMETHIONINE-8-AMINO-7-OXONONANOATE AMINOTRANSFERASE

D: ADENOSYLMETHIONINE-8-AMINO-7-OXONONANOATE AMINOTRANSFERASE

ヘテロ分子

368 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ADENOSYLMETHIONINE-8-AMINO-7-OXONONANOATE AMINOTRANSFERASE

B: ADENOSYLMETHIONINE-8-AMINO-7-OXONONANOATE AMINOTRANSFERASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
184 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: ADENOSYLMETHIONINE-8-AMINO-7-OXONONANOATE AMINOTRANSFERASE

D: ADENOSYLMETHIONINE-8-AMINO-7-OXONONANOATE AMINOTRANSFERASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
184 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.442, 80.066, 136.939
Angle α, β, γ (deg.)	99.96, 107.12, 97.25
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
1	2
2	2

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	CHAIN A AND (RESSEQ 7:43 OR RESSEQ 47:103 OR RESSEQ...
2	1	1	(CHAIN B AND (RESSEQ 7:43 OR RESSEQ 47:1 OR RESSEQ...
1	1	2	(CHAIN C AND (RESSEQ 7:43 OR RESSEQ 47:10 OR RESSEQ...
2	1	2	((CHAIN D AND (RESSEQ 7:43 OR RESSEQ 47:1 RESSEQ 118:121...

NCSアンサンブル:

ID
1
2

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.999905, 0.011708, -0.007299), (0.004885, -0.194347, -0.980921), (-0.012904, -0.980863, 0.194271)	-31.653, -21.332, -17.651
2	given	(-0.981547, -0.124762, 0.144911), (-0.105922, -0.276198, -0.955246), (0.159202, -0.952969, 0.257886)	-12.402, -99.489, -73.988

#1: タンパク質	ADENOSYLMETHIONINE-8-AMINO-7-OXONONANOATE AMINOTRANSFERASE / DTB SYNTHETASE-DAPA AMINOTRANSFERASE / MITOCHONDRIAL BIFUNCTIONAL DIAMINOPELARGONATE SYNTHASE- ...DTB SYNTHETASE-DAPA AMINOTRANSFERASE / MITOCHONDRIAL BIFUNCTIONAL DIAMINOPELARGONATE SYNTHASE-DETHIOBIOTIN SYNTHETASE / ADENOSYLMETHIONINE-8-AMINO-7-OXONONANOATE AMINOTRANSFERASE/DETHIOBIOTIN SYNTHETASE 分子量: 91427.188 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 23-833 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA 2 / 参照: UniProt: B0F481
#2: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate 分子量: 247.142 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 429 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.8 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: BISTRIS 0.1 M PH 5.9, 0.2 M LISO4, 15 % PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.979701
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月30日 / 詳細: MIRRORS
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979701 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→48.14 Å / Num. obs: 95045 / % possible obs: 88 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.95 % / B_iso Wilson estimate: 40.31 Å² / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 14.81
反射シェル	解像度: 2.5→2.55 Å / 冗長度: 1.92 % / R_merge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 1.91 / % possible all: 48.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4A0F

4a0f

解像度: 2.502→39.574 Å / SU ML: 0.88 / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.37 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2391	4750	5 %
R_work	0.1772	-	-
obs	0.1803	94991	88.26 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 45.71 Å² / k_sol: 0.362 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47.9 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.9288 Å²	1.8963 Å²	1.7088 Å²
2-	-	0.9274 Å²	4.38 Å²
3-	-	-	0.0014 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.502→39.574 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	22123	0	112	429	22664

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	22912
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.325	31237
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.524	8122
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.083	3611
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	3966

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
2	1	C	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
2	2	D	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5017-2.5302	0.315	87	0.2605	1638	X-RAY DIFFRACTION	49
2.5302-2.5599	0.3555	96	0.2584	1834	X-RAY DIFFRACTION	53
2.5599-2.5911	0.3117	104	0.2485	1983	X-RAY DIFFRACTION	58
2.5911-2.6239	0.3484	112	0.2495	2114	X-RAY DIFFRACTION	62
2.6239-2.6585	0.3265	126	0.2485	2402	X-RAY DIFFRACTION	70
2.6585-2.6949	0.3497	138	0.2585	2616	X-RAY DIFFRACTION	77
2.6949-2.7334	0.3354	160	0.2587	3048	X-RAY DIFFRACTION	89
2.7334-2.7741	0.3474	172	0.2475	3257	X-RAY DIFFRACTION	95
2.7741-2.8175	0.3607	171	0.2369	3247	X-RAY DIFFRACTION	95
2.8175-2.8637	0.307	173	0.2257	3305	X-RAY DIFFRACTION	96
2.8637-2.913	0.3424	171	0.2254	3230	X-RAY DIFFRACTION	96
2.913-2.966	0.3021	171	0.2118	3254	X-RAY DIFFRACTION	95
2.966-3.023	0.3094	170	0.1968	3234	X-RAY DIFFRACTION	96
3.023-3.0847	0.2528	173	0.1843	3279	X-RAY DIFFRACTION	96
3.0847-3.1517	0.2532	172	0.1815	3267	X-RAY DIFFRACTION	96
3.1517-3.225	0.2788	172	0.1887	3268	X-RAY DIFFRACTION	96
3.225-3.3056	0.2358	174	0.185	3307	X-RAY DIFFRACTION	96
3.3056-3.395	0.2502	172	0.1739	3267	X-RAY DIFFRACTION	96
3.395-3.4948	0.2377	172	0.1731	3284	X-RAY DIFFRACTION	96
3.4948-3.6075	0.2394	174	0.1832	3295	X-RAY DIFFRACTION	96
3.6075-3.7364	0.244	171	0.1693	3244	X-RAY DIFFRACTION	97
3.7364-3.8859	0.2322	173	0.1571	3294	X-RAY DIFFRACTION	96
3.8859-4.0625	0.2031	174	0.1449	3312	X-RAY DIFFRACTION	97
4.0625-4.2765	0.1983	173	0.1431	3274	X-RAY DIFFRACTION	96
4.2765-4.5441	0.1902	172	0.1373	3276	X-RAY DIFFRACTION	96
4.5441-4.8943	0.1888	173	0.1337	3286	X-RAY DIFFRACTION	96
4.8943-5.3858	0.1815	171	0.1548	3247	X-RAY DIFFRACTION	95
5.3858-6.1626	0.2295	171	0.1858	3262	X-RAY DIFFRACTION	95
6.1626-7.7546	0.2462	168	0.1806	3188	X-RAY DIFFRACTION	94
7.7546-39.5786	0.1603	144	0.1554	2729	X-RAY DIFFRACTION	80

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.473	-0.6112	0.3825	2.2602	0.0153	2.4314	-0.01	0.2679	-0.0305	-0.3485	0.0842	0.2381	0.0595	-0.2539	-0.0256	0.3271	-0.0094	-0.064	0.3615	0.0626	0.2649	-37.7798	9.8351	-50.9761
2	1.3913	-0.2882	0.2413	2.0698	-0.0151	2.1947	-0.0255	0.0099	0.1467	-0.0603	-0.0204	0.3161	-0.3695	-0.3863	0.0691	0.2842	0.0661	-0.0236	0.3618	0.0314	0.3306	-42.9501	21.1914	-41.3472
3	0.7306	-0.0247	0.2586	0.5398	-0.0761	1.0442	0.0052	0.093	-0.0975	-0.0718	-0.0003	0.0664	-0.0167	-0.1124	-0.0153	0.1721	0.0252	0.0124	0.1795	-0.0304	0.2343	-23.4169	1.2478	-28.969
4	1.3602	-0.5911	-0.453	2.0036	0.0301	1.2158	-0.071	-0.2316	-0.192	0.3971	0.0206	0.3039	0.1892	-0.0363	0.0508	0.2965	-0.0574	0.0363	0.2978	0.0177	0.2303	-30.6818	-6.7388	12.2624
5	2.1493	-0.1334	0.4458	0.7663	0.0677	1.3016	0.0227	-0.1509	0.0379	0.1605	-0.0018	0.1304	-0.1	-0.1385	-0.0207	0.2089	0.0003	0.0428	0.1491	0.0019	0.1816	-30.3635	2.0852	-2.4445
6	2.61	-0.0119	-0.3208	2.8338	-0.1702	2.141	-0.0358	0.441	0.1265	-0.5798	-0.0837	-0.7648	-0.0392	0.321	0.0969	0.3479	-0.0593	0.1404	0.3785	0.088	0.4706	8.7801	23.718	-40.5429
7	2.0664	0.2178	0.4109	2.9177	-0.7808	1.3452	0.0039	0.2687	-0.0054	-0.3929	-0.0355	-0.4341	-0.0364	0.1882	0.0136	0.223	-0.0067	0.0835	0.2401	-0.0085	0.2014	-4.2891	19.4682	-36.7739
8	0.9333	-0.2159	0.0582	1.0905	-0.0704	0.4977	0.037	-0.0379	-0.1255	0.0357	-0.0173	-0.1141	0.0981	0.0958	-0.0126	0.1721	0.0077	-0.0155	0.2003	-0.0216	0.1852	-3.8268	-16.4834	-16.7535
9	1.1868	0.1516	-0.0453	1.8484	0.3882	1.951	0.0045	-0.0902	0.007	0.0027	0.0794	0.2396	0.1368	-0.2457	-0.0779	0.2635	-0.0785	-0.0122	0.3669	0.0842	0.2943	-33.1968	-35.7493	-58.9988
10	1.0885	0.0352	-0.3542	0.9277	-0.3143	1.7096	0.0765	0.0701	0.2284	-0.1534	0.0463	0.1381	0.0582	-0.2052	-0.1066	0.2598	-0.0105	-0.0228	0.2142	0.0182	0.319	-19.2555	-20.1595	-71.6949
11	1.5108	-0.5361	-0.1011	0.9619	0.0568	2.3793	0.3967	0.849	0.1755	-0.7866	-0.1488	0.1706	0.0313	-0.3991	-0.1831	0.8572	0.1194	-0.0624	0.7887	0.1481	0.367	-16.1646	-18.692	-109.1286
12	2.4061	0.1379	-0.001	0.8736	-0.3111	1.7509	0.118	1.188	-0.0472	-0.5204	-0.122	0.5286	0.2457	-1.1226	0.0213	0.7324	-0.115	-0.2845	1.1185	0.105	0.6229	-36.2839	-26.604	-98.5581
13	2.0002	-0.2915	0.2194	2.6728	0.1431	1.8798	-0.3166	-0.3543	0.2182	0.764	0.3614	-0.6837	0.1976	0.4884	-0.0159	0.4303	0.2047	-0.1895	0.5689	-0.1119	0.5111	16.4554	-33.0984	-61.3928
14	1.1145	-0.4933	-0.261	2.4241	-0.5135	0.7995	-0.0265	-0.0642	0.1658	0.0115	0.084	-0.325	0.0797	0.1474	-0.0477	0.2768	0.0082	-0.0137	0.2682	-0.0704	0.2365	1.3413	-24.172	-73.998
15	1.8237	0.7034	0.1553	1.7993	-0.0915	1.3069	-0.0358	0.3922	-0.0039	-0.5021	0.2119	0.1456	-0.0693	0.0899	-0.1607	0.5128	0.0233	0.0117	0.3658	-0.0197	0.3421	-10.097	14.0742	-92.432
16	1.369	-0.5011	0.5809	2.4669	0.037	1.0074	0.0322	-0.0296	-0.0193	-0.0981	0.0936	-0.0494	-0.0983	0.0347	-0.1179	0.3512	-0.0022	0.0993	0.3059	0.0215	0.2778	-2.027	9.997	-82.5948

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESSEQ 7:92)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESSEQ 93:171)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESSEQ 172:450)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESSEQ 451:580)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND (RESSEQ 581:811)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN B AND (RESSEQ 5:143)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN B AND (RESSEQ 144:289)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN B AND (RESSEQ 290:811)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN C AND (RESSEQ 6:171)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN C AND (RESSEQ 172:430)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN C AND (RESSEQ 431:709)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN C AND (RESSEQ 710:806)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN D AND (RESSEQ 7:143)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN D AND (RESSEQ 144:414)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN D AND (RESSEQ 415:529)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN D AND (RESSEQ 530:807)

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)