PDB-3ntd: Structure of the Shewanella loihica PV-4 NADH-dependent persulfid...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ntd

タイトル

Structure of the Shewanella loihica PV-4 NADH-dependent persulfide reductase C531S Mutant

要素

FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / FAD / CoA / persulfide reductase / rhodanese

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Shewanella loihica (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.99 Å

データ登録者

Sazinsky, M.H. / Warner, M.D. / Lukose, V. / Lee, K.H. / Crane, E.J.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Characterization of an NADH-Dependent Persulfide Reductase from Shewanella loihica PV-4: Implications for the Mechanism of Sulfur Respiration via FAD-Dependent Enzymes .
著者: Warner, M.D. / Lukose, V. / Lee, K.H. / Lopez, K. / H Sazinsky, M. / Crane, E.J.

履歴

登録	2010年7月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年12月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2012年2月22日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ntd.cif.gz	441.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ntd.ent.gz	361.6 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	3ntd_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
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CIF形式データ	3ntd_validation.cif.gz	45.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nt/3ntd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nt/3ntd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3nt6C 3ntaC 3icrS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3nt6-d 3nta-d 4ocg-d 4a0g-1 1it7-d 1nmu-d 6o9e-2 5txl-2 5fqf-d 4yao-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (6) #153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (5) #82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (2) #146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (1) #93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (6)
#153 - 2012年9月
ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex)
類似性 (5)
#82 - 2006年10月
シトクロムp450 (Cytochrome p450)
類似性 (2)
#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (1)
#93 - 2007年9月
クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase)
類似性 (1)
#216 - 2017年12月
生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
類似性 (1)
#39 - 2003年3月
lac転写抑制因子 (lac Repressor)
類似性 (1)

登録構造単位

A: FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase

B: FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase

ヘテロ分子

126 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	133.737, 133.737, 79.713
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	143
Space group name H-M	P3

#1: タンパク質	FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase 分子量: 61239.520 Da / 分子数: 2 / 変異: C531S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Shewanella loihica (バクテリア) / 株: ATCC BAA-1088 / PV-4 / 遺伝子: Shew_0729 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A3QAV3, CoA-disulfide reductase
#2: 化合物	ChemComp-COA / COENZYME A / CoA 分子量: 767.534 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₆N₇O₁₆P₃S
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 607 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.4 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.7 詳細: 50 mM Na acetate, 200 mM ammonium acetate, 5% PEG 8K, pH 4.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年2月1日

放射

モノクロメーター: Si 111 Channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.026
1	1	K, H, -L	2	0.323
1	1	-h,-k,l	3	0.651

反射

解像度: 1.99→116 Å / Num. all: 103268 / Num. obs: 103268 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.5 % / R_sym value: 0.092 / Net I/σ(I): 15.8

反射シェル

解像度: 1.99→2.07 Å / Mean I/σ(I) obs: 6.9 / R_sym value: 0.41 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.5.0102	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
MAR345dtb		データ収集
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3ICR

3icr

解像度: 1.99→115.85 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.954 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 12.411 / SU ML: 0.142 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.025 / ESU R Free: 0.024 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18465	5538	5.1 %	RANDOM
R_work	0.15824	-	-	-
obs	0.15958	103268	99.32 %	-
all	-	108806	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.884 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-22.26 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-22.26 Å²	0 Å²
3-	-	-	44.51 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.99→115.85 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8589	0	204	607	9400

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.029	0.022	8923
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.353	1.993	12117
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.486	5	1125
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.331	24.433	397
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.636	15	1480
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.574	15	62
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.186	0.2	1368
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.021	6708
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.434	1.5	5572
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.202	2	8919
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.909	3	3351
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.531	4.5	3198
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.99→2.041 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.282	386	-
R_work	0.213	7179	-
obs	-	-	93.12 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8925	0.9802	-0.5387	1.2129	-0.3748	1.5993	-0.012	-0.0141	-0.0152	0.0552	-0.0202	-0.124	-0.0498	0.1219	0.0322	0.1927	0.0082	0.0028	0.1903	-0.0131	0.2027	54.2813	-10.7332	38.7706
2	0.8455	-0.1091	0.558	0.1652	-0.025	0.5813	-0.0319	0.008	0.0945	0.0013	-0.0005	0.0003	-0.0893	-0.0138	0.0325	0.188	-0.0039	0.0109	0.1611	-0.0012	0.1838	44.2844	-1.525	24.133
3	1.5941	0.5186	-0.3558	1.4233	-0.3202	1.1973	-0.0054	0.0517	0.0918	-0.034	-0.0113	-0.1015	-0.1019	0.1099	0.0166	0.2243	0.0081	-0.0115	0.2445	-0.0084	0.2039	32.4005	-10.3216	2.3193
4	0.9919	-0.6305	0.5558	0.7963	-0.5648	0.6549	0.0964	0.1728	-0.0184	-0.1431	-0.0782	0.0318	0.1038	0.1143	-0.0183	0.2025	-0.0099	0.0105	0.1937	-0.013	0.1975	51.829	-9.9885	14.3563
5	0.7344	0.1899	-0.2413	0.9981	0.1489	0.5222	0.0205	0.0054	-0.0333	0.028	0.0018	-0.1236	0.0009	0.0855	-0.0224	0.1755	0.0081	-0.0022	0.1652	0.0117	0.1507	34.6796	-30.2377	17.4037
6	1.1489	0.1779	0.3177	1.4156	0.1604	1.2464	-0.0072	0.2265	0.0182	-0.2469	0.0073	0.0236	-0.0357	-0.0349	-0.0001	0.2057	0.0036	0.0044	0.2128	0.0038	0.203	19.164	-39.4619	-5.945
7	0.3172	-0.0429	-0.0791	0.4536	0.2666	0.5129	-0.002	-0.009	-0.024	0.0134	-0.0078	0.0841	0.0273	-0.075	0.0099	0.1661	-0.0002	-0.0055	0.1801	0.0054	0.1779	5.7283	-51.8977	19.0332
8	1.369	-0.511	0.5624	0.8914	0.5579	1.5606	0.0014	-0.1088	0.0027	0.0734	-0.0107	0.0665	-0.0015	-0.1013	0.0093	0.1708	-0.0092	0.0112	0.1624	0.0126	0.1693	-0.4556	-34.72	39.1289
9	2.1943	0.2916	-0.7158	0.9376	-0.3359	0.939	-0.0004	-0.1012	-0.0874	0.1038	-0.0044	0.1276	0.0743	-0.1099	0.0047	0.2054	0.0048	-0.0131	0.1833	-0.013	0.1665	8.3122	-32.9795	50.9583
10	0.2359	-0.2756	-0.071	0.5814	0.197	0.1032	-0.0346	-0.0758	-0.034	0.0826	0.0316	-0.0291	0.0539	0.0587	0.003	0.1972	-0.0022	-0.0025	0.2024	0.0055	0.1897	15.8328	-52.87	32.8111
11	0.9978	-0.0311	0.0395	0.8231	-0.1322	0.688	-0.006	0.0444	-0.1004	-0.0138	0.0104	-0.0199	0.0785	0.0054	-0.0044	0.0091	-0.0002	0.0004	0.0198	-0.0003	0.0119	30.2778	-33.0086	33.9073
12	1.367	0.2368	0.2303	1.2655	0.436	1.2676	0.0073	-0.2287	0.0396	0.2007	-0.0038	0.0298	-0.0352	-0.0312	-0.0036	0.1801	0.0046	0.003	0.1719	0.013	0.1776	39.561	-20.3738	55.6884

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 36
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	37 - 179
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	180 - 236
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	245 - 306
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	307 - 470
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	471 - 561
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	2 - 124
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	125 - 183
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	184 - 254
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	255 - 328
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	329 - 456
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	457 - 564

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)