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万見
- PDB-488d: CATALYTIC RNA ENZYME-PRODUCT COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 488d
タイトルCATALYTIC RNA ENZYME-PRODUCT COMPLEX
要素
  • FIRST RNA FRAGMENT OF CLEAVED SUBSTRATE
  • RNA RIBOZYME STRAND
  • SECOND RNA FRAGMENT OF CLEAVED SUBSTRATE
  • UNCLEAVED RNA SUBSTRATE
キーワードRNA / CATALYTIC RNA / RIBOZYME / ENZYME-PRODUCT COMPLEX / CRYSTAL LATTICE TRAPPING
機能・相同性: / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Murray, J.B. / Szoke, H. / Szoke, A. / Scott, W.G.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2000
タイトル: Capture and visualization of a catalytic RNA enzyme-product complex using crystal lattice trapping and X-ray holographic reconstruction.
著者: Murray, J.B. / Szoke, H. / Szoke, A. / Scott, W.G.
履歴
登録2000年2月25日登録サイト: NDB / 処理サイト: NDB
改定 1.02000年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA RIBOZYME STRAND
B: FIRST RNA FRAGMENT OF CLEAVED SUBSTRATE
C: SECOND RNA FRAGMENT OF CLEAVED SUBSTRATE
D: UNCLEAVED RNA SUBSTRATE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,12612
ポリマ－21,2274
非ポリマー8998
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)65.503, 65.503, 136.484
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Cell settingtrigonal
Space group name H-MP3121

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要素

#1: RNA鎖 RNA RIBOZYME STRAND


分子量: 5170.103 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: 16-MER
#2: RNA鎖 FIRST RNA FRAGMENT OF CLEAVED SUBSTRATE


分子量: 6507.884 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: 20-MER, 3'-END CYCLIC PHOSPHATE
#3: RNA鎖 SECOND RNA FRAGMENT OF CLEAVED SUBSTRATE


分子量: 1529.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: 5-MER
#4: RNA鎖 UNCLEAVED RNA SUBSTRATE


分子量: 8019.876 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: 25-MER
#5: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 78 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: pH 5.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
結晶化
*PLUS
温度: 16 ℃ / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
11 mMribozyme1drop
250 mM1dropNaOAc
31.8 M1dropLi2SO4
450 mM1reservoirNaOAc
51.8 M1reservoirLi2SO4
61.0 mMEDTA1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.2
検出器タイプ: BRANDEIS - B4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→24.6 Å / Num. all: 6553 / Num. obs: 6553 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 1.7 % / Rsym value: 0.104
反射 シェル解像度: 3.1→3.4 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.275 / % possible all: 91.3
反射
*PLUS
Num. measured all: 10825
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 91.3 % / Num. unique obs: 834 / Num. measured obs: 6253 / Mean I/σ(I) obs: 2.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.851精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 3.1→24.6 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: THE CRYSTAL IS A MIXTURE OF 40% CLEAVED HAMMERHEAD RNA AND 60% UNCLEAVED HAMMERHEAD RNA. THE OCCUPANCY OF THE ENZYME STRAND AND METALS PRESENT ARE SET TO 1.0 AND THE CHAIN IS LABELLED 'A'. ...詳細: THE CRYSTAL IS A MIXTURE OF 40% CLEAVED HAMMERHEAD RNA AND 60% UNCLEAVED HAMMERHEAD RNA. THE OCCUPANCY OF THE ENZYME STRAND AND METALS PRESENT ARE SET TO 1.0 AND THE CHAIN IS LABELLED 'A'. THE OCCUPANCY OF THE SUBSTRATE STRAND IS SET TO 0.6 AND LABELLED AS CHAIN 'D'. THE OCCUPANCY OF THE PRODUCT STRAND (OR CLEAVED STRAND) IS 0.4 AND IS LABELLED 'B' AND 'C'. THE RELATIVE OCCUPANCIES WERE DETERMINED BY HPLC. A SECOND CRYSTAL WHOSE STRUCTURE IS ESSENTIALLY IDENTICAL WAS ALSO ANALYZED, IN WHICH 60% OF THE RNA HAD CLEAVED. HOWEVER, THE QUALITY OF THE DATA FOR THE SUBMITTED CRYSTAL STRUCTURE IS SOMEWHAT HIGHER.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.301 618 9.4 %random
Rwork0.258 ---
obs0.258 6553 95.5 %-
all-6553 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→24.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1404 8 0 1412
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.89
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg35.2
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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