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- PDB-1nyi: Crosslinked Hammerhead Ribozyme Initial State -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nyi
タイトルCrosslinked Hammerhead Ribozyme Initial State
要素
  • 5'-R(*GP*CP*CP*GP*AP*AP*AP*CP*UP*CP*GP*UP*AP*AP*GP*AP*GP*UP*CP*AP*CP*CP*AP*C)-3'
  • 5'-R(P*GP*UP*GP*GP*UP*CP*UP*GP*AP*UP*GP*AP*GP*GP*CP*C)-3'
キーワードRNA / Hammerhead Ribozyme crosslink conformational change
機能・相同性GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / : / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Dunham, C.M. / Murray, J.B. / Scott, W.G.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: A helical twist-induced conformational switch activates cleavage in the hammerhead ribozyme.
著者: Dunham, C.M. / Murray, J.B. / Scott, W.G.
履歴
登録2003年2月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Advisory / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
改定 1.42018年2月28日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.52019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.name ..._software.classification / _software.name / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.62024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.72024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 2.02024年10月16日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / ndb_struct_conf_na / ndb_struct_na_base_pair / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entity_src_syn / pdbx_entry_details / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id ..._atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 / _ndb_struct_na_base_pair.propeller / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-R(P*GP*UP*GP*GP*UP*CP*UP*GP*AP*UP*GP*AP*GP*GP*CP*C)-3'
B: 5'-R(*GP*CP*CP*GP*AP*AP*AP*CP*UP*CP*GP*UP*AP*AP*GP*AP*GP*UP*CP*AP*CP*CP*AP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,4447
ポリマ－12,8452
非ポリマー5995
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)65.639, 65.639, 137.475
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: RNA鎖 5'-R(P*GP*UP*GP*GP*UP*CP*UP*GP*AP*UP*GP*AP*GP*GP*CP*C)-3'


分子量: 5170.103 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: RNA鎖 5'-R(*GP*CP*CP*GP*AP*AP*AP*CP*UP*CP*GP*UP*AP*AP*GP*AP*GP*UP*CP*AP*CP*CP*AP*C)-3'


分子量: 7674.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物
ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#4: 化合物 ChemComp-5GP / GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / GMP


分子量: 363.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O8P
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 1.8 M Lithium sulphate and 50 mM sodium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 20.0K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1LiSO411
2sodium cacodylate11
3LiSO412
結晶化
*PLUS
温度: 16 ℃ / pH: 5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
11 mMribozyme1drop
250 mMsodium acetate1droppH5.0
31.8 M1dropLi2SO4
450 mMsodium acetate1reservoirpH5.0
51.8 M1reservoirLi2SO4
61.0 mMEDTA1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.15 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.15 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→19.76 Å / Num. all: 7544 / Num. obs: 7544 / % possible obs: 99.53 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 13.8
反射 シェル解像度: 2.85→2.923 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.349 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 565 / Rsym value: 0.316 / % possible all: 99.3
反射
*PLUS
最低解像度: 100 Å / % possible obs: 99.3 % / Num. measured all: 8413
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.3 % / Num. measured obs: 1192

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1精密化
SCALAデータスケーリング
CNS精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: urx 057

解像度: 2.85→19.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 10.15 / SU ML: 0.184 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.28 / ESU R Free: 0.234 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射
Rfree0.23241 840 10 %
Rwork0.20332 --
all0.20607 7544 -
obs0.20607 7544 99.53 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å
原子変位パラメータBiso mean: 41.892 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.12 Å20.06 Å20 Å2
2--0.12 Å20 Å2
3----0.18 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.28 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→19.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 873 4 0 877
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.021976
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.00731515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2164
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02428
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2030.2427
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2280.228
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2240.239
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1520.25
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.343976
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.1524.51515
LS精密化 シェル解像度: 2.85→2.923 Å / Rfactor Rfree error: 0.468 / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rwork0.479 514
Rfree-64
精密化
*PLUS
最低解像度: 19.75 Å / Rfactor obs: 0.21 / Rfactor Rfree: 0.23 / Rfactor Rwork: 0.2
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg2.007

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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